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文章 GEO在线分析工具--GEO2R进行基因差异表达分析

GEO2R是GEO在线分析工具,基于此工具可以对部分GEO样品数据进行基因差异表达分析。该工具主要针对芯片数据,借助R 及Limma包完成分析过程,用户只需要在网业上进行简单的点击等手动操作即可获得分析结果。 以下内容,将利...

文章 手把手教你在线分析转录因子结合调控分析(植物)

今天介绍一个植物的转录因子调控的综合性分析网站PlantRegMap,该网站的功能非常的强大,其主要功能包括如下: 1. 植物转录因子预测     输入蛋白序列或者核酸序列即可对是否是转录因子进行预测,如果是转录因子,会对...

问题 扩增子:真菌ITS分析unite匹配

# 有参考序列,目前unite没有下到最新的参考序列  qiime deblur denoise-other \    --i-demultiplexed-seqs demux-joined-filtered.qza \    --i-reference-seqs $dbdir/qiime2/unite_ver9_99_25.07.2023-Q2-2023.7.qza \    --p-trim-length -1 \    --p-sample-stats \    --p-j...

文章 教你在线绘制circos图-简单!

...件的安装和使用稍微有一点麻烦。其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧! 在circos官网(http://circos.ca/)的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项,这里可以实现在线绘制部分circos图。 打开后界面如...

文章 LENS:人的基因相互作用分析在线工具

LENS: 关于人的基因互作关系在线分析工具,可以基于提供的基因列表 构建一个与这些基因呈互作关系的蛋白质互作关系网络,并且对相关的疾病、药物通路等进行统计分析。 可以基于网站提供的步骤进行学习:https://hagrid.dbmi.p...

文章 Linux三剑客之grep-文件中的信息捕获

...息-v, --invert-match :选择非匹配的行-V, --version :显示版本信息并退出--help :显示此帮助文本并退出 输出控制: -m, --max-count=NUM      匹配NUM次后停止-b, --byte-offset        输出每行时打印字节偏移量-n, --line-number     ...

问题 在做基因家族分析时,有三个基因能找到目标结构域,但是基因碱基数太小,与以往文献中提到的碱基数匹配,请问可以删除这三个基因吗

文章 GEO数据芯片数据挖掘-在线工具分析GDS数据

...利了。这次主要针对GEO DataSet 数据(GDS数据)教大家如何在线进行数据分析。 毕竟是所有人都会编程敲代码,小白人生谁来解救?所以,小编就开始搬砖了,教大家利用GDS数据对应的Data Analysis Tools完成数据的基本分析,简单...

文章 BUSCO评估基因组组装和完整性详解

...分析方法:auto-lineage 和 lineage_dataset。 auto-lineage:自动匹配进化分支 busco -m MODE -i INPUT -o OUTPUT --auto-lineagebusco -m MODE -i INPUT -o OUTPUT --auto-lineage-prok# or ignoring eukaryotes to save runtime, if compatible with your experimental goa...

文章 基因功能注释数据库DAVID 版本的更新情况

DAVID 是一款比较方便使用的基因功能在线注释网站,能进行一些基因ID的转换,还能够进行GO,KEGG的功能注释和富集分析。 十年前,基因功能注释的软件非常的少,DAVID 非常的流行,为广大科研人员所喜爱。但DAVID却在大家的溺...

文章 正则表达式

...的简单编程语言。通过“模式”将“字符串”分为两组(匹配/匹配)。 1. 简单模式(//),匹配简单的直接量字符串。      $_="yabba dabba doo";     if(/abba/){        print "It matched!\n";  #返回匹配为真} 2. 元字符,在正则...

问题 从NCBI上下的序列在进行序列多态性分析和构建系统发育时,是否需要先人工校正?

老师您好,叶绿体基因组分析实操视课程中,有几处地方提到注释后的序列需要人工校正。特别是序列多态性分析一节,老师举例时提到示例用图和原文一样是序列没有校正过。请问在做系统发育树时,下的序列是否也需...

文章 Mapchart 添加标尺

...置成 Ruler at page margin 结果: 推荐课程: 基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操...

问题 在做基因家族分析时,有几个基因能找到目标结构域,但是基因碱基数太小,与以往文献中提到的碱基数匹配,并且在建进化树时总是出错,请问可以删除这三个基因吗

文章 Mapchart绘制基因染色体位置图

...t-research/Biometris-1/Software-Service/Download-MapChart.htm 目前最新版本的Mapchart 2.32,内置6个mct格式案例数据。 下时需进行注册,提交邮箱信息方便license file文件下,并将下的MapChart.lic添加到安装路径,以免影响软件使用。 准备...