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文章 indel vcf文件转化为SNPT输入文件

...的输入文件。 命令如下： perl /share/work/wangq/script/vcf/vcf_SNPT.indel.pl -vcf clean.vcf -o SNPT.input.txt vcf_SNPT.indel.pl脚本如下： #!/share/nas2/genome/bin/perl -w#use strict;#use warnings;use Getopt::Long;use List::Util qw(shuffle);use Data::Dumper;use FindBin qw($Bin ...

问题 基因家族分析共线性的时候没有大片段复制的基因对 正常吗

...色的线条，，，使用脚本perl /biosoft/MCScanX/MCScanX/downstream_analyses/detect_collinearity_within_gene_families.pl -i HSP70_family.txt -d mcscan/FN.collinearity  -o HSP70.collinear.pairs，，，，最后HSP70.collinear.pairs文件里只有一个HSP70，其他啥也没有。      ...

文章 IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践

...。整理过程可以用以下shell代码快速实现。 zcat GSE149614_HCC.scRNAseq.S71915.count.txt.gz|head -1|sed 's#\t#\n#g'|perl -e 'while(<>){chomp;/^(HCC\d+)(\w)_([ATCGN]+)$/;print "$_\t$1\t$2\t$3\t$1$2\n"}' |sed '1ibarcode\tPATIENT_ID\tTissue\tcellID\tsample' >metadata.tsv...

文章 基于perl 提取基因家族内的串联重复基因对

...定基因家族内的串联重复基因对。 脚本文件名   get_tandem_gene.pl ，运行命令为： perl get_tandem_gene.pl  -id hqs.id  -tandem ganlan.tandem  -name hqs -od ./  命令解释： get_tandem_gene.pl脚本文件名，最后写明全路径 -id  输入基...

文章 安装R包出现链接库缺失的问题

 unable to load shared object '/home/wanghj/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/00LOCK-igraph/00new/igraph/libs/igraph.so':  libglpk.so.36: cannot open shared object file: No such file or directory 如上面的报错,这个时候最简单的办法是通过locate查看是否存在链接库(linux里)...

文章 pRRophetic包预测药物敏感性

...下面这条命令进行安装pRRophetic包 install.packages("pRRophetic_0.5.tar.gz", repos = NULL, dependencies = TRUE) 从CPG细胞系预测临床结果 根据基因表达谱数据进行预测患者化疗效果，基因表达谱数据中行名为基因名，并且数据为matrix矩阵 predicte...

文章 ftp链接登陆下载文件

...文件夹 参考资料： Linux访问远程FTP服务器并下载文件_linux中shell脚本连接ftp-CSDN博客 Linux必备下载命令之wget详解 - 知乎 (zhihu.com)

文章 SignalP：信号肽预测工具

...其实一般来讲我们都不会有这么多序列一起去预测的O(∩_∩)O哈哈~ B．物种选择： 根据你预测的蛋白质来源选择革兰氏阳性细菌、革兰氏阴性细菌或真核生物。

文章 ggsci 的颜色可视化

ggsci 的使用 在ggplot2绘图时，可以通过scale_color_palname()或者scale_color_aaas()直接调用ggsci的色板。 ggplot2()+geom_line()+scale_color_palname() #palname指的是色板名字，如调用science配色，则是scale_color_aaas() 另外，ggsci包含的调色板很多，在Rs...

问题 在用gemma进行亲缘关系矩阵计算时，已经給fam文件添加表型但还是报错

.../gemma/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile /wtmp2/user049/yushiyan/prune_/alleledphwemafmissing_LDfiltered.snps -gk 2 -p /wtmp2/user049/yushiyan/-P/pheno.txt -o /wtmp2/user049/yushiyan/kinship/result.kinship_n21 ERROR: Enforce failed for number of analyzed individuals equals 0. in src/param.cp...

文章 从MEGA进化树分析结果nwk文件提取基因ID

...，为此写了一脚本，可以实现此操作。 用法： perl nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。 脚本代码； use Getopt::Long;use strict;my %opts;GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");open(IN,"$opts{i}") || die "open...

问题 pheatmap绘制热图在添加聚类颜色标注的时候出现错误

代码 mat<-read.table("/Users/aiyi/Downloads/All.DEG_final_3000.csv",header=TRUE,sep=",",row.names=1) head(mat) library(pheatmap) cellheight=300/nrow(mat) cellwidth=300/ncol(mat)  col=c("green","black","red") color=colorRampPalette(col)(100) pheatmap(mat,scale="row",show_rownames = F,co...

文章 空间转录组数据读取

...可以用seurat内置的函数直接读取了,代码如下 obj = Load10X_Spatial(data.dir = your_data_dir,filename = "filtered_feature_bc_matrix.h5",assay = assay) 这个datadir就是spaceranger跑出来的目录里有个子目录叫out,指定一下就行,后面的操作就和单细胞转录组...

问题 泛基因家族分析之Fam_gene.list

...组列表final.last.gene.pair.txt（当时发您参考基因组名字Yugu1_T2T.genome有误），但在家族成员存在缺失分析时，awk 'FNR>1{print $1"\t"$2"_"$3}' final.last.gene.pair.txt > foxtail_millet.pan-genes.list 整理格式时，已经均进行了调整（名字纠正...

文章 NCBI基因组数据格式修改

...file        <infile>      optional        -pro_out        output protein fasta file       <outfile>       optional        -o          output genoma gff file            <outfile>     must be given...