问题 RNA-seq的转录水平表达分析HISAT, StringTie and Ballgown 中R语言的疑问。

...ure="transcript",covariate="orgnization", getFC=TRUE, meas="FPKM")，结果显示错误：In stattest(bg_chrX_filt, feature = "transcript", covariate = "orgnization", : fold changes only available for 2-group comparisons。我想请问一下我该如何修改这段R代码才能正确比较根茎叶...

问题 McScan，跑出无结果是什么问题？用McScanX还是同样没有结果 附图

问题 怎么判断hmmer用不用二次搜索？二次搜索的意义是什么？

问题 BLAST和MCSanX结果基因ID前后顺序不一致是怎么回事？BLAST结果前面是Zm后面是Sb，而MCScanX结果前面是Sb后面是Zm，下图所示

文章 遗传图谱构建基础知识

...应运而生了，遗传图当时也被称为染色体图——是构建能显示基因以及其他序列特征在染色体上的位置的图。 遗传图谱 定义 通过估算位点之间的重组率来估测不同标记在染色体上的相对位置或线性排列图。 理论基础 在细...

文章 NCBI 中搜索某类基因蛋白序列技巧

有时候做基因家族分析分析的时候，我们需要搜索一类基因，比如某类基因家族基因做为种子序列，然后在自己的基因组或者蛋白序列中鉴定是否也存在这类基因，例如下面这篇葡萄中的基因家族鉴定，就是从NCBI上获得拟南芥...

问题 在进行SSR引物设计，使用课程的数据文件和脚本得到的结果文件没有结果

文章 群体遗传进化名词解释

...位基因频率： 等位基因频率是群体遗传学的术语，用来显示一个种群中基因的多样性，或者说是基因库的丰富程度。在一个群体中，等位基因频率即某类等位基因占该基因位点上全部等位基因数的比率。如：在某种群中一个等...

问题 两个结构域的hmm搜索

老师您好，我看了课程里面介绍的都是一个结构域的hmm搜索，想问一下例如HD-ZIP这种具有Homeodomain（HD结构域）和HALZ（LZ结构域）的基因家族怎么做hmm搜索？是两个结构域分别搜索之后合并结果做后续HD-ZIP家族鉴定吗？

问题 可以利用重测序的结果做表型预测模型吗?(模型构建数据仅基于重测序结果做)

文章 linux的简单命令（二）

...强制退出 2：下载软件 wget +链接 3：cat命令 一次性显示整个文件的内容 cat+file.name+|+tac#表示事先在文件file.name中上下翻转cat+file.name+|+rev#左右反转，每一行的字符都镜像显示 4：查看文件 head和tail #head表示查看文件从前...

文章 Horticulture Research | 基因组变异揭示了莲花的种群历史和生物适应性

...装 作者组装了一个大小为807.01Mb的‘太空莲3号’，BUSCO显示胚胎植物基因中有94.24%可以被完整找到；LAI（长末端重复序列组装指数）为10.26，说明组装达到参考基因组水平。一共注释到28274个基因，其中97.71%位于染色体上。 ...

文章 R语言绘图之调色

...要知道R语言中颜色名称可以使用colors()方法得到。下图只显示50个颜色值： library(scales)show_col(colors()[1:50],label=T) 2 颜色值表示法 另一种颜色的表示方法是用数值的方法表示：也就是RGB的方法表示，通过对红(R)、绿(G)、蓝(B)三...

文章 canda 安装的jcvi 遇到字体错误： UserWarning: findfont: Font family [u'sans-serif'] not found. Falling back to DejaVu Sans (prop.get_family(), self.defaultFamily[fontext]))

...图 | 轻松搞定Krona图 | 进化树+基因结构+motif—1张图全显示| 基因组间共线性图 | 多方法、多版本的微生物网络图绘制课程 | 热图竟然还能用Excel来画 | Cytoscape-网络图绘图技巧 | 怎么做一张好看的分类学树状图 |

文章 Linux常用命令(目录、文件、权限)——适合新手小白

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