问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，出现如下问题，请问老师这是什么原因呀

...00 GFF lines processed.Error occured when processing GFF file (line 546354 of file /bioData/run_data/lixp/work/GZ_yangtao2/2.alignment/stringtie/stringtie_merged.gtf):  Feature Yangtao2000001 does not contain a 'gene_id' attribute  [Exception type: ValueError, raised in count.py:53]

问题 python 版本的mcscan 绘图输出报错， need more than 0 values to unpack

文章 rockes7 共享目录设置

...port host ##        DO NOT MODIFY       ##  Add any modifications to  ##    /etc/hosts.local file   #127.0.0.1       localhost.localdomain   localhost10.1.1.254      compute-0-0.local       compute-0-010.1.1.253      compute-0-1.local       compute-0-110.1.1.1    ...

问题 WGCNA中绘制性状与模块相关性图出现colorMatrix[, c] : incorrect number of dimensions

之前完全没问题，绘图时出现错误 数据内容如下： 性状数据内容： textMatrix矩阵内容： 实在是不知道到底哪个矩阵的维度不对了...

问题 mRNAid_to_geneid.pl这个文件是所有基因共用的，还是不同基因这个文件也不同

问题 docker 如何进入已经退出的容器container： You cannot attach to a stopped container, start it first

docker attach d6c45e8cc5f0 然后我获取了以下信息： 2014/10/01 22:33:34 You cannot attach to a stopped container, start it first

文章 MCscan报错——kpsewhich命令缺失

...y", line 530, in text_get_vertices_codes    verts, codes = text_to_path.get_text_path(prop, s, usetex=True)  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/textpath.py", line 152, in get_text_path    glyph_info, glyph_map, rects = self.get_gly...

文章 TCGA数据下载

...设置程序参数 project <- "TCGA-STAD" data_category <- "Transcriptome Profiling" data_type <- "Gene Expression Quantification" workflow_type <- "HTSeq - Counts" legacy <- FALSE # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载基因表达量，count数格式的结果 DataDirectory ...

文章 拟南芥叶单细胞分析流程

...cluster.r  --cpu 10  --rds ara_leaf.afterQC.qs  \ --sctransform  \ --integrate.method harmony --batch.id Sample_Name   \ --resolution 0.5 -d 30  \ -p leaf.harmony.sctransform  -o leaf.harmony  原文：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.10.07.511353v2.full 单细...

问题 基因结构变异和表达量的分析

...下代码后报错 Rscript $scriptsdir/compare_stat_boxplot.r -m fpkm_SV_to_draw.2.txt -g SV -v value -b ID 对输入文件有进行去重复，仍然报错，我的输入文件有7个样本，不知道是否需要调整r代码？

问题 老师，我在预测启动子顺式作用元件时，出现out of memory,是怎么回事，下面是我报错的截图

这是我报错的截图 这是输入文件的截图

文章 TCGA癌症和正常组织中的基因表达差异图

...g2 转换 normData1 <- log2(normData) # 对表达数据框进行转置 exprSet <- as.data.frame(t(normData1)) # 以差异表达基因的第一个基因为例 diff_gene <-row.names(diff_expr_out)[1] # 通过样品的barcode 进行样品的分类（癌症，癌旁） exprSet$type <- factor...

文章 微生物多样性16S计算物种累计曲线

...ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples", ylab = "Number of species") boxplot(all, col = "yellow", add = TRUE, pch = "+") dev.off()绘图结果：最终的物种累计曲线中，横坐标是样本个数，纵坐标是发现的物种个数，随着...

问题 老师，请问在进行共线性分析时，出现ValueError: A total of 0 anchor was found. Aborted.是什么原因呀？

问题 Failed to create bus connection: No such file or directory

输入文件 运行代码 #go 富集分析 Rscript $scriptdir/go_enrich.r -l gene.list  -n $scriptdir/go2name.tsv  \   -g go2gene.tsv -o go 输出文件 咱们的课程是输出很多文件，但是我只能输出一个