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问题 基因表达量可以查询吗

请问基因在某个物种,某个部位的表达量可以不通过做荧光定量,而是在网站上搜索得到吗?

问题 蛋白3D结构预测

我对比对得到的成员的ID运行python3时,有的成员没有得到后缀为ent的文件,然后在PDB网站直接搜索的模型ID,应该下载哪个格式的文件啊?

文章 再挖TCGA,发篇SCI

...样本的基因,lncRNA,和miRNA表达数据,进行差异表达分析,筛选差异表达的分子。 差异表达的火山图如下: 差异表达聚类热图如下: 3. 生存分析 3.1 单因素生存分析 基于差异表达的结果,分别针对差异表达的分子与临...

问题 lr2rmats软件

您好,lr2rmats这个软件您使用过吗?按照要求进行安装,测试文件报错,想请您帮助解决一下。下图是测试文件出现的报错,不知道该如何解决,谢谢!

文章 vcf格式文件基础知识与编辑操作详解

...标记完之后我们就可以用其他工具,把标记为"PASS"的列给筛选出来,这样方便后续分析。如果没有应用缺失值"."代替。INFO 为附加信息列,一般以=;形式添加额外的注释信息列,常见的如DP=18 表示该位点测序深度为18X;AF=0.1表示...

文章 R语言对基因表达量数据RNA-seq做PCA分析

输入数据: 代码部分,筛选基因也可以参照另一篇文章,而不一定是选取200个变化最大的基因,R筛选基因: myfpkm<-read.table("All_gene_fpkm.xls",header=TRUE,comment.char="",sep = "\t",check.names=FALSE,row.names=1)probesetvar = apply(myfpkm, 1, var) #...

文章 R语言逻辑运算符与算术运算符

...下结果 -[1] FALSE 4. 赋值运算符 这些运算符用于向向量分配值。 <−,<<−和= - 叫作左分配符。参考以下代码 -v1 <- c(3,1,TRUE,2+3i); v2 <<- c(3,1,TRUE,2+3i); v3 = c(3,1,TRUE,2+3i); print(v1); print(v2); print(v3); 执行上面示例代码,...

问题 用MCScanX分析没有得到tandem文件

...想问一下,这是我运行错误还是就是没有共线性? 注:检查gff文件和Blast文件里的基因名,是一致的

问题 itol里面的控制面板control panel 找不到了

设置完分组颜色后发现控制面板找不到了,还有,是否图片修改的内容不能保存?下次还要从头作图?

问题 基因家族中的真假基因

各位老师请教一下: 利用HMM模型搜索到的基因,怎么判断是真基因还是假基因呢?

文章 利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息

...因的检索方法 在做数据分析的时候很多老师经常需要搜索某一类功能的基因,有两种思路可以实现这一目标。第一种是直接序列比对,认为序列相似即具有相似的功能;第二种是利用这一类基因共有的蛋白保守结构域搜索,...

文章 木薯NBS基因家族分析

...因构建木薯特异的 HMM模型,然后使用新建的 HMM模型重新搜索木薯NBS基因家族成员,这样才能得到比较全面的NBS基因家族成员。流程如下图所示: 鉴定过程中值得注意的是,部分NBS-LRR基因在进化过程中丢失了完整的NBS domai...

问题 结合转录因子

我通过转录组和蛋白质组学分析筛选了一些关键基因,想进一步分析转录因子结合调控

文章 可变剪切在癌症中的研究

...大家分享过:下载TCGA数据库内转录组/LncRNA等数据,通过筛选差异基因进行生存分析,构建预后模型的文章思路,感兴趣的可以点下以下三个链接查看详细内容。 1. 1分钟给你5分的SCI论文思路!要不要? 2. TCGA-人类癌症数据库...

文章 群体进化选择消除分析

...(Relative SNP Density,RSD)分析只针对纯合 SNP 位点,用于筛选个体特异的受选择区域,主要应用于驯化物种品系间的选择分析。  7.  基于纯合区域分析(ROH) 一般认为野生型个体中 ROH 的数量和总长度少于驯化型个体,基于此...