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问题 repeat.summary.txt 文件为什么有的总类别有数据,如DNA,有的总类没有数据,如LINE,

在repeat.summary.txt中,DNA,LTR,RC等它们是一个总类吗,为什么有的总类后面会有结果,为什么有的总类后面没有结果,DNA那一行该怎么理解呢,它的class是什么呢

文章 colorRamPalette函数生成调色板

...> barplot(1:5,col=Lab.palette(5)) 相关参考:GEO芯片数据挖掘                     R语言画图 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析...

问题 老师您好,我在用conet对自己数据分析时,总是报错。

我所用数据是在组学大讲堂课程中参考数据的基础上,把自己数据粘贴进去。随后按步骤操作时,软件conet总是报错,无法构建OTU网络图。报错图片我已上传,恳请老师相助。

文章 Excel数据分析技巧之双因素方差分析

...项--转到--加载宏--分析工具库--确定。具体可以参考Excel数据分析技巧之方差分析。 02  打开excel表(版本为Excel2010 ),输入需要分析的数据,本次演示的数据是温度和PH值对水稻种子萌发率的影响。在这里,我们没有设置重复...

文章 perl大小写变换函数lc()与uc()

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 在转录组数据中为什么有一些没有NT,NR注释,但是有blast注释。想要找还未进行功能表征的基因应该怎么分析数据

问题 怎么利用BSA测序的数据的双亲和子代池的重测序数据设计KASP标记,有没有这方面的脚本可供学习,或者课程

问题 老师好,这是我在绘制圈图时出现的一半有数据,一半没有数据,反复检查文件之后,并未发现问题的地方,麻烦老师看一下

文章 你不知道的微生物互作分析方法

处理16s测序数据时,相信很多同学已经看倦了常见的Alpha、Beta多样性分析,PCA分析之类,那么除了这些标准内容,我们还能做些什么呢? 此前,我们介绍了如何进行网站在线OTU互作网络分析——OTU互作网络分析用MENA,而今天...

文章 利用awk 对某一列数据取对数

awk 具有内置算术函数log(x),以e 为底可以对数据取对数运算,而以其他数值为底进行取对数可以基于这一函数进行转换,譬如  以2为底取对数: log(x)/log(2)即可。 下面针对数据第二列进行取对数,(数据从第二行开始进行计算,...

文章 blast+命令选择

... blastp:使用blastp来将一个蛋白质查询序列与一个蛋白质数据库进行比较。 blastn:使用blastn来将一个DNA查询序列的两条链与一个DNA数据库进行比较。 blastx:使用blastx来将一个DNA序列用所有可能的阅读框翻译成6个蛋白质序列,...

问题 Ilumina芯片 IDAT原始数据标准化处理

老师,看了您的视屏Ilumina  的只有用limu 包处理txt 格式的数据,怎么处理idat 格式的数据

问题 宏基因组数据预处理问题

老师,宏基因组经过组装后的数据进行分布进行功能和分类注释,功能通路的丰度用tpm表示,分类注释用相对丰度表示,这两者数据本质上区别不大吧。因为我找到一篇论文他做mmvec分析时,用的宏基因组通路的对数转换后的丰...

文章 简单绘制箱线图

箱线图,又称盒形图,常用来展示数据的整体分布情况,也是目前科研论文中经常出现的一类图形。标准的箱线图包含几个重要的元素,如下图所示,包括下四分位数(第25%数据的大小)、上四分位数(75%数据的大小)、中位数...

文章 rmvnorm函数生成随机矩阵

...家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...