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文章 简单科普：2019诺贝尔生理学或医学奖为啥颁给“细胞感受氧气”？

...ult in science is the one you were hoping for, because you declare victory and get lazy.” ——科学中最危险的结果就是你所希望的结果，因为你会宣布胜利并变得懒惰。 大佬们永远不会止步于当前的胜利，也不会就此停住脚步，他们都在致力于...

文章 cox模型评估-决策曲线分析（DCA）

...shed 2019 Oct 4.3. Van Calster B, Wynants L, Verbeek JFM, et al. Reporting and Interpreting Decision Curve Analysis: A Guide for Investigators.Eur Urol. 2018;74(6):796-804.4. Yan P, Li JW, Mo LG, Huang QR. A nomogram combining inflammatory markers and clinical factors predicts survival in patients w...

问题 NGS数据分析时，使用ANNOVAR的table_annovar.pl报错。

...]$ perl ../tessDSS/annovar/annotate_variation.pl -geneanno -buildver HP ./bin/M5-31.avinput HPdb/NOTICE: Output files are written to ./bin/M5-31.avinput.variant_function, ./bin/M5-31.avinput.exonic_variant_functionNOTICE: Reading gene annotation from HPdb/HP_refGene.txt ... Done with 1609 transcript...

文章 linux中查找包含指定内容的文件

...扩展名为.log的文本文件，并找出包含”ERROR”的行  find / -type f -name “*.log” | xargs grep “ERROR”  例子：从当前目录开始查找所有扩展名为.in的文本文件，并找出包含”thermcontact”的行 find . -name “*.in” | xargs grep “thermcontac...

问题 请教GEMMA安装报错怎么解决？

...://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases/tag/v0.98.5/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz --2023-09-13 09:57:03--  https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases/tag/v0.98.5/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz Resolving github.com (github.com)... 20.205.243.166 Connecting to github.c...

文章 rainbow函数取色

...参数start和 end进行设置： With rainbow, the parameters start and end can be used to specify particular subranges of hues. The following values can be used when generating such a subrange: red = 0, yellow = 1/6, green = 2/6, cyan = 3/6, blue = 4/6 and magenta = 5/6. 譬如取色...

文章 MFP - Molecular Functional Portrait

....com/BostonGene/MFP # Python3.7import pandas as pdfrom portraits.clustering import clustering_profile_metrics, clustering_profile_metrics_plotfrom portraits.utils import read_gene_sets, ssgsea_formula, median_scale# Example script# Read signaturesgmt = read_gene_sets('signatures.gmt')  # GMT for...

文章 ggplot2控制坐标轴截距交点位置（原点）

...是起始于0 调整坐标起始位点可以利用scale_y_continuous(expand = c(0, 0))或者scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) expand的解释如下 expandA numeric vector of length two giving multiplicative and additive expansion constants. These constants ensure that the data is placed som...

问题 为什么找不到如下路径呢？？CAFE软件如何安装？

为什么组学服务器上找不到如下路径呢？？/share/work/biosoft/CAFE/CAFE5/tutorial/clade_and_size_filter.py CAFE软件如何安装？ 谢谢

文章 GFF中提取所有转录本的位置信息，以及对应的基因ID信息；

...，以及转录本对应的基因的ID： perl代码如下： #!/usr/bin/perl -wuse strict;use Cwd qw(abs_path getcwd);use Getopt::Long;use Data::Dumper;die "perl $0 <gff> <outfile>" unless(@ARGV==2);my$gff=$ARGV[0];my%gene=();my%gene_region=();my%mRNA2Gene=();open IN,"$gff" or die "...

文章 遗传图谱中各种作图群体介绍

...nt Breeding: Novel Powerful Next-Generation Resources for Genetic Analysis and Selection of Recombinant Elite Material. Biology 2020, 9, 229. https://doi.org/10.3390/biology9080229 更多生信课程：

文章 提取miRNA前后500bp序列

...比对，获取前体序列的位置信息，比对方法： makeblastdb -in Donkey_Hic_genome.20180408.fa -dbtype nucl -title Donkey_Hic_genome.20180408.fablastall -i miRNA_Pre.fa -d Donkey_Hic_genome.20180408.fa -p blastn -e 0.01 -b 5 -v 5 -m 8 -o blast.out #Donkey_Hic_genome.20180408.fa 参考...

文章 blast比对软件使用

...需要的版本进行安装即可 二、使用 1. 建库 makeblastdb -in genome.cds.fa -dbtype nucl -title genome.cds.fa #DNA序列makeblastdb -in genome.pep.fa -dbtype prot -title genome.pep.fa #蛋白质序列 说明： -in：建库序列 -dbtype：数据库类型 以蛋白质...

问题 GEO2R三组之间怎么比较呢?

请教老师，看了一些GEO2R的教学视频，都是分两组进行比较（normal and tumor），想问下三组之间怎么比较呢? 正常对照组、疾病组、治疗组，然后想看看药物对疾病的靶点

问题 转录组富集到的通路，在代谢组没有富集到

我是想重点关注糖代谢的，转录组数据显示starch and source显著富集，但在做转录代谢联合分析时，发现与糖代谢有关的kegg通路代谢物有变化的只有一个，请问这该怎么办