用户 Man in the Mirror

文章 你不知道的微生物互作分析方法

... 参考文献： [1] Durrer A, Gumiere T, Taketani R G, et al. The drivers underlying biogeographical patterns of bacterial communities in soils under sugarcane cultivation[J]. Applied Soil Ecology, 2016, 110. [2] Faust K, Sathirapongsasuti J F, Izard J, et al. Microbial Co-occurrenc...

问题 用perl脚本提取顺势作用元件的序列是显示zsh: killed ，是因为内存不够吗？

...参考基因组分析，做到提取基因的上游1500bp时，显示out of memory,然后我修改了虚拟机内存，再运行还是同样问题。于是我想可能是小麦基因组太大，所以我单独提取了每条染色体上基因家族的位置信息，有单独下载了每天染色体...

文章 GEO和TCGA数据挖掘生物信息文章解读（宫颈癌）

...O和TCGA数据挖掘宫颈癌预后相关的关键基因，2019年发表在Journal of Cellular Physiology 影响因子：4.52左右。 1.芯片数据差异基因及注释分析结果 作者在GEO数据库中找到宫颈癌相关的基因芯片数据：GSE63514，其中，包含28个宫颈癌样...

用户 the vampire จุ๊บ

问题 tassel 运行报错 The fixed effect design matrix has less than full column rank. The analysis will not be run.

代码如下： run_pipeline.pl -fork1 -h all.hmp -fork2 -r trait.txt  -fork3 -q population_structure.txt -fork4 -k kinship.txt -combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect -combine6 -input5 -input4 -mlm -export mlmkq -runfork1 -runfork2 -runfork3 -runfork4 运行后：

问题 老师，我在用比较基因组学方法做两个物种之间的共线性分析时，是可以筛到某一种基因家族在两个物种中对应的共线性的，但是用下面这种方法做是做不出来某一基因家族在两物种之间的共线性关系的

...T_AT.blast -evalue 1e-10 -num_threads 16 -outfmt 6 -num_alignments 5 /biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX ST_AT 得到以下结果 Reading BLAST file and pre-processingGenerating BLAST list170 matches imported (1 discarded)44 pairwise comparisons0 alignments generatedPairwise collinear blocks written...

用户 The soul can only walk alone

文章 Mapchart绘制基因染色体位置图

...Mapchart画图。 软件Mapchart 下载地址： https://www.wur.nl/en/Research-Results/Research-Institutes/plant-research/Biometris-1/Software-Service/Download-MapChart.htm 目前最新版本的Mapchart 2.32，内置6个mct格式案例数据。 下载时需进行注册，提交邮箱信息方...

问题 请问大佬，做转录组分析时，fpkm_and_plot.R分析数据时，出现错误Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (100276): x，这个怎么解决呀？

文章 2020年-基因家族分析文章怎么发！

...l. Genome-wide identification, characterization and expression analysis of the TLP gene family in melon (Cucumis melo L.)[J]. Genomics, 2020. 重点福利来了！ 组学大讲堂专注于生物信息培训，已有20000+的线上网课学员和1000+的线下培训学员。是国内第一家开展...

文章 Cox与KM生存分析及结果解读

...mula = Surv(time, status) ~ sex, data = lung)  n= 228, number of events= 165        coef exp(coef) se(coef)      z Pr(>|z|)   sex -0.5310    0.5880   0.1672 -3.176  0.00149 **---Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ...

问题 在用gemma进行亲缘关系矩阵计算时，已经給fam文件添加表型但还是报错

命令：/data/soft/gemma/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile /wtmp2/user049/yushiyan/prune_/alleledphwemafmissing_LDfiltered.snps -gk 2 -p /wtmp2/user049/yushiyan/-P/pheno.txt -o /wtmp2/user049/yushiyan/kinship/result.kinship_n21 ERROR: Enforce failed for number of analyzed individuals equals...

文章 组装好的基因组通过agp文件得到contig序列

...ibao/jcvi/wiki/ALLMAPS%3A-How-to-lift-over-gene-annotations But, you want the reverse mapping here so we'd need to swap the AGP file. python -m jcvi.formats.agp swap assembly.agp This generates a new AGP assembly.swapped.agp. You'll see that it basically swaps the components/objects from the or...

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，出现如下问题，请问老师这是什么原因呀

...00 GFF lines processed.Error occured when processing GFF file (line 546354 of file /bioData/run_data/lixp/work/GZ_yangtao2/2.alignment/stringtie/stringtie_merged.gtf):  Feature Yangtao2000001 does not contain a 'gene_id' attribute  [Exception type: ValueError, raised in count.py:53]