问题 比较基因组学

你好，我想问一下，我按教程运行命令的到的为什么是点图，提示错误

问题 gatk GenomicsDBImport

在通过gatk GenomicsDBImport融合样本时，比如说融合了100个样本，能否输出100个样本中其中指定的20个样本的vcf文件？

问题 你好老师，在基因家族比较时候，准备bed文件和CDS文件问题

...因家族比较时候，准备bed文件和CDS文件问题时，由于水稻的基因ID和转录本ID不一样，所以看了课程的最后一节课，此时有了OS.bed，然后去使用getgeneid_mrnaid的脚本，想得到基因ID和MRNA ID文件，可是在使用时出现这个报错。 然后...

问题 如何用hmmer软件中的hmmbuild程序构建MAPK的隐马尔科夫模型（HMM）

因为未在相应的pfam等网站中找到关于MAPK的HMM文件，并在读文献过程中了解到可以根据序列比对构建新的隐马尔科夫模型，但不知道具体方法如何操作？ 在相应的课程中无此步骤，所以在此求解？

问题 重测率，比对率

在做重测序中，得到了每个样本的比对率，测序深度，覆盖度。怎样才能合并这些样本，一次可以得到几百份的数据。因为有几百个样本。

问题 虚拟机无法启动

虚拟机无法启动，出现下面的对话框。点击“确定”后，就自动关闭了。虚拟机中也没有出现课程展示的设置English（US）以及连接上网的按钮。

问题 java环境配置

请问我在做java配置环境变量的时候点击path之后再点击编辑出现以下的界面，请问怎么接下来怎么做？ 这与视频上不一样，谢谢！

问题 stringtie报错

用stringtie进行转录本组装时，总是报错 显示segmentation fault 一开始以为是注释文件的问题，重新在NCBI网站上下载了最新的注释文件，再次进行组装还是不行。找不到原因，太困扰了

问题 服务器连接断网

服务器怎么连接不上，以前连接的好好的，现在总是说网络不行。 

问题 cytoscape没有layout

老师好，我安装了课程提供的cytoscape，进行layout画图时显示需要安装layout的一些文件。这咋安装啊？

问题 向管理员要了metagenomics：v1.0的本地镜像，但是输入 docker load -i metagenomics-v1.0.tar.gz后一直报错 open /var/lib/docker/tmp/docker-import-2588968250/metagenomics/json: no such file or directory

问题 docker镜像更改

老师您好！想请教下您，怎样更改下载镜像的位置？最初我的镜像都下载到C盘了，现在想移到C盘，我应该怎么操作？麻烦老师了，谢谢老师。

问题 老师您好，我想利用gff文件和fa文件提取cds序列，请问应考虑哪些问题呢

我自己写的脚本总是提取不对，正链的每个mrna的第一个cds是对的，后面就不是atg开头了，负链就完全不对了，已经把负链互补过了，下面是我写的脚本，您能帮忙看看哪里出错了吗？

问题 请问现在应该去哪里下载MCScan呢？chibba.pgml.uga.edu上找不到mcscan了

http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip 这个网址现在显示的是404，找了其他的一些安装教程发现提供的都是这个网址。 求问现在应该去哪里安装MCScan呢？

问题 基因家族Pfam号

请问如何找到所有基因家族的Pfam号？或HMM模型？ 只能一个个去看文献找，还有有已经统计好的文献？ 谢谢