文章 微生物互作网络构建教程网站--Microbial association network construction tutorial

基于微生物16s测序数据中的OTU丰度矩阵可以进行微生物互作网络构建，从而探索微生物之间的互作关系。而网络的构建方法多种多样，下面给大家推荐一个网站，Microbial association network construction tutorial （打开链接可以点这里）...

问题 基因组数据的下载

在Ensembl和phytozome（JGI）上都找不到要下载的物种的基因组数据怎么办，在NCBI上下载数据（gff、gene、protein、CDS）的话是不是就不适用于课程的分析脚本和方法了呀

问题 mapman数据NA等的处理

老师，请问转录组数据用log2FC做mapman分析，数据中的NA， #NAME？，inf 等字符应该怎么处理呢？谢谢

问题 黄老师，怎么利用BSA测序的数据的双亲和子代池的重测序数据设计KASP标记，有没有这方面的脚本可供学习

最近在分析BSA数据，然后获得区间后需要根据候选区间进行KASP标记的设计，然后向老师请教一下方法，以及或者这方面的课程

问题 TCGA数据

TCGA数据下载得到的基因的表达量，其数值是mRNA表达量还是其它的方式计算得到的？

问题 请问如何结合转录组数据分析某基因家族的表达量

我有几个不同浓度胁迫下的转录组数据，想利用此数据分析一下某基因家族，请问如何结合转录组数据分析某基因家族的表达量？

问题 老师 在做WGCNA分析中，只有一份表达数据 没有性状数据。。能仅继续做共表达分析吗 应该略过哪段代码

问题 请教一下，基因组hifi数据组装可不可以用一个近缘品种的Hi-C数据进行辅助拼装和染色体挂载

文章 ggplot2控制百分比坐标

...制相关百分比或者密度频率等类型的图片时可以将对应的数据：小数转换成百分比在坐标轴上显示。借助： https://www.omicsclass.com/article/144  在密度图的基础上将密度坐标小数变成百分比 原图： 修改： library(scales)P_density=P_de...

问题 单倍型分析中优势单倍型这个柱状图是怎么统计出来的？

老师好，GWAS教程最后一章提到了LD热图的做法以及候选基因的筛选，但“优势单倍型”结果的统计并没有提及。想问一下老师，有没有这部分的教程或者代码？（ps:有没有实操性强一点的教程，针对没有R语言基础的小白）

问题 SRA数据下载

我用了omics docker 里SARtools下载数据，但是发现容器无法联网

文章 TCGA数据下载

下载TCGA数据的方式有很多，大致可以分成3类： 1. 采用GDC 工具去下载： 这个其实挺麻烦的，下载后的数据还要合并，不同的数据合并方式还不一样，需要些不少的代码。 2. 从Broad 研究所的Firehose 去下载整理好的数据，但是这...

文章 rank秩序（R语言）

rank函数是返回原数据由小到大排序后的 ”顺序“ 的下标 举例理解：向量 ori  > ori <- c(2,3,1,4,5,6,9,7,8)> rank(ori)[1] 2 3 1 4 5 6 9 7 8 原向量 元素顺序为 2,3,1,4,5,6,9,7,8  由小到大调整 1，2，3，4，5，6，7，8，9 故，...

问题 下载的转录组数据没有重复第五步差异分析报错

老师，我从网上下载了一个公布的转录组数据，他每个样品都唯一，没有重复。 这种我在转录组分析的第四步中将转录组数据提取三次，在第五步中分析会报错。 如果在第四步中只提取一次，第五步中也依旧会报错。 请...

问题 选择数据问题

老师您好，请问我手里有两类数据，如图，请问是否用后缀带raw的文件像课程中一样从头开始分析。