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问题 tassel跑glm模型报错et.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: importGuess

...是个啥东西啊 啊啊啊啊啊啊啊？vcf转phy报这个错，现在怎么连表型都报这个错呀，郁闷

问题 运行eggnog_stat.r报错

在运行eggnog_stat.r的时候，Rscript  $scriptsdir/eggNOG/eggnog_stat.r  --emapper_anno eggnog.emapper.annotations -f genome.pep.fa -e "Human Diseases" "Drug Development" 出现了这样的报错 end`summarise()` has grouped output by 'Pathway_Class'. You can override using the `.groups` ar...

文章 linux 常用的解压命令

...ame.gz 解压2：gzip -d FileName.gz 压缩：gzip FileName 3、.tar.gz 和 .tgz 解压：tar zxvf FileName.tar.gz 压缩：tar zcvf FileName.tar.gz DirName 4、.bz2 解压1：bzip2 -d FileName.bz2 解压2：bunzip2 FileName.bz2 压缩： bzip2 -z FileName 5、.tar.bz2 解压：tar jxvf F...

文章 回归分析中R2的意义

...线线性是否很好，理想状态是1，但是达不到。一般应该在0.99以上。越接近1，说明这条直线与原始数据（实际测量数据）越吻合。 当根据实验数据进行曲线拟合时，实验数据与拟合数据之间的吻合程度，用一个与相关系数有关...

问题 devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")运行错误

我在采用TCGAbiolinks下载TCGA数据时，出现了“Error in value[[3L]](cond) :    GDC server down, try to use this package later”的代码，然后按照社区里的解决方案运行了代码 结果一直报错，显示Error in utils::download.file(url, path, method = download_method()...

问题 “linux文件的查看以及搜索使用技巧以及cut命令”课程讲解所用文件“gene 2019”如何索取

在“linux文件的查看以及搜索使用技巧以及cut命令”课程中使用的文件，课程下载资料里没有提供，请问从哪里可以获取？

文章 perl大小写变换函数lc()与uc()

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

问题 请问您是如何找出是哪号样品的哪个染色体的相关文件有错误的呢

我在使用GATK，combine gvcf文件的时候遇到了和您一样的问题，但是样品数目太多，不知道如何找出有问题的文件

问题 比较基因组构建进化树，通过seqkit进行序列合并时内存爆满导致kill

您好，我在进行进化树构建，运行seqkit concat aln_out/*.pep_aln.renamed  >  single_copy.pep_msa.fasta这条命令是被killed，原因是跑满了我的512GB的运行内存导致的，我想问下这到底是什么问题？

文章 Mapchart位置坐标小数点后数字调整

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

问题 获取选择区域的基因

老师您好，在GWAS分析后是基于SNP附近10K获取相关的基因，那么选择清除分析需要吗？脚本里两个是有区别的。 #筛选候选区域基因 ################################################## cd  $workdir/05.select_sweep #以Fst top 5%的区域作为候选区域...

文章 蛋白质比对结果快速分类taxid

...件,即accession2taxid用来把accession number分类到taxid 但是由于和这个文件极大,直接比对速度相当慢,就写了以下两个脚本 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <string.h> #include <unistd.h> #include <pthread.h> #include "uthash...

问题 win10家庭版安装docker desktop,运行时报错

我在win10家庭版安装了docker desktop，在cmd或powershell中输入命令，出现以下报错，想请教解决办法 error during connect: Get http://%2F%2F.%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.40/version: open //./pipe/docker_engine: The system cannot find the file specified. In the default daemon ...

文章 eclipse当中R插件StatET安装

...可到R官网下载并安装 http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ ，在R中执行命令install.packages("rJava")，安装rJava包。 交互环境设置： 选择菜单栏中的 Windows>Preferences ，打开配置窗口，展开StatET，将上面安装的R的路径添加进去，如下图...

问题 MCSCANX共线性图代码报错

老师，在使用MCSCANX做共线性图时，代码报错，请求老师帮助解决，谢谢（WIN10 64位操作系统） sudo java family_circle_plotter -g /home/manager/share/result/at.gff -s /home/manager/share/result/at.collinearity -c /home/manager/share/result/family.ctl -f /home/manager/sh...