问题 dadi 分析中根据基因组创建annovar库出现报错

[root@30b37d57431e  00:02:31 /work/3.map/dadi]# gtfToGenePred -genePredExt /work/ref/Bamboo.Hic.gtf  unknown_refGene.txt conflicting frame for PH02Gene38416.t1 exon index 0, was 0, trying to assign 2

问题 基因与mRNA的对应关系（两个，一个mRNAid_to_geneid，一个geneid2mRNAid），两个文件一般都是相等，那不相等的话意味着什么呢？

，基因与mRNA的对应关系（两个，一个mRNAid_to_geneid，一个geneid2mRNAid），两个文件一般都是相等，那不相等的话意味着什么呢？对不对

问题 老师好！我使用JCVI按照官网流程处理两个物种，每次都提示ValueError: A total of 0 anchor was found. Aborted.麻烦您帮我看看，谢谢！

问题 各位老师好，我在使用geneid_to_mRNAid脚本提取自己基因组gff文件时报错了,但提取其他的是正常的,请问是怎么回事?

文章 叶绿体基因组四个区边界作图——irscope：本地化及使用教程（2023.02）

...这样的图啦 参考：https://www.bilibili.com/video/BV1gV411k7Bs/?from=search&seid=5741158078848451253&spm_id_from=333.337.0.0&vd_source=ccfe6b6e7b1b5b1a790a358d48c6d36e            https://blog.csdn.net/weixin_62735625/article/details/122869720

问题 老师您好，我在使用mRNA_to_geneid.pl脚本提取自己样本基因组gff文件时报错了，请问我要怎么修改这个脚本才能解决问题呀？

报错信息：我的gff文件信息

问题 安装docker toolbox 报错：Looks like something went wrong in step ´Looking for vboxmanage.exe´… Press any key to continue…

win10家庭版，CPU虚拟化已经开启。

问题 我想问一下在进行WGD分析时，要算复制时间，基于物种进化速率的公式：The divergent time of the whole-genome triplication (WGT) event was calculated using the formula divergence dateKs / 2r.

...s ago) between F. americana and C. canephora and the mean Ks value (1.36) of syntenic gene pairs between F. americana and C. canephora, it estimated 8.83 × 10−9 substitutions per site per year of synonymous nucleotide substitutions rate (r) for Fraxinus. 我想问一下计算白蜡的进...

问题 老师您好，我在做物种间共线性分析绘图时，显示list index out of range,我检查了准备的bed文件和cds文件没问题。请问这种情况怎么处理?

问题 不能启动虚拟机：虚拟机：不能为虚拟电脑 xxx 打开一个新任务. Failed to load VMMR0.r0 (VERR_SUPLIB_PATH_NOT_CLEAN).

文章 选择清除分析之XP-EHH

...群体的π值比值，用于识别相对受选择区域 ROD（Reduction of Diversity）：基于野生群体和栽培群体的核苷酸多样性差异 2. 基于等位基因频率改变的方法 这类方法通过检测等位基因频率的异常变化来识别选择信号： Tajima's D：中性...

问题 Warning message: package(s) not installed when version(s) same as current; use `force = TRUE` to re-install: 'Biobase'

如何解决

文章 Windows下安装安装 python/pip/numpy/matplotlib下出现的一些问题

...   ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement pandas (from versions: none) ERROR: No matching distribution found for pandas 解决办法：pip install 包名 -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com 链接：https://blog.csdn.net/weixin_42840933/arti...

文章 TWAS分析的原理和工具

...基因表达水平与性状之间的关联。 2.FUSION Gusev et al. “Integrative approaches for large-scale transcriptome-wide association studies” 2016 Nature Genetics FUSION是另一款TWAS分析工具。其分析思想与Predixcan大致相似，第一步是构建功能/分子表型的...

问题 利用GATK 分染色体call 变异时出现错误

...value: Positional arguments were provided ', }' but no positional argument is defined for this tool