找到约 15 条结果

问题 TCGA数据下载后保存出错

...load will download 407 files. A total of 105.663384 MB Downloading as: Sun_Aug__5_19_35_20_2018.tar.gz Downloading: 110 MB     >  > # 保存结果，方便后面使用 > data <- GDCprepare(query = query,  +                        save = TRUE,  +            ...

问题 关于使用nohup vcftools过滤vcf文件的问题

...code --recode-INFO-all \ --stdout --maf 0.05 --max-missing 0.9 --minDP 2 --maxDP 1000 \ --minQ 30 --minGQ 0 --min-alleles 2 --max-alleles 2 \ --remove-indels | gzip > myresult/normal.vcf.gz & 2）使用nohup时的代码 nohup vcftools --gzvcf rice.raw.vcf.gz --recode --recode-IN...

问题 老师，您好！我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时，得出来的文件比原始文件小很多。

...izegenetics.dna.map.PositionListBuilder - validateOrdering: PositionChr:HIC_SCAFFOLD_11Pos:40436InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_11_40436Variants:G/AMAF:NaNRef:G and PositionChr:HIC_SCAFFOLD_9Pos:117578893InsertionPos:0Name:SHIC_SCAFFOLD_9_117578893Variants:G/AMAF:NaNRef:G out of order.

文章 Molecular Plant | 一个接近完整的拟南芥基因组组装

...示了一批新基因。Col-PEK 参考基因组为国内外植物学科研工作者提供了新的参照序列和重要数据资源。

文章 敏捷开发流程,您缺一个这样的协作平台

...研发过程： • 个体和交互胜过过程和工具 • 可以工作的软件胜过面面俱到的文档 • 客户合作胜过合同谈判 • 响应变化胜过遵循计划 敏捷开发模式的践行，并非易事。首先是团队观念的转变和组织变革，然后这些...

文章 perl——当split函数用空格做分隔符时

...1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解...

文章 IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践

....GBM单细胞数据挖掘文献介绍 1.1文章数据挖掘思路: 1.2 单细胞分析部分主要结果: 单细胞数据集来自GEO数据:GSE84465, 其中4个GBM样本共3589个单细胞表达数据，作者筛选其中的2343个来源于肿瘤核心部位的细胞进行分析。分析用...

问题 提取上游1500bp报错Bad end parameter (4488)且输出结果不全

...MTID_loc.txt中最后3个）连ID号都没有出现在结果里。 RMU_r2.0_genome.fa为基因组序列 RmPMTID_loc.txt为基因位置信息 猜想基因不存在于序列文件中？ 但是序列为空的基因如Rmu_ssc0000138.1-g000001.1的scaffold在基因序列文件里是存在的， ...

文章 如何利用HMMER鉴定基因家族成员

...办呢，这时我们可以自己建立模型，请看图3后一行码。2、在pfam数据没有模型的时候，我们可以利用clustalX2要比对的序列进行比对，然后会陈胜*.aln文件（注：该软件的目标文件必须在桌面才可以添加）。下载桌面版本：hmmer3.0_w...

文章 非模式物种10X空间转录组单细胞参考基因组构建

...-c https://orchidstra2.abrc.sinica.edu.tw/orchidstra2/pagenome/padownload/P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0.fa.gzwget -c  https://orchidstra2.abrc.sinica.edu.tw/orchidstra2/pagenome/padownload/P_aphrodite_genomic_scaffold_v1.0_gene.gff.gz#解压gunzip *gz#如果没有GTF文件可以转换一下gffr...

文章 CORNERSTONE你想要的项目管理工具，就在这里！

...相关的全部信息 点击我的待办，可查看所有待我处理的工作，项目列表可查看我参与的项目清单及项目的详细信息，项目动态可及时了解与我相关或我关注事项的最新动态，并能直接在此处进行快速处理项目进度状态，提高工...

问题 mcmctree运行报错"error: raise NGENE?"

老师好，我的工作文件夹是 10.time_tree_cds 日志文件显示："error: raise NGENE?" 但课程讲的mcmctree控制文件里并没有NGENE这个参数 —————————————— 输入文件如下： 序列文件 标定两个分化时间的树文件： 控制...

文章 已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？

数据来源 我们今天的绘图流程和绘图数据来自一篇于2021年3月份发表在NG上的黑麦基因组文章“A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomically important genes”，在这篇文章中，作者构建了一个高质量的威宁黑...

文章 外显子测序解析卵巢早衰的遗传因素

...院（KKUH），他们的父母为堂兄妹近亲结婚，总共生育了12个孩子，7女孩，5个男孩，其中家系中有3姐妹(IV-1, IV-6, and IV-9)患有POF，如下图所示，其中带*号的成员用于外显子测序： 建库测序 DNA 样品 (III-1, 83 III-2, IV-1, IV-3, IV-5, IV...

问题 请问为大神，这种情况该怎么处理？

具体代码如下 ： workdir="C:/Users/dong/Desktop/2/GSE40807_RAW"setwd(workdir)dir.create("result") files = list.files(workdir, pattern = "GSM")filesRawData=read.maimages(files=files,source="agilent.median",green.only = T)show(RawData) EListRaw=RawDatadim(EListRaw)colnames(EListRaw) BgC...