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文章 ncbi基因组数据格式转换

... UsageForced parameter:-gff        genoma gff file           <infile> must be given-fa genoma fasta file   <infile> must be given-o output gff file   <outfile> must be given-out output fasta file   <outfile> mus...

问题 重复文章代码出错

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyNzIyNTczNA==&mid=2247491475&idx=1&sn=8b287625fc3b81f4a3e7b62f48c5e4d8&chksm=e865267adf12af6c8635c6515d5210a097c02a28301dc8923504593611d69db3d80ae2814a93&scene=21#wechat_redirect 在“人工智能（AI）在微生物组中的应用-随机森...

文章 immune_compare_stat.r 免疫细胞表达差异比较

...                                 [-n prefix]t.test annova and wilcox.test: https://www.omicsclass.com/article/1496optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i filepath, --input filepath                        input alpha diversit...

文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ

...(FPKM) calculation normalizes read count by dividing it by the gene length and the total number of reads mapped to protein-coding genes. Upper Quartile FPKM The upper quartile FPKM (FPKM-UQ) is a modified FPKM calculation in which the total protein-coding read count is replaced by the 75th percent...

文章 R-对NA 数据进行处理

... 10D 4 9 1 将所有空值用0代替 > for(i in 1:ncol(dat)){+ dat[is.na(dat[,i]),i]=0+}> dat sample1 sample2 sample2.1A 1 5 8B 2 0 0C 0 7 10D 4 9 1 删除所有的NA数据 > for (i ...

问题 ggtern 运行报错

geom_point requires the following missing aesthetics: x and y

文章 空间转录组动力学分析

...力学分析参考：https://github.com/TheJacksonLaboratory/PDX-melanoma-integrated-analysis In [18]:sys.path.insert(0,f"{script_dir}/python_lib") fromplotsimport plotSpatialAll fromplotsimport plotPhiHeatmap, plotFiForAd fromutilsimport computFullGridVelocity, getGridPhi, getGridVelocityForSour...

文章 序列的提取和截取

...eq 通过指定区域提取序列 -r 通过区域来截取序列，提取 in.fa 前12个字符，可以用--chr指定染色体seqkit subseq -r 1:12 data/in.fa  >  out.faseqkit subseq -r 1:12 data/genome.fa --chr chrI --bed / --gtf 通过指定文件提取序列 seqkit subseq --bed data/gene....

文章 外显子测序解析卵巢早衰的遗传因素

...12个孩子，7女孩，5个男孩，其中家系中有3姐妹(IV-1, IV-6, and IV-9)患有POF，如下图所示，其中带*号的成员用于外显子测序： 建库测序 DNA 样品 (III-1, 83 III-2, IV-1, IV-3, IV-5, IV-6, and IV-9)采用HaloPlex Exome Kit (Agilent)试剂盒进行外显子...

文章 Monocle2|单细胞测序的拟时序分析

...一篇单细胞测序文章《Single-cell profiling of tumor heterogeneity and the microenvironment in advanced non-small cell lung cancer》（IF=14.92）就多次采用拟时序分析，探讨不同细胞亚型之间的分化关系。 拟时序分析 为了方便大家能高效快捷的对单细...

问题 安捷伦双色通道 “RawData=read.maimages(files=files,source="genepix") “报错”

老师您好！ 我购买了付费课程，开头就报错了。Error in readGPRHeader(fullname) :    File is not in Axon Text File (ATF) format。请帮忙解决下 谢谢

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

...f -o pick_de_novo_otus \ >     -p otu_params_de_novo.txt /biosoft/miniconda/envs/qiime1/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment.   warnings.warn('Matplotlib is building the font cac...

文章 空间转录组数据读取

...数本体如下 library(Seurat)library(png)library(jsonlite)Read10X_MatrixAndImage = function(data_dir, project_name = "SeuratProject", filter_matrix = TRUE) { # Function to read the count matrix and create Seurat object read_count_matrix = function(data_dir) { counts = Read10X(paste0(...

文章 python中列表、字符串和数组之间的互相转换

...ist 转 array a = [1,2,3,4] import numpy as np a_array=np.array(a) print(a_array) （2）数组转列表，array 转 list a_list=a_array.tolist() print(a_list) （3）数组转字符串，array 转 str arr = ['a','b'] #方法1 str1 = ''.join(arr) print(str1) #方法2 str2 = ''...

文章 bioperl批量计算蛋白质分子量等电点pI

...差异，可能计算的方法有些不同)如下： die "perl $0 <in>  <out>" unless(@ARGV==2);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Bio::Tools::SeqStats;use Bio::Tools::pICalculator;use Data::Dumper; #读入序列 my $in = Bio::SeqIO->new(-file   => "$ARGV[0]",-format => 'Fast...