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问题 请问为什么GWAS用tassel mlm模型画的manhattan图什么都没有呢 也没有报错 能生成一个什么都没有的图片 只有坐标和题

 ../../script/gwas_manhattan_plot.r -i mlm_pvalue.txt -F msu7.0_bowtie2.fa.fai -T Grains_per_panicle -n grains_per_panicle_manhattan -c 1.3e-6 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: www.omicsclass.com --> Recommended to learn R language: --> https://study.163.com/cour...

文章 linux shell 将多行文件转换为一行

...输出。   4. yong tr 替换最后一个‘\n’ 为‘，’ cat 2232_1.txt | tr '\n' ','  此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学...

文章 cactus下载

...ATH=$(pwd)/bin:\$PATH\nexport PYTHONPATH=$(pwd)/lib:\$PYTHONPATH\nexport LD_LIBRARY_PATH=$(pwd)/lib:\$LD_LIBRARY_PATH\n" >> venv-cactus-v2.9.9/bin/activate 如何使用： # 激活环境source venv-cactus-v2.9.9/bin/activate# 执行一些下载的指令python3 -m pip install -U setuptools pi...

文章 《叶绿体基因组分析实操》课程更新

...码观看 https://apphc8vuqty1843.h5.xiaoeknow.com/p/course/ecourse/course_2JRrf7mm6iAQZyonIYAFi7RBHSn 课程更新详情 叶绿体基因组分析中，高质量的组装和准确的注释是后续所有分析例如比较基因组分析、系统发育分析、分子标记设计等的基础。...

问题 提供感兴趣基因进行分支分析时，出现Error in simple_vs_index(x, rlang::eval_tidy(args[[1]]), na_ok) : Unknown vertex selected报错

运行代码 Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2_branch_analysis.r -i monocle2.CelldataSet.qs \   --branch_point 2 -o branch2 --gene.list monocle2.selected.Gene.tsv --qval 1e-2 \   --interest.genes Cc11G1053 Cc10G0497 Cc02G1594 Cc02G2288 Cc06G0565 --interest.genes.color.group mycellty...

问题 误: 无法分配大小为7.4 Mb的矢量 Killed after 9 m

...:     aperm, apply, rowsum > # 读取输入的参数 > work_dir <- "/Volume/TCGA-LUAD/lab" > # 设置程序参数 > tcga_project <- "TCGA-LUAD" > data_category <- "DNA Methylation" > platform <- "Illumina Human Methylation 450" > sample_type <- "Prim...

文章 linux用户管理命令介绍

...0月 14 13:44 ..-rw-r--r--    1 root root    24  5月 11 00:15 .bash_logout-rw-r--r--    1 root root   191  5月 11 00:15 .bash_profile-rw-r--r--    1 root root   124  5月 11 00:15 .bashrc-rw-r--r--    1 root root  5619 2005-03-08  .canna-rw-r--r--    1 root root   438...

文章 easySFS的使用

...下投影的值。 easySFS.py -i file.vcf -p pop.txt --preview > proj_flag proj_flag文件的主要内容如下： Pop1 (2, 45.0) (3, 59.0) (4, 58.0) (5, 49.0) (6, 41.0) (7, 35.0) (8, 27.0) (9, 20.0) (10, 13.0) (11, 8.0) (12, 8.0) (13, 5.0) (14, 2.0) (15, 2.0) (16,...

文章 linux生物信息软件安装管理工具conda使用

...。 wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 这里选择的是latest-Linux版本，python3版本的miniconda，如果需要python2版本的可以选择其他的：安装命令：官方安装方法见：https://docs.anaconda.com/miniconda/install/#quick-command-...

问题 16S FastMap文件如何填写能否像详细讲解一下，视频中说tap1文件就是ckd就是肾病患者的简称填写吗，我搜到的是tap列通常用于记录与每个样品关联的分类工具或方法的信息。像这样，能否详细说明一下

...st S2 BC2 F515/R806 Experiment QIIME 2 with Greengenes 13_8 database Water sample from river S3 BC3 F341 Control MOTHUR v.1.45.1 with SILVA SSU Ref NR99 Sediment sample from lake

问题 perl双层哈希赋值

...;#print Dumper(\%ID);for my $con(keys %ID){ while ( my $seq = $in->next_seq() ) {  my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc );  if ( exists $ID1{$con}{$id} ){   print "$con\t$sequence\n";    $ID{$con}{$id}=$sequence;  } }} print Dumper(\%ID);运行...

文章 picrust2用法

...：no ASV ids overlap between input FASTA and sequence abundance table get_fa_by_id.pl $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/otu_table_clean.txt $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/rep_set/qiime_rep_set.fasta rep_set.farm -rf picrust2_outpicrust2_pipeline.py -s rep_set.fa -i $workdir/...

文章 Bowtie2使用方法与参数详细介绍

...件的前缀。首先 在当前目录搜寻，然后在环境变量BOWTIE2_INDEXES中制定的文件夹中搜寻。-1 <m1>双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并用逗号分开；多个文件必须和-2<m2>中制定的文件一一对应。比如:"-1flyA_1.fq,flyB_1...

文章 perl中的列表与数组

...符串      ("aaa".."aad") = ("aaa","aab", "aac", "aad")    @day_of_month = ("01".."31")   .可包含变量或表达式      ($var1..$var2+5)    .小技巧：      $fred = "Fred";    print (("Hello, " . $fred . "!\n") x 2);     其结果为：      Hello, Fred!...

文章 data.frame参数check.names

...”被认为是“."  > A=read.table("F:/test/WGCNA/data/fpkm/All.DEG_final_3000.xls",sep="\t",check.names=T,header=T)> head(A,2)         ID CK.WT.1 CK.WT.2 CK.WT.3 CK.tdr1.1 CK.tdr1.2 CK.tdr1.3  NaWT.1  NaWT.2  NaWT.31 AT1G01010 3.74149  7.3618 5.81734   5.711...