文章 批次效应移除算法

...http://genomicsclass.github.io/book/pages/intro_to_batch_effects.html One often overlooked complication with high-throughput studies is batch effects, which occur because measurements are affected by laboratory conditions, reagent lots, and personnel differences. This becomes a major problem when b...

文章 生存分析的一些基本概念

...时间段期初观察例数。条件生存概率(conditional probability of survival)：某时段开始时存活的个体，到该时段结束时让然存活的可能性p=某年存活满一年的人数/某年年初人口数=1-q，如果年内存在删失数据，需要对分母进行校正，校正...

文章 KEGG GO 富集显著性图 名字太长，柱状图上文字解决

... "KEGG_PENTOSE_AND_GLUCURONATE_INTERCONVERSIONS",     "KEGG_METABOLISM_OF_XENOBIOTICS_BY_CYTOCHROME_P450",    "KEGG_PORPHYRIN_AND_CHLOROPHYLL_METABOLISM",    "KEGG_NEUROACTIVE_LIGAND_RECEPTOR_INTERACTION"  ),  pvalue = c(0.000396688, 0.000246396, 0.000508482, 0.005582234, 0.001678246))# 数...

问题 docker无法连接了

...ibowen/gwas:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.2 docker: Cannot connect to the Docker daemon at unix:///var/run/docker.sock. Is the docker daemon running?. See 'docker run --help'. (base) [libowen@manage gwas]$ 

问题 老师好，我想问一下，RSEM、FPKM和TPM是一个什么样的关系呢？reads count又有怎样的用途，与前面三个有关系吗？有一篇paper中说，The RNA-Seq by Expectation–Maximization (RSEM) expression values were used for statistical analysis.这是说统计学分析需要用RSEM标准化处理后才能进行吗？

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

...也没法完成基因与mRNA的对应关系分析。分析时显示 Use of uninitialized value $pid in concatenation (.) or string at mRNAid_to_geneid.pl line 38, <IN> line 3.等错误信息。生成的文件将gene ID或mRNA ID显示在一行内。 于是我尝试将gtf文件中的内容...

文章 人工智能（AI）在微生物组中的应用-随机森林分类与回归预测

...程称之为：bootstrap aggregating（bagging）。 （4）利用Out-Of-Bag（OOB）方法检验所有决策树投票权重及评估决策树的准确度。oob error = 被分类错误数 / 总数 （5）对于测试数据集，用所有的树对其进行分类，其类别由多数决定原则...

文章 TCGA数据库介绍

...r Institute ( NCI, 美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute (NHGRI, 国家人类基因组研究所) 合作建立的癌症研究项目（Cancer Genome Atlas，TCGA），通过收集整理癌症相关的各种组学数据，提供了一个大型的，免费的癌症...

文章 linux命令详解之ls

... root root 4096 Jun 12 04:03 bin drwxr-xr-x 4 root root 1024 Jun 15 14:45 boot drwxr-xr-x 6 root root 4096 Jun 12 10:26 data drwxr-xr-x 10 root root 3520 Sep 26 15:38 dev drwxr-xr-x 75 root root 4096 Oct 16 04:02 etc drwxr-xr-x 4 root root 4096 Jun 12 10:26 home drwxr-xr-x 14 root roo...

文章 ggplot2图例位置legend.position调整

...n）参数 该参数对应的设置如下： legend.positionthe position of legends ("none", "left", "right", "bottom", "top", or two-element numeric vector) 其中none 表示隐藏图例，可参考 https://www.omicsclass.com/article/383 其他类型表示控制具体位置，包括 "left" ...

文章 二倍体杂合基因组组装策略

...ing | BMC Bioinformatics | Full Text (biomedcentral.com) De novo assembly of haplotype-resolved genomes with trio binning | Nature Biotechnology

文章 IF=8.7 | T2T康乃馨基因组揭示了相同基因在不同单倍型基因组中的表达差异

2024年1月 Horticulture Research杂志在线发表了一篇题为“The haplotype-resolved telomere-to-telomere carnation (Dianthus caryophyllus) genome reveals the correlation between genome architecture and gene expression”的基因组组装+基因表达水平相关性分析的文章 研究背...

文章 pip报错

出现报错WARNING: Running pip as the 'root' user can result in broken permissions and conflicting behaviour with the system package manager. It is recommended to use a virtual environment instead: https://pip.pypa.io/warnings/venv 以“root”用户运行pip可能导致权限中断，可以尝...

问题 maxquant蛋白组数据搜库报错

...件，结果报错如下maxquantImpl has stopped working.A problem caused the program to stop working correctly, Windows wil close the program and notify you if a solution is available,不知为何，希望老师可以赐教，先谢过您。 另外想请教下您。maxquant可以用服务器搜库...

问题 prefetch报错

...3:05 prefetch.2.8.0 sys: mbedtls_ssl_get_verify_result returned 0x8 (  !! The certificate is not correctly signed by the trusted CA  ) 2022-09-27T11:33:05 prefetch.2.8.0 err: path not found while resolving tree within virtual file system module - 'SRR8956151' cannot be found.