问题 老师，我用hmmsearch 没搜索出结果，然后用拟南芥的query.fa和我要分析的物种cds进行blast分析，比对出来的基因只有几个，我老师说我要做的基因有200多个，完全对不上，不知道该怎么办了，请教下老师。

问题 微生物16s实操教程

OTU分析按照视频中方法一(pick_de_novo_otus.py)做的，显示usearch版本不对，应该怎么办？

问题 老师您好，我的项目是对一种昆虫的六个不同的土著种进行重测序分析，每个土著种只有一个样品，也就是说我一共只对6个样品进行分析，我目前买了咱们群体结构分析的课程，pca分析好像不太适用于我这么少的样品，想请问老师我除了群体结构分析里的内容还可以针对哪些内容进行分析呢，老师可以给我推荐一些课程

文章 将进化树+基因结构+motif—1张图全显示

...好用的？其实你用TBtools就可以了！ 文件准备 下载最新版本的TBtools：https://github.com/CJ-Chen/TBtoolsMEGA构建进化树的结果文件：nwk文件，提供进化树信息相关基因的gff3文件或者gtf文件：提供这些基因的结构信息MEME分析结果文件：me...

文章 ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

... 总结： Ensembl 网址收录的基因组全面，下载方便，在线可视化做得也不错，当然由于篇幅限制只能介绍一些简单的应用，还有其他一些实用得应用如blast搜索一些同源基因；BioMart ：支持用户个性化的筛选基因组上的注释...

文章 Muscle 进行多序列比对

...的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有本地版和在线版，在线版网址如下：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/。 使用方法： MUSCLE 使用起来十分方便，大多数情况下用户只需要指定输入输出文件即可: muscle -in seqs.fa -out out.fa...

文章 codex cli 可以无缝接入deepseek模型了

...个客户端形态——Codex CLI、ChatGPT 桌面端、VS Code 的 Codex 插件（Codex IDE extension）——共用同一份配置文件，按本文配置一次，即可在所有形态使用 DeepSeek 模型。 1. 将 DeepSeek 配置为模型提供方 方式一：一键配置脚本（推荐） ...

问题 老师，我正在做泛基因家族存在缺失分析作图作图这一步，前面由于ID.txt与基因家族列表对应不上，将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改，并排序，但是得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,不确定对不对，且作不出图

老师，我将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改，并排序，之后进行perl /work/scripts/PAV_list.pl -pangenel foxtail_millet.GRASgene.pan-genes.list -spid new_ID2.txt -unigenel  foxtail_millet.GRASgene.uniq.list -fam GRAS得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,为 ， ...

问题 用jcviMCScan进行共线性分析，好消息是图做出来了，坏消息是自己基因家族的基因几乎没有。各位大佬，应该怎样解决啊？他这个和tbtools完全不一样

问题 请问pfam号一般都是整数的吗，我看到一篇文章里pfam 号是带小数的，但在pfam数据库里只有整数部分，带小数是版本问题吗

问题 比较基因组学 关于绘制3个以上的物种基因家族进化与同源关系(mcscan python版本)

老师您好，之前我问过出现找不到基因的原因，您让我简化一下ID，https://www.omicsclass.com/question/5477。我简化后还是出现如下报错： 后来我先画了2个物种，可以出来图，再画了3个物种，也可以出来，，增加到4个物种时就又开...

问题 老师，我想知道我在用你们演示的玉米数据提取cds和pep的脚本为什么都运行不对，第一个我是用了你们给的TransDecoder下载地址。第二张图用5.7版本的自己的数据是输出空文件

上面是你们给的下载地址运行出来的提示 这个是我自己数据运行的5.7版本提示

文章 ProteoWizard工具的安装与使用

...oteoWizard     2. 根据自己笔记本电脑的操作系统下载对应版本PW.tar.bz2     3. 勾选     4.点击下载到本地文件夹 二、软件安装     1. 对下载的软件进行解压缩     2. 得到PW软件中众多的分析工具，除了这些现成的分析工具...

问题 老师您好！我在做生存分析发现一个基因低表达时os低，但为什么使用ESTIMATE却得到免疫浸润高呢，这是不是不太相符，是不是哪里错了？

问题 ka k s 分析过程中遇到两个序列不相等，结果文件为空，安装老师那篇回答里面检查并修改，运行命令后出现下面的结果，命令被杀死了killed