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问题 Ilumina芯片 IDAT原始数据标准化处理

老师,看了您的视屏Ilumina  的只有用limu 包处理txt 格式的数据,怎么处理idat 格式的数据

文章 利用awk 对某一列数据取对数

awk 具有内置算术函数log(x),以e 为底可以对数据取对数运算,而以其他数值为底进行取对数可以基于这一函数进行转换,譬如  以2为底取对数: log(x)/log(2)即可。 下面针对数据第二列进行取对数,(数据从第二行开始进行计算,...

问题 宏基因组数据预处理问题

老师,宏基因组经过组装后的数据进行分布进行功能和分类注释,功能通路的丰度用tpm表示,分类注释用相对丰度表示,这两者数据本质上区别不大吧。因为我找到一篇论文他做mmvec分析时,用的宏基因组通路的对数转换后的丰...

文章 你不知道的微生物互作分析方法

处理16s测序数据时,相信很多同学已经看倦了常见的Alpha、Beta多样性分析,PCA分析之类,那么除了这些标准内容,我们还能做些什么呢? 此前,我们介绍了如何进行网站在线OTU互作网络分析——OTU互作网络分析用MENA,而今天...

文章 关于基因家族成员构建进化树时报错如何处理!

...网站进一步鉴定自己搜索到的基因家族成员,从而进一步筛选鉴定结果。

问题 芯片数据RNA降解情况

老师我想问下这样的数据RNA降解图怎么解释

文章 rmvnorm函数生成随机矩阵

...家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 简单绘制箱线图

箱线图,又称盒形图,常用来展示数据的整体分布情况,也是目前科研论文中经常出现的一类图形。标准的箱线图包含几个重要的元素,如下图所示,包括下四分位数(第25%数据的大小)、上四分位数(75%数据的大小)、中位数...

问题 BSA数据在哪里下载呢?

 BSA数据在哪里下载呢?

文章 Excel画图过程中添加误差线

...文章) 那么在Excel中如何快速添加呢? 以下图中的测量数据的均值(Excel函数:AVERAGE计算)绘制出A、B、C处理结果的柱状图,如何在柱状图上添加误差线呢?以标准差计算为例:1、 在Excel中选中对应的单元格,插入函数进行...

文章 Vennerable包venn返回结果绘图

1、Vennerable包绘图过程  是由Venn函数 对各组数据构成的列表 进行处理返回一个Venn 对象,该对象是s4 譬如:  library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, type="squares") 查看w显示其为Venn object: > wA Venn object o...

文章 grep 两个文件内容取交集

利用grep 筛选两个文件中共有的信息 N.txt cat N.txtZm00001d003640_P001Zm00001d003640_P002Zm00001d003640_P003Zm00001d010870_P001Zm00001d011034_P001 C.txt cat C.txtZm00001d003640_P001Zm00001d003640_P002Zm00001d003640_P003Zm00001d010870_P001Zm00001d011035_P001 N.txt 和C.txt 的交集gre...

文章 MENA如何结合OTU共现性网络与环境因子

...网络进行分析(Analyze the networks),其中一项是结合性状数据,又或者说环境性状(因子)进行联合分析。 其主要步骤如下: 1、 点击网页左侧Analyze the networks 进入分析页面,点击选择进行OTU与环境因子相关性等计算,如下图...

问题 您好,我想问一下关于《基因家族鉴定分析操作手册》当中2.3blast的问题

...化树构建,还是要像w.sh文件里面一样用脚本对文件进行筛选啊。

问题 请问在GEO中收到的比如肝癌的随便一篇文章的数据都能拿来分析自己的问题么?应该怎么选择用哪组数据

...不一样,在这种情况下应该以什么标准来选择下载哪一组数据进行分析呢?大家有什么经验没啊