...，这时就可以使用下面的代码了。 用法如下： perl venn_up_or_down.pl -in All_DEG_venn.xls -id1 left_DEG.final.xls -id2 right_DEG.final.xls -k trans_full_table.xls -od out 该脚本的输入文件都为转录组分析结果文件，All_DEG_venn.xls是画韦恩图时生...
... 原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_67503304/article/details/125397132
...这个文件可以用editplus等文本编辑器打开；结果如下： NM_001178.5NC_000011.10 说明： 1）db=nuccore 你需要下载的数据来自： nuccore database 如果你输入的是protein gi号的话需要更改：db=protein 2）id=663070995,568815587 指定GI号，多个gi号用...
...码： # 设置文件路径和物种拉丁名，并运行species=Zea_maysgenome=Zea_mays.B73_RefGen_v4.dna.toplevel.fagff=Zea_mays.B73_RefGen_v4.44.gff3 #以下代码不用修改，可直接运行 #保留蛋白编码基因agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute bi...
...的列表元素个数 $num = grep /^cds$/i,@array; $m=grep {$brray[$_] eq ""CDS"} @brray; 在标量上下文里,grep返回匹配中的元素个数;在列表上下文里,grep返回匹配中的元素的一个列表。 更多perl语言知识可观看 Perl语言高级编程 学习！
(base) [@host132 NBS-LRR]$ ~/paircoil2 -win 28 zc102_NBS_FullSeq.fas Usage: paircoil2 [-win 21|28] <fasta_file> <output_file> 不出结果不报错，不知道哪里有问题
.../entry/hsa:51571 下面自己制作最新的kEGG通路基因列表： hsa_kegg <- clusterProfiler::download_KEGG("hsa") names(hsa_kegg) head(hsa_kegg$KEGGPATHID2NAME) head(hsa_kegg$KEGGPATHID2EXTID) PATH2ID <- hsa_kegg$KEGGPATHID2EXTIDPATH2NAME <- hsa_kegg$KEGGPATHID2NAMEPATH_ID_NAME ...
关于Cytoscape绘图，一个酶对应的几个基因之间的关系图怎么画呢？现在只画了基因与转录因子之间的网络图，想添加同源基因之间的联系。先跪谢果各位路过的热心大佬们了！ 可加qq（1114863741）或者微信（spring_0615）讨论。
...行这个脚本：perl $scriptsdir/ProtExcluder1.2/ProtExcluder.pl ${lib}_blast_results.txt ${lib}，会显示ProtExcluder1.2/这个文件夹里的多个脚本有权限问题，可是我并没有运行有权限问题的脚本。其次，这些脚本为什么会存在权限问题？权限和其他可...
DM_RH_RNA-Seq_FPKM_expression_matrix_for_DM_v4.03_13dec2013_desc.txt.zip
VarNames <- gene_names > Univar <- lapply(VarNames, Unicox)有的这个代码，但报错了Error in parse(text = x, keep.source = FALSE) : <text>:1:9: unexpected input 1: mysurv~1_ ^不知道什么原因
新：Species_ORFs_heatmap.R Perl_result5_revise 旧： Perl_result5_revise genus_ORFs_heatmap.R
老师，我是gff文件，不是gff3文件， 运行命令"perl ../script-1/mRNAid_to_geneid.pl Paab.1_0b.gff1 mRNA2geneID.txt"得到的文件夹是空的，只有列名，按照https://www.omicsclass.com/article/816方法处理还是不行，请问上面原因啊？
...转移的性状关联起来，得到跟性状关联的模块，然后根据GS＞0.2，MM>0.8的条件筛出模块hub gene。但是，我回过头来看。发现，我这些hub gene在有转移的癌和没有转移的癌表达量是没有变化的。这怎么解释？为什么表达量没有变化...
...-parallel 40 --genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map 报错： Using GATK jar /share/work/biosoft/GATK/gatk-4.4.0.0/gatk-package-4.4.0.0-local.jar Running: java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async...