问题 共享文件夹报错mounting failed with the error: Protocol error

文章 一些常见R代码的报错和解决办法

Error: cannot allocate vector of size X Gb 这种问题尤其在32位R版本中常见，因为它们对可用内存有限制。即使在64位版本中，当数据集非常大时也可能遇到内存问题。解决这个问题通常需要优化代码以减少内存使用，使用更高效的数据...

文章 cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

...括:DegreeEdge Percolated componentMaximum neighborhood componentDensity of Maximum Neighborhood ComponentMaximal Clique Centralitysix centralities(Botteleneck,EcCentricity,Closeness,Radiality,Betweenness, Stress) 2.插件下载与安装 在cytoscape App Store（链接：Cytoscape App Store）中...

问题 挂载共享文件夹失败mounting failed with the error：no such device

问题 GSVA Error: useNames = NA is defunct. Instead, specify either useNames = TRUE or useNames = FALSE.

...ems to be coming from a change in matrixStats 1.2 that released a couple of days ago. Can you downgrade to 1.1 and try?remotes::install_version("matrixStats", version="1.1.0") # restart your session and run previous scripts

文章 ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子 留有余地代码：

... x=Count) ) +   geom_bar(aes(fill = Class),width = 0.6) +  ylab("Number of Gene family") +  xlab("Frequency") +   scale_x_continuous(breaks=1:sampleN)+  scale_fill_manual(values = family_color,  # 设置颜色                     name = NULL,  # 不显示图例标题  ) +  scal...

问题 docker vitualbox安装报错：Unable to start the VM: C:\Program Files\Oracle\VirtualBox\VBoxManage.exe startvm default

docker vitualbox安装时报错：Unable to start the VM: C:\Program Files\Oracle\VirtualBox\VBoxManage.exe startvm default --type headless failed: VBoxManage.exe: error: The virtual machine 'default' has terminated unexpectedly during startup with exit code -1073741819 (0xc0000005) VBoxManage.exe: ...

文章 TCGA样品来源机构汇总 Tissue source site（TSS）

...nic - Rochester Ovarian serous cystadenocarcinoma IGC 26 University of Florida Glioblastoma multiforme IGC 27 Milan - Italy, Fondazione IRCCS Instituto Neuroligico C. Besta Glioblastoma multiforme IGC 28 Cedars Sinai Glioblastoma multiforme IGC 29 Duke Ovarian serous cy...

文章 GFF文件格式不标准，第三列只有mRNA处理方法

...因ID，并且在mRNA行添加Parent信息：  awk -F"[\t=]"  'BEGIN{OFS="\t"}{if($3=="mRNA"){print $1,$2,"gene",$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10 ; print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10"Parent="$10;}else{print $0}}' PO.gene.gff >PO.gene.gff1  最终结果如下，左边为原始gff文件，...

问题 TCGA下载数据报错“I could not find the file”

我按照教程执行命令，想借此下载自己感兴趣的数据 在执行到GDC下载这一步，突然出现下载数据找不到，而出现下载中断，无法继 还有个问题，查询到的样品数目为何和癌症和癌旁样本加起来不一样。。。。少的去哪里了

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

...列 zcat GSE127465_human_cell_metadata_54773x25.tsv.gz |awk -F '\t' 'BEGIN{OFS="\t"}{print $4$5,$0}' |gzip - >metadata.tsv.gz #解压包 tar xvf GSE127465_RAW.tar # 由于不同样本之间barcode ID可能重复，这里需要添加样本ID到barcode中 for id in `zcat metadata.tsv.gz |awk 'NR&...

问题 老师，使用非ensemble数据库的蛋白质序列和基因组染色体fasta文件脚本要怎么进行修改呢？

...库里的pep和toplevel文件下载之后解压总是提示unexpected end of file, 就从其他数据库下载了pep和toplevel的文件， 在除重复的hmmer搜索的转录本ID，多个转录本ID保留一个作为基因的代表的时候，得到了异常的结果，请问我是应该如何...

文章 基于多数据集分析ANLN在宫颈癌所起到的功能

... determined by integrated bioinformatic analysis[J]. Cancer Management and Research, 2018, Volume 10:663-670. 相关课程： TCGA-基因差异表达分析、 TCGA-生存分析 、 GEO芯片数据挖掘、GEO芯片数据标准化、WGCNA-加权基因共表达网络分析 更多生物...

问题 报错出现“Non-unique name 'IRIS_313-7' in the alignment”

请教一下，我在构建进化树的时候出现这个报错，是不是因为我整理数据的时候有重复的单个文件呀？遇到这种情况，我应该怎么处理呢？

文章 CRISPR技术将铜绿假单胞菌研究推向新篇章-源井生物

...ization in Pseudomonas aeruginosa. ACS Infect Dis 2019, 5(10):1693-1697. Research Topic on Pseudomonas aeruginosa, Biology, Genetics, and Host-Pathogen Interactions. Front Microbiol 2012, 3:20 作者 | By Dr. ASAD UZZAMAN 文章是源井生物原创，转载请注明！