问题 同一个直系同源簇的Ka/Ks怎么算

就是一个直系同源簇里有多个基因的话 最终得出的Ka/Ks比值要取平均值吗 (ps:我之前算的时候直接用mafft比对CDS序列 然后用KaKs_calculator2.0算的 不知道算的对不对，因为我看正确的做法应该是用氨基酸序列比对 然后再转换为CDS序...

文章 植物单细胞转录组基因表达也可以空间可视化了

单细胞测序能区分“单个细胞基因表达”，却回答不了“基因表达的位置信息”——空间信息的缺失是其最大痛点。植物空间转录组虽好，却贵且难。我们能否另辟蹊径？例如下面的文章，没有做空间转录组但可以展示基因空间...

问题 老师您好，我在用vi打开并修改文件后无法退出，就是在安装MCScanX那块，请老师帮帮忙解决这个问题

文章 淡黄的长裙，蓬松的头发？拿什么拯救你，我的项目

...进行高效的项目管理。这几天一直有朋友在后台问我 怎么项目做的好好的突然就延期了，项目验收时，又因项目质量不符导致项目无法正常验收！ 那么如何才能提高项目管理的效率，实现高质量项目交付，我们必须要明白...

文章 Samtools截取基因组序列（Docker篇）

...和bam文件的工具软件，能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总，是处理sam和bam文件（例如：转录组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，...

问题 单细胞转录组分析实操课程Double Finder双细胞查找运行显示到43%killed，用咱们上一部得到demo中的.rds数据运行也是不行

文章 电脑连接了无线网却显示无internet连接的解决

...。 关于IP地址详解： 一文详解IP地址：含义、作用、格式、分类等 - 知乎 (zhihu.com) 本地IP查看： 如何查看电脑IP地址？ - 知乎 (zhihu.com) 子网掩码详细解释： 子网掩码是干什么用的？_子网源码是什么-CSDN博客

问题 老师您好，我正在做泛基因家族分析中，家族成员存在缺失分析，需要准备泛基因组列表，前面通过学习咱们得泛基因集构建课程，生成了 final.last.gene.pair.txt 文件，整理格式之后不正确

...st.gene.pair.txt 文件，我的文件为: 现在需要整理成需要的格式，参考教程awk -F"\t|-|_" '{print $1$2"\t"$3"_"$6}' 26Pan-genes.list > 26mazi.pan-genes.list，生成的文件为 但是，第一列泛基因ID，丢掉了泛基因序号，第二列的基因组编号好像是...

文章 NBT同时两篇文章：单细胞数据分析流程 比较

7种单细胞测序技术比较:https://www.nature.com/articles/s41587-020-0465-8 13种单细胞测序技术比较：https://www.nature.com/articles/s41587-020-0469-4

文章 2区纯转录组文章如何写作？

...利用的不多，今天学习一下吧。4. 哈密瓜果实成熟过程中细胞壁生物发生分析细胞壁生物发生与与果实发育密切相关，所以作者接下来将关注点进一步细化，分析了与细胞壁生物发生的差异基因在2个品种哈密瓜转录组中的表达...

问题 关于iqtree占用内存太大的问题

您好，我在用iqtree跑进化树的时候，分配了55G内存，软件报错说内存不够，但是说需要54G，并且软件还在继续运行，占用内存最后飙到了120G，请问这个应该怎么解决？ ps：实验室服务器内存180G，我能调用的内存就120G

文章 文献-子宫内膜癌-单细胞与空间转录组联合分享

...9/fimmu.2023.1145300. PMID: 37081869; PMCID: PMC10110842. 数据： 单细胞：Single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data for 5 patients with EAC (GSE173682) 空间转录组：spatial transcriptomic data for one patient with EC (GSM6177623 in GSE203612) were downloaded from Gene Expression Omnibus ...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...比对情况，可以使用其他工具来将PAF文件转换为可视化的格式 paf文件可视化 软件 minidot # 下载minidotgit clone https://github.com/lh3/minidot.gitcd minidotmake./minidot  alignment.paf > alignment.epsepstopdf.pl alignment.eps alignment.pdf R dotplot： ...

问题 老师您好，我在进行GEO分析时，打开分组文件group_file时出现报错，请问我该如何解决？

group_file.xls

文章 选感兴趣的基因，非编程自行绘制KEGG代谢通路注释图-简单易上手！

...个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，做更牛的个性化分析，绘更漂亮的图，点这个链接：单细胞/空间转录组分析实操  2. 2区文章...