问题 GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')下载TCGA数据时出现In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素 错误，数据下载不下来

问题 我是win10家庭版，由于没有Hyper-V所以要先设置一下，但是我在以管理员身份运行Hyper-V文件时，总是会卡在这，一直不变，也没有进度条什么的，试了好几次了，都是这样。

问题 老师好，请问一下为什么annovar注释完下图所示第1列与最后两列的突变信息不一致啊，网上很多教程我看也有这个问题似乎，所以比如第一行核苷酸到底是什么突变成什么了呢？谢谢！

问题 老师你好，我想问一下亚基因家族没有pfam号的话，使用blastall，那比对率要设置多少合适呢？

我现在打算做大基因家族里面的几个小家族，小家族没有pfam号，结构域也是整个大家族共有的，现在用blastall（e-5，没筛比对率）找到了三百多个基因，去查大家族的结构域，最终筛到两百多个。但我查了一下在有研究过的物种...

文章 perl 从数组随机抽取元素

文章简单介绍一下perl中如何随机抽取数组中的一个元素。 这里用到List::Util模块中的shuffle子程序，List::Util模块是Perl中专门用于处理列表数据的一个模块。 方法如下： use List::Util qw(shuffle);my @shuffled_nums = shuffle(1..10);   # ...

问题 老师，您好！打扰您了。我想问一下这个问题如何解决：我第一次用GSDS网页修改好第一个基因结构图后，再修改第二个时，点击编辑后，出现的页面却是第一个基因（已经标记好的），请问如何消除记录呢

问题 老师您好!在课程里边有两处都讲到串联重复基因，前面一种通过相似性大于0.75计算出来的串联重复基因对，后边一种通过McscanX计算出来串联重复基因对请问两种方法都需要进行吗?

问题 我在进行比对的时候就无论怎样都报错Warning: [Errno 2] No such file or directory: '/home/chn/文' (ERR): Read file '/home/chn/文' doesn't exist Exiting now ...求大佬解惑

问题 如何下载国际千人基因组计划完整vcf文件

大家好，请问去哪里下载国际千人基因组计划完整的vcf文件呢？我找到了这个数据连接，ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/，但人数好像不太完整；这个网址的数据是分染色体的，如何合并数据呢？

文章 组装好的基因组通过agp文件得到contig序列

Normally folks would like to lift over from contigs to scaffolds/chromosomes.https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/ALLMAPS%3A-How-to-lift-over-gene-annotations But, you want the reverse mapping here so we'd need to swap the AGP file. python -m jcvi.formats.agp swap assembly.agp This generate...

问题 GEOquery 下载不了数据

> #args=commandArgs(TRUE) > ###通过阅读文献获得感兴趣的数据对应的登陆号，并准备下载 > GSE = "GSE66597" > ########################利用获得的GSE accession 和对应的GPL accession下载数据 ################### >  > workdir = "H:/gene_family/GEO...

问题 您好老师，我用get_gene_gff.pl提取的基因位置文件gene_chr.txt没有第一列基因ID，并且数量对不上，我只有一百多个基因，它提出了几千条信息，请问这种怎么处理呀？

问题 老师您好! 我用samtools faidx获取染色体长度时有一个segmentation default 报错，老师让我看看是不是文件里的序列长度不一致，请问老师具体该怎么处理呀? 我用软件打开基因组文件看了一下，但看不懂。

问题 No such file or directory at script/get_fa_by_id.pl line 23.老师，请问这个脚本的问题有什么办法解决。前几个脚本都没问题。我把脚本换了个文件还是不行。

问题 如何在Windows PowerShell基因组GFF文件中搜基因的个数呢？比如说在斑马鱼中搜索DMBT1基因，搜到了一个，想搜还有没有这个基因，如何搜下一个呢，怎么操作呢？需要输入什么指令呢？