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找到约 15 条结果

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

...f -o pick_de_novo_otus \ > -p otu_params_de_novo.txt /biosoft/miniconda/envs/qiime1/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/font_manager.py:273: UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment. warnings.warn('Matplotlib is building the font cac...

文章 python中列表、字符串和数组之间的互相转换

...ist 转 array a = [1,2,3,4] import numpy as np a_array=np.array(a) print(a_array) （2）数组转列表，array 转 list a_list=a_array.tolist() print(a_list) （3）数组转字符串，array 转 str arr = ['a','b'] #方法1 str1 = ''.join(arr) print(str1) #方法2 str2 = ''...

文章空间转录组数据读取

...数本体如下 library(Seurat)library(png)library(jsonlite)Read10X_MatrixAndImage = function(data_dir, project_name = "SeuratProject", filter_matrix = TRUE) { # Function to read the count matrix and create Seurat object read_count_matrix = function(data_dir) { counts = Read10X(paste0(...

文章 R magick 包安装包错

做富集分析这里报错： In bitr(DEG_list, fromType = opt$idtype, toType = opt$totype, OrgDb = opt$ann.db) : 26.02% of input gene IDs are fail to map... --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: --> return NULL... NULL Error in (function (classes, fdef, mta...

文章 bioperl批量计算蛋白质分子量等电点pI

...差异，可能计算的方法有些不同)如下： die "perl $0 <in> <out>" unless(@ARGV==2);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Bio::Tools::SeqStats;use Bio::Tools::pICalculator;use Data::Dumper; #读入序列 my $in = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[0]",-format => 'Fast...

问题 DANPOS3分析MNase-seq数据

...iple命令比较两组数据，出现下面的报错 ValueError: math domain error R[write to console]: Warning messages: R[write to console]: 1: R[write to console]: In ppois(q, avg, lower.tail = FALSE, log = TRUE) : R[write to console]: NaNs produced R[write to console]: 2: R[write to...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：Segmentation fault

文章单细胞转录组测序简介

...ek AK, Villani AC, Regev A, Levin JZ. Systematic comparison of single-cell and single-nucleus RNA-sequencing methods. Nat Biotechnol. 2020 Jun;38(6):737-746. doi: 10.1038/s41587-020-0465-8. Epub 2020 Apr 6. Erratum in: Nat Biotechnol. 2020 Apr 27;: PMID: 32341560; PMCID: PMC7289686.延伸阅读 GEO...

文章 Dsuite软件安装时编译报错

在安装Dsuite软件时遇到make报如下错误： Dsuite_common.cpp: In function 'int assignNumLinesToAnalyse(int, int, const std::string&)':Dsuite_common.cpp:124:45: error: 'istream_iterator' is not a member of 'std' 124 | VCFlineCount = (int)std::count(std::istream_iterator&...

文章 Muscle 进行多序列比对

MUSCLE(Multiple Protein Sequence Alignment)是一款蛋白质水平多序列比对的软件，在速度和精度上都优于 ClustalW。在进行多序列比对的时候，大多数情况下可以优先使用 MUSCLE。有本地版和在线版，在线版网址如下：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/...

文章 merged.gtf 合并同一转录本的exon位置

...所有外显子位置信息。 merged.gtf文件实例： Chr00 Cufflinks exon 37990 38333 . + . gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000001"; exon_number "1"; gene_name "MD00G1000200"; oId "CUFF.2.1"; nearest_ref "mRNA:MD00G1000200"; class...

文章 NCBI基因组数据格式修改

... -gff genoma gff file <infile> must be given -fa genoma fasta file <infile> must be given -p protein fasta file ...

问题 devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")运行错误

我在采用TCGAbiolinks下载TCGA数据时，出现了“Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later”的代码，然后按照社区里的解决方案运行了代码结果一直报错，显示Error in utils::download.file(url, path, method = download_method()...

文章微生物生态研究中常用数据库简介--转载

...称LSU，即23S和28SrRNA）。目前其最新数据库版本为SILVA SSU andLSU databases 128，更新时间为2016年9月29日，最新版本数据库包含的数据信息见下表1所示。表1 SILVA SSU andLSU databases 128数据库基本参数信息 SSU参考序列SSU非冗余参考序列...