问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

...也没法完成基因与mRNA的对应关系分析。分析时显示 Use of uninitialized value $pid in concatenation (.) or string at mRNAid_to_geneid.pl line 38, <IN> line 3.等错误信息。生成的文件将gene ID或mRNA ID显示在一行内。 于是我尝试将gtf文件中的内容...

问题 eggnog_file_process.r好像就是将同一功能下不同基因直接相加

...在cf表格的第一列中查找匹配的行索引   match_rows <- cf$X.ID %in% element_vector   match_data <- cf[match_rows, -1]   # 计算结果并转置为数据框   result <- as.data.frame(t(colSums(match_data)))   # 将结果与df的行进行拼接   bind_cols(df[i, ], res...

问题 老师好，我的基因组gff文件基因的id名字后面还有外显子内含子等等 get_gene_exon_from_gff.pl

提取基因结构绘制structure的时候老是提取不成功。我的基因ID是对应的： 输入文件gff如下： ID文件如下： 脚本文件如下

问题 AWK整理泛基因集文件出现部分问题

您好，我在使用以下代码进行格式整理后发现，部分出错 awk -F"\t|-|_" '{print $1$2"\t"$3"_"$4}' 13Pan-genes.list > apple13.pan-genes.list 我的13Pan-genes.list文件如下 整理后的文件如下，有部分基因如Msi开头的没有加上第三列的信息

问题 16S FastMap文件如何填写能否像详细讲解一下，视频中说tap1文件就是ckd就是肾病患者的简称填写吗，我搜到的是tap列通常用于记录与每个样品关联的分类工具或方法的信息。像这样，能否详细说明一下

... F341 Control RDP Classifier using Silva 132 database Soil sample from forest S2 BC2 F515/R806 Experiment QIIME 2 with Greengenes 13_8 database Water sample from river S3 BC3 F341 Control MOTHUR v.1.45.1 with SILVA SSU Ref NR99 Sediment sample from...

问题 求助，在docker里下载镜像时报错Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": nettp: TLS handshake timeout

昨晚下载过一次镜像，当时还没有报错，但是下载了五六个小时还没好，就把电脑关机了，今天打开docker再下载镜像时就报错了

文章 ERROR 1290 (HY000): The MySQL server is running with the --skip-grant-tables 解决方法

...ot'@'localhost' IDENTIFIED BY '123456'ERROR 1290 (HY000): The MySQL server is running with the --skip-grant-tables option so it cannot execute this statement 这个时候只需要刷新一下权限即可： flush privileges; 再次修改密码尝试： >ALTER USER 'root'@'localhost' IDENT...

问题 Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": EOF 老师 您好， docker遇到这个问题咋这u里？

文章 merge_tsv_files.r 根据共有ID横向合并表格文件

......], --by by [by ...]                        character vector of variable names to join by. If                        omitted,will match on all common variables.  -t type, --type type  type of join: left (default), right, inner or full  -p prefix, --prefix prefix      ...

问题 WGCNA安装以及运行问题？

1.WGCNA安装，安装后警告“package ‘GO.db‘ is not available”。GO.db包未安装成功对后期结果运行有影响么？ 2.运行代码“gsg = goodSamplesGenes(datExpr0, verbose = 3)”，显示“Error in gsg = goodSamplesGenes(datExpr0, verbose = 3) :could not find function "good...

问题 sratoolkit中prefetch下载一直报错是不是因为网的事情？

....9.6:  https download failed2020-04-23T18:11:01 prefetch.2.9.6: 1) failed to download SRR2079642

问题 请问老师我在MAFFT上构建进化树，结果是This is a Neighbour-joining tree without distance corrections。

这样有影响吗？并且树枝上没有数字。       MEGA软件一直报错。

问题 Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": dialing index.docker.io:443 container via direct connect

问题 不能使用scripts中的vcf2map.pl脚本

...//vcf2map.pl": No such file or directory 切换到scripts中授权chmod a+x vcf2map.pl后再回到01.PrepareData运行上述命令还是不行 使用绝对路径 perl /work/scripts//vcf2map.pl -i ../00.DataQC/all.snp.ready.vcf.gz -P TD70 -M Kasalath -Pd 10 -Md 10 -o pop.genotype.gz依旧显示Can...

问题 老师您好，docker镜像加速后，下载你们的gwas镜像时，总是pull了一半，剩下的立刻就没反应了，尝试了几十次，这个怎么回事?

...failed because the connected party did not properly respond after a period of time, or established connection failed because connected host has failed to respond.