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文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 进行转录本的合并

...LENAME=<prefix>.count.txt FASTQ_FILENAME=<prefix>.rep.fastq 2. 参数选项 --fuzzy_junction FUZZY_JUNCTION ：  这个是设置链接点处的允许不同碱基的最大数量 --allow_5merge： 这个是设置，是否允许对5'不一致的转录本进行截断

问题 请问GCTA运行报错，打不开软件怎么回事呢？

[root@iZZ software1]# ls gcta_1.94.0beta  gcta_1.94.0beta.zip [root@iZZ software1]# cd /software/gcta_1.94.0beta -bash: cd: /software/gcta_1.94.0beta: No such file or directory

文章 记录一个数据下载：GSE12417

Rscript ../tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r -g GSE12417 -o GSE12417-array --skip 27直接下载会报错，这里手动下载：#手动下载 matrixwget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12417/matrix/GSE12417-GPL570_series_matrix.txt.gz -O GSE12417-array/GSE12417-GPL5...

文章 TCGA 临床随访信息follow up 各列介绍：

TCGA 临床随访信息各列查询：https://docs.gdc.cancer.gov/Data_Dictionary/viewer/#?view=table-definition-view&id=follow_up  typeproject_idsubmitter_idcases.submitter_iddiagnoses.submitter_iddays_to_follow_upadverse_eventadverse_event_gradeaids_risk_factorsbarretts_esophagus_goblet_ce...

文章 使用picard对参考序列建索引时报错“java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type”

...ERENCE Bromus_tectorum.faa --OUTPUT Bromus_tectorum.dict 报错： 10:13:20.679 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/share/work/biosoft/picard/picard-3.0.0/picard.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so [Fri Oct 13 10:13:20 CST 2023] CreateSequenceDictio...

文章 获取关系矩阵（WGCNA)

...构建网络。在代码实现的过程中往往： 1、计算power值 2、基于power直接利用adjacency()由表达矩阵--邻接矩阵，实现多步计算 但是如果想要关系矩阵呢？基于什么样的代码可以获得关系矩阵？并且不拘于WGCNA中？ 可以基于cor 或者...

文章 如何制定OKR，打造高绩效团队？

...用【堆栈】的方法，根据所需的价值和努力对团队的当前工作以及新请求的项目进行排名。如果OKR包含除最高努力以外的任何其他内容，那么它们就像一切照常的OKR。放弃低优先级的工作并将资源重新分配给顶级的OKR。 有一...

文章 这本SCI期刊的录用率高达100%！！真相是......

...JournalSuggester查询到，这本期刊平均一审时间只需要12天（工作日），换算成星期的话应当在3周左右不到一个月，与LetPub和MedSci的1个月和1.2个月相差无几；但接收率仅有15%，这一数字与国内两款工具相差巨大！这个数字是期刊所...

文章 Perl正则表达式

...难。 参考百度文库：https://wenku.baidu.com/view/baa401f5dd88d0d233d46ab5.html 正则表达式的三种形式     首先我们应该知道Perl程序中，正则表达式有三种存在形式,他们分别是：         匹配：m/<regexp>/（还可以简写为/<regexp...

文章 基于perl 提取基因家族内的串联重复基因对

...路径 -id  输入基因家族基因id，文件格式如下： Bol014029Bol014986Bol021982Bol023208Bol005493Bol008082Bol021317Bol021325Bol033054Bol033162 -tandem  输入MCScan的串联重复结果文件tandem( , 分隔），文件格式如下： Bol004372,Bol004373Bol004375,Bol004376Bol00440...

问题 老师，您好，我想请问一下，conet分析时，如果不加环境因子的时候可以正常运行，但是加上环境因子就不行，想问一下是什么原因？下面是我环境因子的格式，我用notepad++转换成文本格式了

fatures.xlsx

问题 https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下载全基因组测序文件，进行GWAS分析，下载哪几个啊

愁死了可，不知道下载哪几个文件

文章 两分钟看懂基因组注释GFF文件

随着大数据时代的到来，很多生物科研工作者都接触了基因组相关实验。在做数据分析的时候，会用到一个很重要的文件，就是基因组的注释文件，也就是今天分享内容的主角GFF文件！ 什么是GFF文件 GFF格式是Sanger研究所...

文章 离子交换色谱步骤及作用

离子交换层析(IEX)是一种主要基于蛋白净电荷的色谱分离方法，通常用于追踪脱酰胺和琥珀酰亚胺的形成。IEX有两种类型：阳离子交换和阴离子交换层析法。当缓冲液pH值高于此IP时，蛋白带负电（阴离子）；当pH值低于此IP时，...

问题 get_gtf.pl 脚本修改请教

...ensemble上的有差别 我想提取这段基因的内外含子结构但get_gtf.pl      提不出来 这是gff文件第九列信息样子 ID=cds39033;Parent=rna44550;Dbxref=GeneID:105319604,Genbank:XP_011415503.1;Name=XP_011415503.1;gbkey=CDS;gene=LOC105319604;product=neprilysin;protein_id=...