问题 进化树

请问老师，在构建进化树时，如何选择物种来与自己研究的物种一起构建进化树？比如做植物，除了常见的拟南芥之外，还应该选择那些物种，或者在选择物种的时候应该遵循哪些原则？ 想向老师请教一下，您有什么建议。

问题 估算物种分化时间

如果我使用了orthofinder获取的低拷贝基因进行建树，在估算物种分化时间的时候，和常规的单拷贝基因有什么不同吗？具体是什么

文章 根据GFF文件提取基因组中基因的蛋白，CDS，CDNA序列

TransDecoder    https://github.com/TransDecoder/TransDecoder 软件提供该脚本： /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 genome.final.gff3  --fasta ../genome.fa --seqType  cDNA >cdna.fa/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_pro...

问题 共线性

#从geneid2mRNAid.txt文件中每个基因挑一个转录本ID存储到allmRNAID.txt（一列）做共线性的时候 这个提取出来的列表不是确定结构域的基因列表 共线性和结构域没关系吗

问题 关于基因受选择计算

...，请问我用Fst看在两个群体中是否基因受到选择，我用到的命令是 vcftools --vcf sample.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out P_1_2 --fst-window-size 10000 --fst-window-step 1000 然后选取结果中top1%的区段和我基因区段做overl...

问题 根据单拷贝基因家族建的树与预期不符，拟南芥跟杨树聚到了一起 ，老师知道是什么原因造成的嘛，或者怎么解释呢

问题 老师，您好，基因家族鉴定后的数目只有6个，所以我又鉴定了一些其他物种里的该基因一起构建进化树，这样可以吗？谢谢

问题 各位老师好，对16s扩增子数据进行拷贝数校正后得到的ASV表，OTU数量不是整数，还可以进行抽平吗？怎么抽平呢？

问题 做psmc的时候，显示没有这个get_fa_by_id.pl

[root@cbc85a3c34bd  16:09:30 /work/3.map/psmc]# export PATH=/work/3.map/scripts/:$PATH [root@cbc85a3c34bd  16:10:01 /work/3.map/psmc]# get_fa_by_id.pl chr1.list HH14_2.psmc.fa HH14_2.Chr.psmc.fa bash: /work/3.map/scripts/get_fa_by_id.pl: /biosoft/miniconda/bin/perl: bad interpreter: No such file...

问题 老师，想问一下我泛基因集构建生成的last.gene.pair.txt文件是乱的，这个怎么办呢？应该怎么统一一下呢？

文章 Rocky 9.1修改IP地址

...置，因此你可以通过命令行或图形用户界面来修改服务器的IP地址。以下是通过命令行的步骤： 1.使用以下命令编辑网络连接配置文件： sudo nmcli connection edit <ConnectionName> <ConnectionName> 是你的连接名称，可以通过运行...

问题 KNN补值函数knnImputation函数的距离计算问题

...我发现，KNN补值函数knnImputation函数是按照行而非列进行的缺失值填补，但是蛋白组或者基因组数据一般都是列是样本行是蛋白/基因特征名称。是按照行（特征）进行近邻k个参考的距离计算并进行缺失值填补，而非按照列（样本...

问题 利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树mcmctree

您好，我正在按照您之前写的步骤进行树的进化分歧时间计算，在过程我发生了一些报错，我觉得可能是软件安装的问题，请问我需要安装哪个版本的软件呢？ 比如我跑mcmctree mcmctree1.ctl时总报错：running codeml tmp0001.ctl  sh: codeml...

问题 关于TajimaD计算问题

老师，请问计算完的结果发现几乎所有的染色体值都是大与0的，而不是在0上下波动，这样算是对的吗？

问题 在callsnp过程中形成db文件时出错，但是可以形成db文件夹，我继续往下做，gvcf转化成vcf得到的结果文件没有SNP行，只有上边的注释行和表头

err.79151 15:54:41.391 WARN  GenomicsDBImport - GenomicsDBImport cannot use multiple VCF reader threads for initialization when the number of intervals is greater than 1. Falling back to serial VCF reader initialization. 15:54:41.529 WARN  IntelInflater - Zero Bytes Written : 0 15:54:41.529 WAR...