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文章 比较基因组单拷贝直系同源基因构建进化树基因数量

文献1 ： 20 个 Hu, G., Feng, J., Xiang, X. et al. Two divergent haplotypes from a highly heterozygous lychee genome suggest independent domestication events for early and late-maturing cultivars. Nat Genet 54, 73–83 (2022). https://doi.org/10.1038/s41588-021-00971-3

文章 TCGA数据库介绍

...腺癌CHOLcholangiocarcinoma胆管癌CESCcervical squamous cell carcinoma and  endocervical adenocarcinoma宫颈鳞癌与宫颈腺癌LUADlung adenocarcinoma肺腺癌LIHCliver hepatocellular carcinoma肝细胞癌ACCadrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌只有01样本KICHkidney chromophobe肾嫌...

问题 用GATK call 变异的时候，分染色体还是很慢，能不能增加线程或别的改进的方法。

我用了如下命令： for i in $(cat $workdir/data/data.txt) ; do for Chr in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do   echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \     -R $REF \     -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \     -O ${i}....

问题 GEO下载报错

...L=TRUE,destdir=workdir) Found 1 file(s) GSE58919_series_matrix.txt.gz Using locally cached version: E:/MSC,ossu-9.1/GSE58919_series_matrix.txt.gz Parsed with column specification: cols(   .default = col_double(),   ID_REF = col_integer() ) See spec(...) for full column specifications. Fi...

问题 老师，求助，转录组差异表达基因分析报错-只有pfd文件没有PNG文件，且PDF打不开

...ir/heatmap.r -i $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -l S10_vs_J10.DEG.final.tsv -p S10_vs_J10.deg_gene_heatmap -o ./ --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.co...

文章 kaks和dnds是什么？

...tics, 2002, 18(9): 486-487. Navarro A, Barton N H. Chromosomal speciation and molecular divergence--accelerated evolution in rearranged chromosomes[J]. Science, 2003, 300(5617): 321-324. 北大教授顾红雅老师的公开课：生物演化http://www.chinesemooc.org/live/611219 更多生物信...

文章 dQTL.seq方法研究基因定位

...方式，可选择四种方式：F2, BC (backcross), DH (doubled haploid), and RIL (recombinant inbred line). Sampling-fraction (%) ：混池中极端个体所占比例 Smooth-method：平滑模式，可选择四种平滑模式：None，AIC，Window size，Block。默认为AIC。具体格式为...

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，其中一个转录组出现如下错误，看不太懂，想请教一下老师问题如何解决

...ed.19700000 SAM alignment record pairs processed.Error occured when processing SAM input (record #42564640 in file /bioData/run_data/lixp/work/SZ_yangtao1/2.alignment/hisat2/yangtaozhitiao1.bam):  Maximum alignment buffer size exceeded while pairing SAM alignments.  [Exception type: ValueError, ra...

文章 GEO和TCGA数据挖掘生物信息文章解读（宫颈癌）

...与疾病显著相关的基因，最终发现SCNN1B, ANLN, APOC1, CNTLN, and TEX30 五个基因具有显著的预后相关性，并构建预后风险模型： 过风险模型可将病人分成高风险和低风险两组，生存分析发现两组具有明显的差异（下图a）。然后针对...

问题 请问老师，motif分析之后，html文件打不开，显示如下

not well-formed (invalid token) at line 177, column 44, byte 5589 at /biosoft/miniconda/envs/genefamilyenv/lib/meme-5.1.0/perl/CheckingSAX.pm line 46.Warning: meme_xml_to_html exited abnormally and may have failed to create HTML output.

文章 怎样才能选到靠谱的抗体？挑选抗体的4大秘诀分享

...he arginine methyltransferase CARM1 represses p300•ACT•CREMτ activity and is required for spermiogenesis 期刊：Nucleic Acids Research IF：10.162产品名称：p300 Polyclonal Antibody 产品货号：E-AB-32456 相关文献还有很多，如果大家感兴趣的话，可以自行去查...

问题 在R中进行差异表达分析，运行GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')代码时，数据下载失败，并显示如下错误

Error in download.file(url, method = method, ...) :    无法打开URL'https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.5.0_Windows_x64_0.zip' 此外: Warning message: In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素，还请各位大神帮帮忙...

问题 老师我在做KAKS分析时，生成的.axt文件对比序列不是三的倍数，我按操作手册的方法，提高的筛选条件，

...的倍数，我按操作手册的方法，perl ../script/KAKS_SHAIXUAN.pl -in1 WRKY_cds_confirmed.fa.fai -in2 WRKY_cds_confirmed_blast.out -out duplication_gene.out，中提高的筛选条件，甚至我调高到90，输出的结果中还是包括不是三的倍数的比对序列，这种情况应...

文章 收藏贴-基因/蛋白功能注释、富集分析在线工具详解

...目前网站接受多种形式的id，包括Entrez Gene ID，RefSeq (RNA and Proteins)， Gene Symbol and aliases，Ensembl (Gene, Transcript, Protein)，UCSC，UniProt。 用户输入需要分析的基因并提交，网站会对提交的基因id进行识别鉴定，之后可以选择分析方式...

文章 maf_oncoplot.r突变注释文件分类可视化maftools

...e/1518 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i maffile, --maf maffile input the maf file[required] -m metadata, --meta metadata input metadata file path[required] -g group, --group group ...