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文章 tcga_gene_exp_download.r TCGA数据下载脚本使用说明。

使用方法： usage: tcga_gene_exp_download.r [-h] -p project [-f files.per.chunk]                                [-o outdir]TCGA 基因表达数据下载及临床数据下载与整理，详细帮助见:https://www.omicsclass.com/article/1485optional arguments:  -h, --help    ...

问题 在进行KAKS计算时出现不报错，但结果文件是空的现象

manager@bl8vbox[dupl-id1] /home/manager6/KaKs_Calculator2.0/KaKs_Calculator2.0/bin/Linux/KaKs_Calculator -i 2.axt -o kaks2.txt<br>Method(s): MA<br>Genetic code: 1-Standard Code<br>Please wait while reading sequences and calculating...<br>manager@bl8vbox[dupl-id1]  这是无...

文章 Perl正则表达式

...标量变量,如果没有该变量和=~ !~操作符，则默认为处理$_变量中的内容.         (其中"=~"表示相匹配,在整条语句中读作does,"!~"表示不匹配,在整条语句中读作doesn't)     举例如下：       $str="I lovePerl";         $str=~m/P...

问题 WGCNA分析生成的单个模块txt文件非常大，请问老师有没有什么好的方法能打开？以及找到的如下代码如何使用？谢谢

...问题，就是filename这里是否要改成自己的文件名？eachfile_lines_num这里呢？就这样放着，还是改成一个数值？ file_split <- function(filename,eachfile_lines_num)                               #建立函数   c <- file(filename,"r")       ...

文章 seurat_sc_cluster.r 脚本使用帮助：

$Rscript scripts/seurat_sc_qc.r -husage: scripts/seurat_sc_qc.r [-h] [-i count] [--sep sep] [-d data.dir]                              [--gene.column gene.column] [--rds rds]                              [--project project]                              [-...

文章 IF=5 | 健康犬的肠道微生物组和代谢组对膳食纤维的反应

...代谢物谱，但微生物群之间的差异较大。例如，虽然 MSMF_FR 食品与 HSLF_Con_1 的微生物群相似，但其代谢物与 HSLF_Con_1 有显著差异。HSLF 类食品的代谢物谱彼此相似，而 MSMF 和 LSHF 食品的代谢物谱则明显不同，表明膳食成分直接影...

文章 GATK ERROR MESSAGE

...这样一个问题： 运行命令： /share/work/biosoft/java/jre1.8.0_73/bin/java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -Djava.io.tmpdir=SNP_Analysis/tmp -jar /share/work/biosoft/GATK/3.6/GenomeAnalysisTK.jar -T SplitNCigarReads -R Donkey_Hic_genome.20180408.fa -I 9.SNP_Analysis/donkey1.bam.dedupped.b...

问题 利用cicro绘图时遇到错误

...一下，谢谢老师。  *** CIRCOS ERROR ***       cwd: /work/my_gene_family/09.circos       command: /share/work/biosoft/circos/latest/bin/circos -conf config.txt       -outputdir ./ -outputfile HSP90   You have asked to draw [1190] ideograms, but the maximum is currently se...

问题 泛基因家族分析家族成员存在缺失分析，获取PAV_gene.list和Fam_gene.list

...中，#使用脚本得到存在缺失基因列表和绘图列表——"PAV_gene.list"、"PAV_draw.list" ;以及基因家族编号对应的基因编号的从属列表——"Fam_gene.list"这一步，使用指令perl /work/scripts/PAV_list.pl -pangenel foxtail_millet.GRASgene.pan-genes2.list -spid new...

文章 R包venn绘制韦恩图

...e","yellow") # TODO: cyan is not good enoughvennFilename <- 'report/Venn_Diagram_6Sets.png'venn(dataForVennDiagram, zcolor = "style", opacity = 0.25, cexil = 0.5, cexsn = 0.5, ellipse = FALSE) 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分...

文章 免疫疫微环境（TIME）

...：####xCell包安装 options(stringsAsFactors = F)Sys.setlocale("LC_ALL","English")devtools::install_github('dviraran/xCell')library(xCell) ##利用xCell分析RNA-seq数据 result <- xCellAnalysis(exprSet,rnaseq=T)save(result,file = 'Xcell_result') 3.3 MCP-counter MCP-cou...

文章 农艺性状表型数据与环境关联互作分析R代码

...://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"   options(repos=r)}) options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")#install.packages("GGEBiplots")#install.packages("GGEBiplotGUI")library(GGEBiplotGUI)library("GGEBiplots")library("reshape2")library(vegan)library(corrplot)library("...

文章 IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践

...的表达矩阵细胞ID是不在这个meta表中,我们需要利用GSE84465_RAW.tar这个文件找到 GEO_Accession 与细胞ID之间的对应表格,整理完成之后如下 文件 gbm.meta.tsv : 2.3 数据读入与过滤: 作者是使用tumor cores 细胞做分析,因此需要对metadata文...

文章 一文教你绘制九象限图

...CRAN/" options(repos=r)}) # 依赖包列表：自动加载并安装 package_list <- c("ggplot2","ggrepel","dplyr","devtools") # 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载 for(p in package_list){ if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly =...

问题 请问各位老师，WGCNA分析中没有性状数据，但分析了两份基因表达数据，我想要得到Module-module relationships的图，应该怎样修改这部分打的代码呢？

...PvalueStudent(moduleTraitCor, nSamples) sizeGrWindow(10,6) #pdf(file="8_Module-trait relationships.pdf",width=10,height=6) # Will display correlations and their p-values textMatrix = paste(signif(moduleTraitCor, 2), "\n(",                    signif(moduleTraitPvalue, 1), ")", sep = ...