问题 构建进化树时，有一个基因家族成员的domain序列太短，成列删除gap也不行，删除整条序列后才能构建进化树，但是这个基因的确是成员之一，有什么解决办法吗

问题 基因数目较少，做wgcna是否有意义?

老师您好，我的表达量数据只有193个基因，且都属于同一基因家族，但有23个样本。请问用这样的数据做wgcna，能得到有生物学意义的模块么？

文章 PASA 记录

PASA是我们进行基因结构预测的时候常用的软件，其最早是开发用于拟南芥的基因结构注释，目前在动植物的注释中被广泛应用。 一、PASA使用准备文件： 1. genome.softmasked.fa # 软掩码之后的基因组2. all_transcripts.fasta  # 有参、无...

问题 质控 Per base sequence content

老师您好，我的测序结果质控的时候发现， FastQC Report 显示结果在Per base sequence content 这一栏大多数呈现下图的样式，我需要cut掉前面几BP吗？如果需要，我应该怎么做呢？

问题 在T2T基因组直播课程中第八步根据参考基因组挂载染色体，共线性图出来后在这怎么操作得到最后的基因组染色体版本？

问题 在KEGG通路中（植物激素信号转导），我只关注这个通路下的几个基因（赤霉素有关），那么他的gene.ratio和p_value也要变化吗，以及如何计算

问题 在做系统发育树时遇到了问题

想用拟南芥和自己的数据一起跑系统发育树，结果报错了，是我的基因名字太长了吗，这种情况怎么搞，是要修改基因名吗，如何批量的修改基因名啊

问题 想咨询一下，我有1批宏基因组数据，可不可以样本对半，分成2次进行

在去宿主那一步，生成bowtie.sam和fin.sam文件的时候，可不可以分别做2个，就是因为测序批次问题，可不可以分开2次进行去宿主生成.sam文件，然后前后2次所有的文件放在一个文件夹里，一起进行下一步？ 还有，组装的时候，可...

问题 Mac电脑下载安装ecilpse无法正常打开

在官网上下载eclipse 打开的时候出现以下报错 以下是我的jdk版本 还有我的环境变量 问题应该不是java的事，而且也不是网上说的工作路径中包含了中文

问题 组学大讲堂以各种理由T人

我也是付了钱的，你们以各种理由随便T人的做法我已经举报有关部门，并没有你们夸张的那种到处骂人的说法，故意找理由T人是吧！

问题 用TBtools绘制两个物种的进化树+motif+基因结构三连图时报错问题

...水稻； 使用单个物种（拟南芥）时绘图正常；我把二者的GTF文件合并想一起绘图，却出现了一下错误： =======================================================A Big Warniing====================================================== IDs that you used as input do    ...

问题 《基因组研究合辑》这门课程中基因组注释这一部分的Scripts脚本文件并没有找到，只找到了shell文件夹，但是课程里面说有，百度网盘中并没有下载到。

问题 ParaAT批量比对，该怎么执行+X？

请问老师该怎么执行+X命令，看了之前人的提问回答还是不会执行+X。麻烦老师说一下执行+X的具体步骤，脚本里的这个Epal2nal.pl文件需要放在当前工作夹里在执行+X吗？

问题 mysql database里找不到文件

老师好，在做基因组注释的时候，先按照mysql_server.sh的流程设置了一遍，没有修改任何东西。但是在运行PASA_assembly时报错，说mysql数据库里没有我的物种。我记得视频里您也没有修改。这是哪一步出问题了呢？

问题 系统进化树构建出的图有问题

如下图所示，我利用结构域或者蛋白序列构建出来的进化树图都是下面这个样子的，右上角有一个圆锥形状的，这是什么情况呀？检查过序列都没有问题，结构域也确认过，应该没问题。