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文章 蛋白质比对软件 blastp psi-blast phi-blast

1Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对 Standard protein BLAST is designed for protein searches. Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样,目的是要找到相似的区域。 2,PSI-BLAST : 敏感...

问题 WGCNA中运行给的filter代码后显示没有变量 如何解决

老师,请问用自己的数据,前面处理都没有问题,运行filter部分前还是'data.frame': 15 obs. of 24897 variables,运行给的filter部分代码后,总是显示0 variables,请问该怎么解决呢?谢谢

文章 Nature:2019年度最佳科学图片top10,总有一张震撼到你!

...研那些事儿呈现给大家,关注一个好不啦~ 参考资料: The best science images of the year: 2019 in pictures

文章 TCGA中样品取样组织类型编号对照包 sample type

...址:https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes 01  Primary Solid Tumor  TP(实体瘤)02                      Recurrent Solid Tumor  TR03Primary Blood Derived Cancer - Peripheral Blood  TB (血液相关癌)04Recurrent Blood Derived Cancer -...

文章 如何下载TCGA中指定Primary Site的样本数据

...t;% GenomicDataCommons::select(c(default_fields(cases()),'samples.sample_type')) %>% response_all() resp %>% count() case_name <- resp$results$submitter_id # 之后对下载的samplesDown 进行过滤,获得需要下载的sample_download download_name = substr(samplesDown,1,12) sample_...

文章 从TCGA数据库中下载指定类型样本的数据

... 其实可以用TCGAbiolinks 软件包中的GDCquery 函数,指定sample.type 去筛选样本。 比如:需要下载实体瘤组织的样本,那么指定sample.type 为 “Primary solid Tumor”即可: query <- GDCquery(project = "TCGA-LGG", legacy = TRUE, ...

问题 文献分析,只有BigWig文件能否完整做出下面的图像

在文献中《Global profiling of RNA-binding protein target sites by LACE-seq》没有发现他们的LACE-seq数据,只找到了他们处理后的BigWig文件,使用数据GSM4094532_MVH_1oocyte_rep1.bigwig进行后续作图时,用ChIPseeker包进行注释后发现与文献中的结果差别...

文章 GEO和TCGA数据挖掘生物信息文章解读(宫颈癌)

...与疾病显著相关的基因,最终发现SCNN1B, ANLN, APOC1, CNTLN, and TEX30 五个基因具有显著的预后相关性,并构建预后风险模型: 过风险模型可将病人分成高风险和低风险两组,生存分析发现两组具有明显的差异(下图a)。然后针对...

文章 三代转录组,当前你不可忽视的研究手段

... 参考文献: Cheng B, Furtado A, Henry R J. Long-read sequencing of the coffee bean transcriptome reveals the diversity of full-length transcripts[J]. Gigascience, 2017, 6(11):1-13. 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通...

文章 R语言数据筛选整理包dplyr 分类汇总

...es) SELECT filter() Filter (subset) rows. WHERE group_by() Group the data GROUP BY summarise() Summarise (or aggregate) data - arrange() Sort the data ORDER BY join() Joining data frames (tables) JOIN mutate() Creating New Variables COLUMN ALIAS dplyr中主要方...

文章 从GDC数据库下载TCGA的miRNA不同isoform表达量数据

...oject <- "TCGA-CHOL" data_category <- "Transcriptome Profiling" data_type <- "Isoform Expression Quantification" workflow_type <- "BCGSC miRNA Profiling" legacy <- FALSE # 查询可以下载的数据,有时候查询的API不稳定,需要多试几次 query <- GDCquery(project = p...

问题 gdcRNADownload(project.id = 'TCGA-CHOL', + data.type = 'RNAseq', + write.manifest = FALSE, + method = 'gdc-client', + directory = rnadir)

在执行上面这段代码时出现这个错误

问题 gdcRNADownload(project.id = 'TCGA-CHOL', + data.type = 'RNAseq', + write.manifest = FALSE, + method = 'gdc-client', + directory = rnadir)

你好,我先运行上面这行代码时出现了这个错误

文章 家蚕7篇基因家族文章下载

...章:2015年Funct Integr Genomics上1篇,2016年International Journal of Molecular Sciences2篇、Mol Genet Genomics1篇,2017年Insect Science1篇,2018年genome1篇、International Journal of Molecular Sciences1篇,这些文章影响因子在1-3分。内容均是一个基因家族一篇文...

文章 R语言使用ggraph绘图导出pdf报错——“invalid font type

...结果导出pdf的时候报错,不可用的字体类型“invalid font type” 如果继续使用ggsave导出,可以直接载入字体: library(showtext) font_add('Times','/Library/Fonts/Times.ttf') showtext_auto() #调用showtext使其能够在ggsave()中使用 或者可以选择使...