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问题 无法下载GPL平台的包

>  BiocManager::install(c("hgu113plus2.db"),ask = F,update = F)Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.3  (2020-02-29)Installing package(s) 'hgu113plus2.db'Error in readRDS(dest) : 读取链结时发生了错误此外: Warning messages:1: package ‘hgu113plus2.db’ is not a...

文章 网站编辑器代码块 高亮显示使用技巧：

...空行后，完美显示： use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Data::Dumper;$in  = Bio::SeqIO->new(-file => "D:/share/scripts/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.all.fa" ,                               -alphabet=>"dna",                               -format => ...

问题 泛基因集构建中JCVI做共线性分析构建完一半数据报错 core dumped

for i in `cat stepmap_ID.txt`;do   # JCVI做共线性分析,--cpus 5 限制计算资源使用，如果不加默认--cpus 56   python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog \    pangene ${i} --cpus 5  --no_strip_names --cscore 0.8;   # 以提升后的anchors作为基因对的结果，把比对...

问题 蛋白质全长多序列比对

...暴的将WRKY中间一条横杠去掉，结果报错ERROR: The sequences in the input alignment should be aligned in order to us，第二次将结构域中阶所有横杠去掉了没有报错，但是WRKYGQK结构域只显示R且前移了位置，如图，请问如何修改才能将这条序列的...

问题 怎么将一个perl命令（或者说脚本）变成shell脚本的形式

如何将这行命令 perl bin/indel_p3in.pl QT4indels2.in genome.fa con.txt，写成一个shell脚本即*.sh的形式

文章 生化检测是什么？生化检测试剂盒该怎么选？

...居然有11分的文献引用！ Lee H Y, Back K. Melatonin induction and its role in high light stress tolerance in Arabidopsis thaliana [J]. Journal of pineal research, 2018. 这个J Pineal Res期刊，2018年IF=11.613，也是很牛了！！ 学霸姐姐大致看了一下，这篇文章主...

问题 请教！基因结构分析出现这样的问题如何解决？

基因结构分析使用“perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff”跑不出结果，之后手动筛选出来，却没有exon等，用GSDS也没有结构，请问这个是不是无...

文章 免疫 侵润 分析 ESTIMATE分析

...:Yoshihara K, Shahmoradgoli M, Martínez E, et al. Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data. Nat Commun. 2013;4:2612. doi:10.1038/ncomms3612 ## 2.1 加载需要的包 ```{r, warning=FALSE} # 1 安装CRAN来源常用包 #设置镜像，  local({...

文章 split_sample.r根据生存数据对样本随机分组

...on] [-o outdir] [-n name] The complete data set is randomly divided into training set and test set optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i input, --input input input matrix data [required] -e event, --event ev...

问题 KNN补值函数knnImputation函数的距离计算问题

... NULL) { n <- nrow(data) if (!is.null(distData)) { distInit <- n + 1 data <- rbind(data, distData) } else distInit <- 1 N <- nrow(data) ncol <- ncol(data) contAttrs <- which(vapply(data, dplyr::type_sum, character(1)) %in% c(...

文章 IF=4.8 | 不同菊花品种萜类合成相关基因的转录组代谢组联合分析

... BMC Plant Biology杂志发表了一篇题为“Integrative transcriptome and metabolome analysis reveals candidate genes related to terpene synthesis in Chrysanthemum × morifolium”的转录组代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 菊花（Chrysanthemum × morifolium）是...

文章 转录组比对软件HISAT2的使用说明

...ipt-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 首先来看看比对的软件HISTA，其速度和精度都较Tophat 有很大的提升。 其使用说明如下：   hisat2 [options]* -x <ht2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --sr...

问题 扩增子16s分析：heatmap plot报错

...t都提示如下错误，请问需要怎么解决？谢谢老师！ Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) :   duplicate 'row.names' are not allowed Calls: rownames<- ... row.names<- -> row.names<-.data.frame -> .rowNamesDF<- In addition: Warning message: non-unique va...

文章 mapman非模式植物基因注释时遇到的问题

...ess to be visualized. Each diagram consists of a pathway image file (.svg) and an extra protein/gene mapping file (.xml). Notice, the diagrams designed for Mercator4 (X4 ..) are not compatible to Mercator v.3.6 and vice versa.两个注释结果跟pathway的code根本不兼容。 解决：全部换...

问题 老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

老师，按照您给的指令（for i in `find ../01.jcvi -name "pangene_filter.*.last"`;do     name=`basename ${i} | cut -d "." -f2`;     grep -v "^#" ${i} > ${name}.last;     python3 $script/find_1vs1_v2.py ${name}.last ${name}.txt && /bin/rm ${name}.last; Done cat *....