问题 不同物种共线性分析时，出现以下报错信息怎么解决呢？no such file or directory /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python

问题 看您的基因家族分析课程，aln文件转成axt文件，利用kaks转换时老出现如下no such file or ...，请问该怎么解决呢？

问题 请问在运行利用exprs()获取表达矩阵 exprSet = exprs(gset)时，报错Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature ‘"factor"’不知道什么原因？

请问在运行利用exprs()获取表达矩阵  exprSet = exprs(gset)时，报错Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature ‘"factor"’不知道什么原因？

问题 老师，我的gene-ID和mRNA-ID用mRNAid_to_geneid.pl提取不出来，是一整行不是好几列，是什么情况，您帮我看看这个要怎么弄？

文章 Blast比对软件

... 11 = BLAST archive (ASN.1), 12 = Seqalign (JSON), 13 = Multiple-file BLAST JSON, 14 = Multiple-file BLAST XML2, 15 = Single-file BLAST JSON, 16 = Single-file BLAST XML2, 18 = Organism Report Options 6, 7 and 10 can be additionally configured to produce a custom form...

文章 利用NCBI当中的CD-search工具预测基因的保守结构域

...er to which it belongs is listed in the "Superfamily" column of the output file.)Short nameThe short name of a conserved domain, which concisely defines the domain. For example, "Voltage gated ClC" is the short title of the NCBI-curated conserved domain model for the voltage gated chloride channel...

问题 老师，我前面问的那个nohup命令很快就结束，您让我用file查看gz文件是否损坏了，我看了一下是这样的，你看看是这个问题吗？

问题 运行MCScanX后，0 match 0discord

...课程中的文件基本一致，照着网上对下游分析文件夹作了make clean 、ldconfig也只正常一次，看过blast文件中的evalue值，没有发现问题，在gff和blast文件中ID都有不同转录本，即ID后都有.1、.2，两个文件这里也没有差别，ID也不存在空...

问题 Seurat 直接读取的表达矩阵可以是经过log2plus1和normalizaed to 10,000 counts per cell的矩阵吗？需要转化成raw count吗？

在GEO里下的处理后的表达矩阵，是经过标化和scale的，如图，请问这种矩阵可以直接作为seurat的对象吗

问题 Linux中FOR循环做BWA比对报错[main_samview] fail to read the header from "-".

....fq.gz -t 10 -M \ -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ |samtools view -bS -h - > ${i}.bam" nohup bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_1.fq.gz \ ${i}_2.fq.gz -t 10 -M \ -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ |samtools view -bS -h - > ${i}.bam done &...

问题 老师从gff文件中用mRNAID_to_geneid.pl提取gene和mRNA之间的对应关系时报错Protocol error是什么原因，脚本没有自己更改，用别人电脑可以，在自己电脑操作就不行。

问题 很久不用docker 后，再次打开docker时提示docker failed to initialize Docker Desktop is shutting down怎么办呢？删除 AppData\Roaming\Docker\settings.json也不能解决问题

问题 Error correction and assembling warnings: * 0:12:28.935 6768M / 13G WARN General (kmer_coverage_model.cpp : 327) Valley value was estimated improperly, reset to 16

问题 提取可靠基因家族成员的结构域序列

运行代码如下 cat ../id.txt|while read ind;do grep -f ./check/${ind}.WRKYgene.list ${ind}.WRKY_hmmerOut.cut_e_len.txt > ${ind}.WRKY_hmmerOut.final.txt done 不提示报错但输出文件没有东西。 输入文件如下

文章 安装R包ggpubr 报错

... control reaches end of non-void function [-Wreturn-type]     }     ^make: *** [cpp11.o] Error 1ERROR: compilation failed for package ‘tidyr’ 这个是因为R更新4版本以后的报错，而你的R版本是3.* 所以报错，建议安装老板版本的tidyr 之后再安装...