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问题 GWAS分析排序后出现sortPositions: false keepDepth: false的报错并且没有结果输出是什么原因

/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/ahocorasick-0.2.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-alignment-6.0.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-core-6.0.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-genome-6.0.4.jar:/share/work/biosoft/tassel/latest/lib/biojava-phyl...

问题 参考基因组建立索引报错，这是什么原因？

[root@4527fed4ab00  16:49:56 /work/my_reseq/ref]# sh $scriptdir/index.sh Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa Oryza_sativa.IRGSP-1.0.61.gff3 REF: Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa GFF: Oryza_sativa.IRGSP-1.0.61.gff3 GTF: build Index  start: RNN CMD:samtools faidx Oryza_sativa.IRGSP-1...

文章 快速生成iTOL配置文件美化你的进化树

...个R包，可以读入表格快速，然后将生成好的配置文件，在iTOL网站上拖拽过去即可： devtools::install_github("TongZhou2017/itol.toolkit") library(itol.toolkit)library(data.table)setwd("/phylo_tree")tree_1 <- "abunt-tree.nwk"hub_1 <- create_hub(tree_1)data_file_1&l...

问题 使用GATK的GenomicsDBImport合并gvcf导入db时报错Unexpected compressed block length: 1 for /work/GATK/BN14.g.vcf.gz

...R_EXCEPTION=true') to print the stack trace. 请问是什么原因呢，在网上查，有人提出可能是压缩文件的问题，建议对gvcf解压，但是我有560个样本，解压太大了，所以没有尝试，有没有什么其他解决方案呢？谢谢！

文章 Bio-Linux中的生物信息学软件

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容：linux、perl、R语言画图，更多免费课程请点击以下链接： htt...

问题 进行16S分析时，对样品按照分组进行分类汇总出现问题。

...se_samples.py，对样本进行组间差异比较，具体的组别为group和type，现在出现的问题是代码无法读取我的 metadata的head line，试过很多方法无法解决。###代码如下： mkdir taxa_summary_group for i in  type group;do   #这里的type group  来自meta...

文章 CAFs 细胞类型细分

...（prolCAFs）、神经（neuralCAFs）、氧化磷酸化（OXPHOS CAFs）和发育 CAF（devCAFs） Supplementary Table 5 Genes used to define CAFs in the scRNA-seq dataset and their reference (Fig. 1h).Cell typeGene nameReferenceFibroblasts/CAFsBGNOur spatial transcriptomics data (enriched ...