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文章 从GDC数据库下载TCGA的miRNA不同isoform表达量数据

...oject <- "TCGA-CHOL" data_category <- "Transcriptome Profiling" data_type <- "Isoform Expression Quantification" workflow_type <- "BCGSC miRNA Profiling" legacy <- FALSE # 查询可以下载的数据,有时候查询的API不稳定,需要多试几次 query <- GDCquery(project = p...

问题 gdcRNADownload(project.id = 'TCGA-CHOL', + data.type = 'RNAseq', + write.manifest = FALSE, + method = 'gdc-client', + directory = rnadir)

在执行上面这段代码时出现这个错误

文章 当下,转录组文章怎么写?

...I, Whatmore P. Transcriptome profiling of lentil (Lens culinaris) through the first 24 hours of Ascochyta lentis infection reveals key defence response genes.[J].BMC genomics, 2018, 19(1):108. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章...

问题 gdcRNADownload(project.id = 'TCGA-CHOL', + data.type = 'RNAseq', + write.manifest = FALSE, + method = 'gdc-client', + directory = rnadir)

你好,我先运行上面这行代码时出现了这个错误

问题 网易云课堂WGCNA-加权基因共表达网络分析问题

...码和数据,前面出图和老师的一样,卡在这步 sft = pickSoftThreshold(datExpr0, powerVector = powers, verbose = 5) pickSoftThreshold: will use block size 2938.  pickSoftThreshold: calculating connectivity for given powers...    ..working on genes 1 through 2938 of 2938 Error i...

文章 R语言使用ggraph绘图导出pdf报错——“invalid font type

...结果导出pdf的时候报错,不可用的字体类型“invalid font type” 如果继续使用ggsave导出,可以直接载入字体: library(showtext) font_add('Times','/Library/Fonts/Times.ttf') showtext_auto() #调用showtext使其能够在ggsave()中使用 或者可以选择使...

文章 AI助手帮我整理GEO数据库中样本信息表格

...t 表格3 数据SRR号和GSM的信息: Run Library Name tissue tissue_type time_point SRR17839305 GSM5851572 Tumor Head And Neck Oral Cavity Squamous Cell Carcinoma post SRR17839306 GSM5851571 Tumor Head And Neck Oral Cavity Squamous Cell Carcinoma pre SRR17839307 GSM5851570 Tumor Head And Neck...

文章 怎样画多物种基因家族共线性分析图?

... #将gff压缩文件转换成bed格式python3-m jcvi.formats.gff bed --type=gene Arabidopsis_thaliana.gff3 -o Arabidopsis_thaliana.bedpython3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene  Brassica_rapa.gff3 -o baicai.bedpython3 -m jcvi.formats.gff bed --type=gene  Brassica oleracea.gff3 ...

问题 R语言“had non-zero exit status”安装报错

在linux  R语言安装某些R包时,出现以下报错,在网上搜了一些解决办法仍未能解决。 In install.packages(...) : installation of package ‘muscle’ had non-zero exit status

文章 CRISPR基因编辑MC-3T3细胞系—骨相关研究的神器-源井生物

...骨生物学相关的研究。 References: 1. Osteoprotection Through the Deletion of the Transcription Factor Rorb in Mice. Journal of Bone and Mineral Research, 33(4) 2018, 720–731. 注明 | 文章是源井生物原创,转载请注明。 关 注 供 纵 昊 “源井生物”,了...

文章 重测序群体遗传进化分析之—进化树构建

...用tassel软件对文件进行排序run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile clean.vcf.gz \    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF#vcf文件格式转换成Phylip格式,用于后续构建进化树run_pipeline.pl  -Xmx5G -importGuess  $workdir/00.filter...

文章 TCGA癌症和正常组织中的基因表达差异图

... 通过样品的barcode 进行样品的分类(癌症,癌旁) exprSet$type <- factor(substr(rownames(exprSet),14,14), labels = c('Tumor','Normal')) # 查看exprSet 数据的格式 head(exprSet[c('type',diff_gene)]) #      type ENSG00000000460 #    TCGA.BR...

文章 docker clash 配置

...xy https_proxy docker配置: Create a systemd drop-in directory for the docker service:$ sudo mkdir -p /etc/systemd/system/docker.service.d Create a file named /etc/systemd/system/docker.service.d/http-proxy.conf that adds the HTTP_PROXY environment variable: [Service] Environment="HTT...

文章 WGCNA筛选Biomarker

...过这一步的分析最终发现几个重要基因:GATA2, PTGS1, POSTN, and CD44 具有这类特征,这几个基因的功能也和过敏性哮喘紧密相关。 富集分析 针对筛选到的四个重要模块:magenta、pink、yellow、 blue,进行GO富集分析,观察模块内基因...

文章 mclust analysis.r 基于模型的聚类

... input clinical information file path[required] --mclust whether to cluster the samples[optional,default:False] -g group, --group group Group the samples into several categories[optional,default:3] -n model_name, --model_name model_n...