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问题 老师,在建立索引时整个基因组跑数据需要内存大,能不能把基因组分开不同染色体,做完索引在合并?

问题 LINUX系统操作这一节刚打开输入pwd时跟前方框里面不是share,是manger 啥跟老师打开不一样

问题 从发表文章中获取基因ID,从拟南芥网站下载蛋白序列,用tbtools提取目序列总说没有这些ID号

问题 想请教下老师,我在合并完受选择区域后进行基因注释时候一直是这个错误,不知道怎么解决,麻烦各位老师帮忙解答。

问题 老师您好,打扰您了,我想问一下咱们公司服务器上如何调用aspera呢?我试了用调用R方法,但是不行

问题 一个基因家族包含两个结构域,对应interpro数据库两个hmm模型文件,请问怎么同时鉴定包含以上两个结构域家族成员?

问题 老师您好,我想问一下,一个鉴定出来基因ID它CDS序列开头是TAC而不是ATG,那这个基因可以保留吗

问题 老师您好,我在提取cds时候报错了。他说第84行出错,然后我打开看了,感觉看不出什么问题呢老师

问题 课程里使用bracken对kraken结果进行修饰我发现全部都注释到种水平了这个是bracken算法设置原因吗?

全部注释到种是不是过度注释了

问题 老师,您好,我在运行gatkHaplotypeCaller时,因样本过多(二三百个样本),运行成功单个样本运行了24+个小时,尝试了采用ParaFly工具多任务并行,并且也尝试了同时运行多个nohup sh gatk.g.sh > gatk.g.sh.o&(一个gatk.g.sh对应一个样本),但是都是在十几分钟后终止进程了,查看了其中一个gatk.g.sh.o文件,文件内容如下,烦请老师帮忙提出问题及解决方法,非常感谢

老师,您好,我在运行gatkHaplotypeCaller时,因样本过多(二三百个样本),运行成功单个样本运行了24+个小时,尝试了采用ParaFly工具多任务并行,并且也尝试了同时运行多个nohup sh gatk.g.sh > gatk.g.sh.o&(一个gatk.g.sh对应...

问题 老师,您好!我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时,得出来文件比原始文件小很多。

进行排序时提示 ERROR net.maizegenetics.dna.map.PositionListBuilder - validateOrdering: PositionChr:HIC_SCAFFOLD_11Pos:40436InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_11_40436Variants:G/AMAF:NaNRef:G and PositionChr:HIC_SCAFFOLD_9Pos:117578893InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_9_117578893Variants:G/AMAF:N...

问题 GATK CALL 变异后导入GenomicsDBImport 出现问题

在用GATK CALL 变异后生成g.vcf.gz文件用GATKGenomicsDBImport工具导入db时候出现了问题。我用命令是:gatk  --java-options "-Xmx50g" GenomicsDBImport  \   -L intervals.list  --tmp-dir $tmpdir  -R $REF --batch-size 5 \   --reader-threads 5 --max-num-interva...

问题 结构域建树

家族里成员大多数有两个相同结构域,而有些成员只有一个结构域,那么建树时候应该怎么截取结构域呢?

文章 运行useradd -m us001 时报错:Creating mailbox file: File exists

...件已存在,无法再次创建。这通常是由于系统认该用户mailbox文件已经存在,因此无法再次创建。 解决这个问题方法: 检查邮箱文件是否已存在:在运行 useradd 命令之前,可以先检查一下该用户邮箱文件是否已经存在...

问题 老师您好!请问怎么在mapchart画连锁图时加标尺

老师您好!我画图小于200Mb可以标出基因在染色体具体位置,但是基因在染色体上位置大于200Mb基因画不出来。new 1.txt谢谢您!