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问题 treemix指定root的问题

老师你好，听完课程以后，有一点我不是很明白。treemix软件说明书是要指定root的，但是我是一个种的群体，没有放其他外群信息，在不知道群体关系的情况下，是不是可以不用指定root进行基因流分析呢

问题 差异基因表达分析

差异表达分析出现以下信息 ### Failed to create bus connection: No such file or directory Warning message: ###Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0. ###Please use `linewidth` instead.   是否是正确的  以及输出文件仅有4个 与课程视频中...

文章 基因家族分析linux软件安装列表

...，方便使用； 更多可学习：linux系统的使用 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 顺势作用元件预测结果说明

...用元件碱基序列长度； 第六列：序列正负链 第七列：信息来源 第八列：关于顺式作用元件作用的一个简单说明

问题 学习中遇见的问题

请教一个问题，目前正在学习生物信息这门课程，按照模型在银杏中提取到了200多个目的蛋白mega_id_pep.fa，下一步准备在目的蛋白质中提取motif的过程中，使用meme命令，设置请见图片，命令运行后就一直停在一个地方不动了，大...

问题 高通量下载数据格式

...讲的SRA数据库数据的下载。我想问一下，直接按照runinfo 信息下载的数据的格式是什么格式？如何转化为fastq格式？ 如下面的下载地址：https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos2/sra-pub-run-11/SRR1218151/SRR1218151.1

文章 Vennerable包的安装

...绘图技能，我们推荐：R语言绘图基础（ggplot2) 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不...

文章 Linux主分区、扩展分区、逻辑分区 区别与联系

...割一个分区就需要利用16Bytes空间来存储这个分区的相关信息。由于这个分区表大小的限制，硬盘之能够分给为四个主分区。如果此时一块硬盘有120个G，而管理员划分了4个主分区，每个主分区的空间为20个G。那么总共才用去了80G...

问题 R包在安装BiocManager::install("biostrings")出错

在minconda下,安装R，然后通过BiocManager安装biostrings，出现以下信息，请问怎么解决

问题 获取基因与mRNA的对应关系，注意文件中的位置mRNA的位置； #perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt

老师您好，我在运行这一步的时候，结果文件只有ID信息，没有后续的位置信息，请求老师帮忙解答问题出现在哪里？

文章 不会用管理工具,怎么做项目经理?

...复杂，项目本身也不好做。在收集了与该项目有关的所有信息，并将新的团队整合在一起之后，身边的朋友建议我找一些项目管理工具，来帮助我更好地管理手中的项目。 虽然朋友的建议很有道理，但是一旦真正开始寻找，...

文章 R语言sort()与order()

...> A[order2][1] "J" "H" "E" "D" "C" "B" "A" 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理...

文章 使用evolview美化进化树

...明： 然后在配置文件里面输入，需要添加颜色的分组信息，如下： AT2G04880.1,AT2G30250.1 blue adAT4G01250.1,AT4G31550.1 red adAT4G39410.1,AT5G49520.1 yellow ad 第一列为，从一个基因到另一个基因之间，表示范围；第二列，为设置颜色，最后一...

文章 进化树+基因表达热图二合一靓图绘制教程

...观地展现了物种的进化发育系统，还把每个基因的表达量信息也展现出来，是不是很漂亮！今天我就教大家绘制上面这个图，让你的图成为进化树中最靓的仔！ 1. 数据准备 （1） 拟南芥基因的氨基酸序列 (2） 拟南芥基因表...

文章 R语言中实现T检验及可视化

...x = 1.5) 结果图如下： 推荐学习R语言获得更多生物信息分析技能：R语言画图、R语言快速入门与提高 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族...