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问题 老师您好,今天利用docker进行基因家族分析进入组学大讲堂虚拟机时报错,之前一直正常

...pipe%2Fdocker_engine/v1.40/containers/create: open //./pipe/docker_engine: The system cannot find the file specified. In the default daemon configuration on Windows, the docker client must be run elevated to connect. This error may also indicate that the docker daemon is not running. See 'C:\Progra...

文章 论文投稿之路:SCI期刊选得好,毕业没烦恼!

...因查重被拒稿的时间。 还有,各种寻刊神器用起来!比如Journal Suggester、Journalfinder、Edanz Journal Selector等等,会大大节省你的时间,这个就不具体展开了,之前文章有讲过。 希望大家都能一投即中。 生物女学霸,一个自称学...

文章 kraken2生成的biom文件处理

...tput biom file', required=True) args = parser.parse_args() # Load the BIOM table table = load_table(args.input) # Get the OTU IDs and the data otu_ids = table.ids(axis='observation') data = table.matrix_data # Get the taxonomy metadata metadata = table.metadata(axi...

问题 基因家族分析中基因家族成员的筛选与取舍如何判断?

...列文件,现在想将二者进行合并去重复,后面再去用CDD-research筛选出有对应保守域的基因确定最终的基因家族成员。但是我通过两个方法获得的蛋白序列文件信息差别有点大,几乎没有重复项,另外也出现两个不同的基因名但是...

文章 NCBI上下载参考基因组信息

... 点击之后,就进入下载页面: 注意,点击Download the RefSeq assembly与Download the GenBank assembly都可以下载物种的全基因组信息,但是Download the GenBank assembly会提供RNA、蛋白的一个gff格式文件,而Refseq上没有(gff.是一个基因注释...

问题 /sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: Protocol error 模拟器设置公共文件夹时候出的错实在不知道从何下手

问题 老师,您好,我按照课程执行重测序里面的变异结果统计与绘图,其中indel可以正常执行,但是snp运算没有结果,请问老师是什么原因呢?

...art.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp时总是出错,显示Use of uninitialzed value in division (/) at /work/scripts/vcf_stat.pl line 313.还有Illegal division by zero at /work/scripts/vcf_stat.pl line 312.运算没有结果,请问老师是什么原因呢?

文章 univariate_cox_batch.r 基因表达量批量单因素cox回归分析

...0291076 参考文献: 使用R包 survival 做cox分析 Therneau T (2021). A Package for Survival Analysis in R. R package version 3.2-11, https://CRAN.R-project.org/package=survival. Terry M. Therneau, Patricia M. Grambsch (2000). Modeling Survival Data: Extending the Cox Model. Springer...

问题 老师您好!装完linux虚拟机后,不能和windows实现共享怎么解决呢?出现了这个/sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: Protocol error。谢谢

文章 AI 写代码之绘制GWAS 曼哈顿图

没有做任何修改,全靠 对话AI,利用AI给的R代码绘图结果,还是不错的: 这是对话链接大家可以看看:https://www.doubao.com/thread/w1d46b45b18549316

问题 做WGCNA分析时,得到的CytoscapeInput-edges文件都是空的,请问该如何解决?

老师您好,我看到您在2021-03-20提问的问题:在做WGCNA分析时,得到的CytoscapeInput-edges文件都是空的,请问该如何解决?我也遇到了相同的问题,请问您后来如何解决的呢?感谢您!

文章 IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能

...ntifying gut microbial biomarkers of Qinghai-Tibet Plateau populations and the functionality of microbiota-derived butyrate in high-altitude adaptation”的文章,该文章找到了可能与高原适应相关的肠道微生物标志物,并揭示了丁酸在减轻高原环境造成的肠道损...

文章 11月8日见刊(IF=4.5)水稻U-box E3基因家族分析文献解析

...刚在线发表的水稻U-box E3家族的文章,发表在International Journal of Molecular Sciences期刊上,影响因子IF=4.556,我们就一起看看这篇文章都写了哪些内容,希望对您的思路有所帮助。 U-box E3 Ubiquitin Ligase简介 泛素蛋白酶体途径是己知...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 计算育种值与GWAS表型性状数据整合

... 0.3015  ##  Residual             3.48151  1.8659  ## Number of obs: 575, groups:  lines, 209; env, 3## ## Fixed effects:##             Estimate Std. Error t value## (Intercept)  60.8465     0.2511   242.3我们可以得到遗传方差(即lines的方差)和残差方...

问题 利用getGEO函数下载GSE数据时提示“Error in open.connection(x, "rb") : cannot open the connection”下载GDS,GPL和GSM都是正常的。

我就觉得奇怪了,下载GDS.GPL和GSM的时候都是正常的,就是这个GSE下载不了,就这样提示,谢谢!