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问题 进行GTDB注释时报错，报错信息为缺少参考基因组

老师您好，我在进行GTDB注释时，根据课程所给的代码下载了GTDB的数据库信息，但进行注释时，却出现了缺少参考基因组的信息，具体情况见下图。请问该如何解决？

问题 为什么启动镜像时总是出现这样的报错啊老师

前面的步骤也都是按照老师的要求上传的，在基因家族分析环境搭建这一节视频课中，老师说上传课程压缩包我上传的是已经解压过的不知道会不会有影响。

问题 老师我想请问一下有关基因家族成员鉴定出来命名的问题，麻烦老师指导一下

...果自己研究的物种中的A基因只有15个，那么有一个A基因和拟南芥中的A20基因同源性最高，那我不可能命名为20吧，因为自己所研究的物种中只有15个，或许我的理解有误，麻烦老师指导一下

问题 老师您好，我想分析样本的甲基化数据，但是TCGA里的脑肿瘤只有肿瘤样本，我能从GEO中下载健康样本的甲基化450的数据，可以吗？

可以将两者的数据直接按照甲基化探针直接merge嘛，批次效应怎么处理？

问题 用R的pathview函数下载KEGG信号通路图的时候报错

 只有在下载这一个KEGG图时报错，其他的都没有问题，用的数据是一样的

问题 基因组调研图制作，kmer分析过程中，jellyfish无法找到

我在学习课程动植物基因组组装时，使用组学大课堂的镜像omicsclass/organelle-assmembly，jellyfish无法找到，我尝试下载jellyfish后仍无法找到此命令，下图为我下载后得到的文件

问题 我看了您的《pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3》文章，想请教一个问题

请问iso-seq3分析的第二步（见上图），引物的去除和barcode的去除，需要一个barcoded_primers.fasta文件，这个文件是接头文件吗？还是应该是固定的？我在https://github.com/PacificBiosciences/IsoSeq3/blob/master/README_v3.0.md这个上面看到的这个文...

问题 用TBtools做基因结构，使用他人电脑同样的数据能做出来，但我的电脑就是做不出来

...能做出来，但我的电脑就是做不出来。请问各位老师应该怎么解决 7月 20, 2022 5:28:57 下午 biocjava.GUIexcutors.JIGplotToolkit.AmazingGeneViewGUIPanel$19$1 run 严重: null java.lang.NullPointerException: Cannot invoke "java.util.ArrayList.iterator()" because "SeqDomainI...

问题 https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下载全基因组测序文件，进行GWAS分析，下载哪几个啊

愁死了，手里有从这个基因库的一些品种，想把这个基因库的全基因组序列下载下来，可是不知道怎么下

问题 老师，您好，我想咨询一下转录组测序相关系数的问题。

我的材料用激素处理，分别在激素处理0h、0.5、1h、3h、6h取样进行转录组测序，实验设置了3组生物学重复，共15个样品。我们发现，可能是取样时间间隔过短的原因，生物学重复（组内）的相关系数（0.7左右）低于样品间（组间...

文章 GATK配置问题的解决

...流程中经常使用到的软件，他的下载比较简单，但是今天在配置的时候出现了一点小问题 下载 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/archive/refs/tags/4.6.2.0.tar.gztar zxvf gatk-4.6.2.0.tar.gzcd gatk-4.6.2.0 配置 ./gradlew bundle 问题 解决 对ga...

问题 上传CNCB测序数据出现问题，请问大佬们需要怎样处理啊？

友友们，在上传原始数据的时候报错了，是这样提示的：您的提交数据(subCRA027185)以下文件审核报错，原因为数据中重复的序列ID超出限制, 请核查数据情况，修改后重新上传数据，并登陆数据库点run编号后的修改在线更新数据md5...

问题 Linux服务器上，运行提取结构域的脚本的时候，出现未安装Bio/SeqIO.pm in @INC的错误，请问如何解决

Linux服务器上，运行提取结构域的脚本的时候，出现未安装Bio/SeqIO.pm in @INC的错误，请问如何解决，这个问题之前有提过，但是没有人回答，有人只是指出可以安装docker，但是需要root用户安装，没有root权限的用户怎么办

问题 实验室买服务器，咨询一下

...问一下朴赛这个牌子靠谱吗？我看他们也是组装的，好像在网上有点名气。28999元这个配制（至强铂金双路8175M ，128g内存，512g ssd+2tb机械硬盘） 真实吗？可信吗？小白一个，没买过服务器

问题 想请教一下，stringtie定量后，得到一个基因对应多个转录本，那么它的定量结果，即FPKM值应该如何取舍？

....713859";您好，我的大部分基因都是一对多的情况，具体该怎么解决，谢谢！