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文章 docker容器下mysql数据库还原与备份

...re_days | xargs rm -rf`echo -e "\033[32m ------------------- MySQL数据库已备份 $expire_days天前的备份已删除---------------- \033[0m" #greenfi 复制代码 2、执行定时计划，每天凌晨1点执行备份 进入 vi /etc/crontab 加入如下的内容 # /home/shell/mysql...

文章 提取合并基因家族的domain序列

在做基因家族分析中，使用hmmsearch搜索到结构域后，如果基因有多个domain，并且需要将所有domain提取连接在一起，可以使用下面的脚本完成。 使用方法： 命令如下： perl   domain_hebing.fa.pl   hmmsearch.out.txt   Arabidopsis_thaliana.TAIR1...

问题 如何批量根据微生物种属名称下载某一功能蛋白的氨基酸或核酸序列？

求大神，问题如题，具体为我想根据微生物的种属名现在已报到的这个种的一个功能蛋白的序列 但是我想要研究的微生物很多，有70多个，我该如何做？

问题 如何确定差异基因在哪条通路上？

在转录组里筛选的某一个差异基因没有注释通路信息，要如何确定该基因在哪条kegg pathway上？在KEGG在线网页上根据基因ID号也没有查到所在通路。

问题 如何提取一个冷门物种（NCBI下载）的CDS序列

...我如何提取某个基因的代表性CDS序列呢？ 为了查看方便已将相关文件上传到百度网盘中供查看：链接：https://pan.baidu.com/s/1Zan0B4Ltn65vfSmjMJLu1Q 提取码：6455！！！太恼火了！ 图1 图2

文章 NCBI 基因ID命名规则 Ensembl数据库ID命令规则

...是什么： NCBI中 前缀 意义 NM_/NP_ 已校正的mRNA/蛋白序列ID XM_/XP_ 软件预测的mRNA/蛋白序列ID NC_ 一般为染色体序列ID NG_ 基因序列ID NT_ 一般为contig序列ID EN...

问题 各位老师好，jcvi使用时报错如下，请问应该如何解决呢？非常感谢！

使用jcvi绘制共线性线图时报错如下： 网上搜索的说有空行或者是因为没有填颜色，但我的layout文件没有这些问题，请问应该如何解决呢？

问题 各位老师好，jcvi使用时报错如下，请问应该如何解决呢？非常感谢！

使用jcvi绘制共线性线图时报错如下： 网上搜索的说有空行或者是因为没有填颜色，但我的layout文件没有这些问题，请问应该如何解决呢？

问题 老师你好，关于基因家族成员的鉴定

...的是74个，这个是怎么回事呀，同样水稻也是不同。是E值筛选的时候设置小了吗？具体发文章影响吗？请老师指导。

问题 Python 版mcscanx出现AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'order'

...3/envs/jcvi/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/karyotype.py", line 281, in __init__     layout = Layout(layoutfile, generank=generank)   File "/home/chenxh/miniconda3/envs/jcvi/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/karyotype.py", line 81, in __init__     blocks = self.parse_blocks...

问题 TCGA数据中primary site数据下载

如果还是继续用GDCdownload下载数据的话，之前筛选出来的primary site就没有被用到，下载之后还是所有HNSC的表达数据，看了一下GenomicDataCommons这个包里有有一个gdcdata函数，应该是用来下数据的，但是不太会写代码。

文章 blast在linux上的用法

...ST程序所使用的处理器的数目，缺省值1 -S：在数据库中搜索时所使用的核酸链 (strand），只对blastn、 blastx和tblastx有效；1表示top，2表示bottom，3表示both；缺省值3 -T：产生HTML格式的输出I/F]，缺省值F -n：使用MegaBlast搜索（T/F...

问题 PASA预测基因数目过少

...st_candidate.gff3有6514个基因，有编码潜力的只有588个，最后筛选的high_quality_gene.gff3只有1538，过滤掉距离太短的只剩下994。您说2500个基因左右即可，但是我预测出来的基因远低于这个数值。有必要在哪一步进行优化吗？

文章 重测序群体遗传进化分析之—进化树构建

...rate heterogeneity type 替换模型MODEL包括： DNA模型: JC/JC69, F81, K2P/K80, HKY/HKY85, TN/TrN/TN93, TNe,K3P/K81, K81u, TPM2, TPM2u, TPM3, TPM3u, TIM, TIMe,TIM2, TIM2e, TIM3, TIM3e, TVM, TVMe, SYM, GTR and 6-digit 蛋白质模型： BLOSUM62, cpREV, Dayhoff, DCMut, FLU, HIVb, HIVw, JTT,...

问题 关于构建进化树的序列问题

...家族的整理文件，有进行成员的分类，但比我自己用模型搜索的成员多一倍，这个也比较疑惑，请问应该以哪个为准？）