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问题 安捷伦双色通道 “RawData=read.maimages(files=files,source="genepix") “报错”

老师您好！ 我购买了付费课程，开头就报错了。Error in readGPRHeader(fullname) :    File is not in Axon Text File (ATF) format。请帮忙解决下 谢谢

文章 Monocle2|单细胞测序的拟时序分析

...一篇单细胞测序文章《Single-cell profiling of tumor heterogeneity and the microenvironment in advanced non-small cell lung cancer》（IF=14.92）就多次采用拟时序分析，探讨不同细胞亚型之间的分化关系。 拟时序分析 为了方便大家能高效快捷的对单细...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

...f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo.txt /biosoft/miniconda/envs/qiime1/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.   warnings.warn('Matplotlib is building the font cac...

问题 相关系数矩阵

计算OTU间两两相关系数矩阵 ，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数（the Benjamini and Hochberg false discovery rate (FDR)）矫正。具体如何实现呢，望大神赐教！！

文章 python中列表、字符串和数组之间的互相转换

...ist 转 array a = [1,2,3,4] import numpy as np a_array=np.array(a) print(a_array) （2）数组转列表，array 转 list a_list=a_array.tolist() print(a_list) （3）数组转字符串，array 转 str arr = ['a','b'] #方法1 str1 = ''.join(arr) print(str1) #方法2 str2 = ''...

文章 空间转录组数据读取

...数本体如下 library(Seurat)library(png)library(jsonlite)Read10X_MatrixAndImage = function(data_dir, project_name = "SeuratProject", filter_matrix = TRUE) { # Function to read the count matrix and create Seurat object read_count_matrix = function(data_dir) { counts = Read10X(paste0(...

文章 R magick 包安装包错

做富集分析这里报错： In bitr(DEG_list, fromType = opt$idtype, toType = opt$totype, OrgDb = opt$ann.db) :   26.02% of input gene IDs are fail to map... --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: --> return NULL... NULL Error in (function (classes, fdef, mta...

文章 bioperl批量计算蛋白质分子量等电点pI

...差异，可能计算的方法有些不同)如下： die "perl $0 <in>  <out>" unless(@ARGV==2);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Bio::Tools::SeqStats;use Bio::Tools::pICalculator;use Data::Dumper; #读入序列 my $in = Bio::SeqIO->new(-file   => "$ARGV[0]",-format => 'Fast...

问题 DANPOS3分析MNase-seq数据

...iple命令比较两组数据，出现下面的报错 ValueError: math domain error R[write to console]: Warning messages: R[write to console]: 1: R[write to console]: In ppois(q, avg, lower.tail = FALSE, log = TRUE) : R[write to console]:  NaNs produced R[write to console]: 2: R[write to...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：Segmentation fault

...f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo.txt /biosoft/miniconda/envs/qiime1/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.   warnings.warn('Matplotlib is building the font cac...

文章 单细胞转录组测序简介

...ek AK, Villani AC, Regev A, Levin JZ. Systematic comparison of single-cell and single-nucleus RNA-sequencing methods. Nat Biotechnol. 2020 Jun;38(6):737-746. doi: 10.1038/s41587-020-0465-8. Epub 2020 Apr 6. Erratum in: Nat Biotechnol. 2020 Apr 27;: PMID: 32341560; PMCID: PMC7289686.延伸阅读 GEO...

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

...称LSU，即23S和28SrRNA）。目前其最新数据库版本为SILVA SSU andLSU databases 128，更新时间为2016年9月29日，最新版本数据库包含的数据信息见下表1所示。 表1 SILVA SSU andLSU databases 128数据库基本参数信息  SSU参考序列SSU非冗余参考序列...

文章 Dsuite软件安装时编译报错

在安装Dsuite软件时遇到make报如下错误： Dsuite_common.cpp: In function 'int assignNumLinesToAnalyse(int, int, const std::string&)':Dsuite_common.cpp:124:45: error: 'istream_iterator' is not a member of 'std'  124 |         VCFlineCount = (int)std::count(std::istream_iterator&...

文章 Muscle 进行多序列比对

MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件，在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有本地版和在线版，在线版网址如下：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/...

文章 merged.gtf 合并同一转录本的exon位置

...所有外显子位置信息。 merged.gtf文件实例： Chr00   Cufflinks       exon    37990   38333   .       +       .       gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000001"; exon_number "1"; gene_name "MD00G1000200"; oId "CUFF.2.1"; nearest_ref "mRNA:MD00G1000200"; class...