问题 串联重复基因对

请问MCscanX给出来一个基因家族的串联重复基因对，蛋白质序列差异大，这与串联重复基因的定义不一致，这种怎么处理呢？然后就是计算串联重复基因对的Ka/Ks的值，说明是这两个基因进化是保守的吗？还是怎么？

问题 蛋白3D结构预测

老师您好，您看我用的同一个氨基酸序列，第一张图是先用psi-blast,py然后在swissmodel生成的模型。第二张是直接在swissmodel上生成的模型，看结果是不是应该选择第二个。

问题 基因家族鉴定问题

你好，我用HMEER搜索基因家族的蛋白序列，筛选后进行系统发育树的构建时，有一些不属于任何一个家族，是我查找的序列有问题吗？谢谢老师 追加:我从NCBI CDD和Pfam上手动确认了结构域，都有保守结构域的。谢谢

问题 在学习基因组重测序过程中，执行变异结果统计与绘图展示的命令报错

.../my_reseq/5.var_ann -n SNP_gene_ann with error :256 已经安装了R语言的package包还是出错，不能解决问题

问题 Bioconductor包安装时出现警告，导致最后出来的图片部分缺失

...ite(c("genefilter","ballgown","edgeR")) quit(save="no") 紧接着跑差异分析 echo "Step8: difference expression analysis " cd /var/data/work/ DE_HTSEQ=/var/data/work/5.de mkdir -p /var/data/work/5.de cd /var/data/work/5.de perl -ne 'if ($_ =~ /gene_id\s\"(ENSG\S+)\"\;/) { $id = $1; $name = u...

问题 GEO转录组数据合并

老师您好，请问如果想合并同平台的两个数据集，GSE1只有我需要的疾病组数据，GSE2只有我需要的对照组数据，这种情况可以合并么？

问题 请问perl正则表达式的捕获中为什么老师只讲了捕获一个变量$1,如果要捕获$2 $3 $4要怎么做？我这样做为什么不行？

问题 老师我想问一下，在鉴定基因家族成员时，可以有什么方法知道成员大概有多少个吗？还是我们自己不知道，但是发文章的时候审稿人知道

问题 请问kaks_calcultor能批量计算共线性基因对吗？因为我每次都是一对一对的来计算，这样很费时费力，希望老师能给点建议

问题 老师，我这儿在Linux系统上安装了一个aspera的软件，然后我设置添加环境变量一直不成功呢，一直出现下图这种情形呢，老师您看如何解决呢？

问题 对于基因家族进化树构建前的一步，请问用MAFFT进行序列对齐、gblocks提取保守结构域、clustalw进行多重序列比对这三个动作的最佳先后顺序是什么？？

问题 保留蛋白质编码基因找不到gff文件，但是我是指定了路径的，而且ll也能找到这个文件，这个文件ee查看也看不出来问题

文章 GeneDoc|绘制基因多序列比对图时对序列进行排序

...GeneDoc软件，输入序列之后，序列顺序是输入文件中序列的顺序。如图： 这种情况下想使序列按照ID进行排序的话，应选择菜单栏中“Sequence List”选项，如图【S】： 在弹出界面选择<Sort Name>可以对基因序列进行排序。 也...

问题 病毒鉴定需要选数据库吗？

大家好！我想鉴定侵染植物的细菌携带的病毒，鉴定的时候应该怎么选数据库呢？

文章 使用bcftools文件提取vcf文件子集

1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下： Chr1    11787600        11793521Chr1    30028805        30042382Chr1    54966087        54970283Chr1    57228272        57231222或者指定具体位点Chr1    11787600Chr1    30028805C...