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问题 KNN补值函数knnImputation函数的距离计算问题

... NULL) { n <- nrow(data) if (!is.null(distData)) { distInit <- n + 1 data <- rbind(data, distData) } else distInit <- 1 N <- nrow(data) ncol <- ncol(data) contAttrs <- which(vapply(data, dplyr::type_sum, character(1)) %in% c(...

问题 扩增子16s分析：heatmap plot报错

...t都提示如下错误，请问需要怎么解决？谢谢老师！ Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) :   duplicate 'row.names' are not allowed Calls: rownames<- ... row.names<- -> row.names<-.data.frame -> .rowNamesDF<- In addition: Warning message: non-unique va...

文章 IF=4.8 | 不同菊花品种萜类合成相关基因的转录组代谢组联合分析

... BMC Plant Biology杂志发表了一篇题为“Integrative transcriptome and metabolome analysis reveals candidate genes related to terpene synthesis in Chrysanthemum × morifolium”的转录组代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 菊花（Chrysanthemum × morifolium）是...

文章 转录组比对软件HISAT2的使用说明

...ipt-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 首先来看看比对的软件HISTA，其速度和精度都较Tophat 有很大的提升。 其使用说明如下：   hisat2 [options]* -x <ht2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --sr...

文章 mapman非模式植物基因注释时遇到的问题

...ess to be visualized. Each diagram consists of a pathway image file (.svg) and an extra protein/gene mapping file (.xml). Notice, the diagrams designed for Mercator4 (X4 ..) are not compatible to Mercator v.3.6 and vice versa.两个注释结果跟pathway的code根本不兼容。 解决：全部换...

问题 老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

老师，按照您给的指令（for i in `find ../01.jcvi -name "pangene_filter.*.last"`;do     name=`basename ${i} | cut -d "." -f2`;     grep -v "^#" ${i} > ${name}.last;     python3 $script/find_1vs1_v2.py ${name}.last ${name}.txt && /bin/rm ${name}.last; Done cat *....

文章 ncbi基因组数据格式转换

... UsageForced parameter:-gff        genoma gff file           <infile> must be given-fa genoma fasta file   <infile> must be given-o output gff file   <outfile> must be given-out output fasta file   <outfile> mus...

问题 重复文章代码出错

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyNzIyNTczNA==&mid=2247491475&idx=1&sn=8b287625fc3b81f4a3e7b62f48c5e4d8&chksm=e865267adf12af6c8635c6515d5210a097c02a28301dc8923504593611d69db3d80ae2814a93&scene=21#wechat_redirect 在“人工智能（AI）在微生物组中的应用-随机森...

问题 ggtern 运行报错

geom_point requires the following missing aesthetics: x and y

文章 immune_compare_stat.r 免疫细胞表达差异比较

...                                 [-n prefix]t.test annova and wilcox.test: https://www.omicsclass.com/article/1496optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i filepath, --input filepath                        input alpha diversit...

文章 R-对NA 数据进行处理

... 10D 4 9 1 将所有空值用0代替 > for(i in 1:ncol(dat)){+ dat[is.na(dat[,i]),i]=0+}> dat sample1 sample2 sample2.1A 1 5 8B 2 0 0C 0 7 10D 4 9 1 删除所有的NA数据 > for (i ...

文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ

...(FPKM) calculation normalizes read count by dividing it by the gene length and the total number of reads mapped to protein-coding genes. Upper Quartile FPKM The upper quartile FPKM (FPKM-UQ) is a modified FPKM calculation in which the total protein-coding read count is replaced by the 75th percent...

文章 空间转录组动力学分析

...力学分析参考：https://github.com/TheJacksonLaboratory/PDX-melanoma-integrated-analysis In [18]:sys.path.insert(0,f"{script_dir}/python_lib") fromplotsimport plotSpatialAll fromplotsimport plotPhiHeatmap, plotFiForAd fromutilsimport computFullGridVelocity, getGridPhi, getGridVelocityForSour...

文章 序列的提取和截取

...eq 通过指定区域提取序列 -r 通过区域来截取序列，提取 in.fa 前12个字符，可以用--chr指定染色体seqkit subseq -r 1:12 data/in.fa  >  out.faseqkit subseq -r 1:12 data/genome.fa --chr chrI --bed / --gtf 通过指定文件提取序列 seqkit subseq --bed data/gene....

文章 外显子测序解析卵巢早衰的遗传因素

...12个孩子，7女孩，5个男孩，其中家系中有3姐妹(IV-1, IV-6, and IV-9)患有POF，如下图所示，其中带*号的成员用于外显子测序： 建库测序 DNA 样品 (III-1, 83 III-2, IV-1, IV-3, IV-5, IV-6, and IV-9)采用HaloPlex Exome Kit (Agilent)试剂盒进行外显子...