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问题 求助WGCNA Hub基因选择问题

1. 先筛选GS＞0.2，MM>0.8的基因，然后将其中的连通性高的基因选做hub gene可以吗？ 2. MM大于0.8是指在自身所在的模块MM值吗？那此基因在其他模块中的MM值有什么意义吗？ 3. 怎么看一个基因与其他模块中基因的连通性？（举个...

文章 GEO、TCGA多数据库联合挖掘胰腺导管腺癌预后关键基因

...展与预后的10个关键基因。 数据来源基于GEO数据库获取GSE62452数据（69癌症样本/61癌旁样本）进行共表达分析，借助TCGA数据库下载的146个样本数据、GEO数据库下载的GSE62165涉及的131个样本数据等进行验证。 数据分析1.GSE62452数据...

文章 三代组装软件Flye安装及使用

...结果打磨。 常用命令 #针对pacbio数据flye --pacbio-raw E.coli_PacBio_40x.fasta --out-dir out_pacbio --threads 4#针对ont数据flye --nano-raw Loman_E.coli_MAP006-1_2D_50x.fasta --out-dir out_nano --threads 4 三、输入数据的类型 Oxford Nanopore：使用--nano-raw，ONT的数...

文章 Python-如何读取和处理配置文件

... python 变量作用域问题（经典坑）：https://blog.csdn.net/sinat_41264944/article/details/81383469 Python中常见字符串去除空格的方法总结：https://www.cnblogs.com/fandx/p/9311755.html Python 读取写入配置文件 —— ConfigParser：https://www.cnblogs.com/feeland/p/4...

问题 运行mcmctree报错

11.time_tree_BV_2.sh.o 日志文件显示如下 ————————————  mcmctree mcmctree1.ctl >run1.o 日志文件显示如下： PAML 软件中的 MCMCTREE 工具， finetune 参数现在已经被废弃了。 ————————-—— mcmctree mcmctree2.ctl > run2....

文章 Treemix 软件：群体基因交流分析的得力工具

...mix -i input.treemix.frq.gz -m 0 -o treemix.0 -bootstrap -noss > treemix_0_log# 假设各群体间有一次基因流treemix -i ../input.treemix.frq.gz -m 1 -o treemix.1 -bootstrap -noss > treemix_1 输出文件 .cov.gz 文件：这是群体间等位基因频率的协方差矩阵文件，...

问题 老师，您好！我是集美大学水产学院的博士研究生，目前主要研究方向为坛藻类的基因组选择与分子育种，近期重点关注多模型整合优化在产量性状改良中的应用。

...确率的研究思路，为我当前开展的多群体紫菜产量性状 GS 研究提供了重要借鉴。其中，不同模型的参数设置、交叉验证实现及计算效率优化等细节，对我完善实验设计、提升研究科学性极具学习价值。 因学术研究与方法学习需...

问题 请问 较为小众的物种，其gene symbol的查询

请问各位大神！ 例如，已知Entrz ID （26230423）或者 Gene name （ PDIP_21010）,通过什么过程可以得知其Gene symbol （ERG1）呢？

问题 WGCNA power 选择

...合适呢？powerEstimate给出的值是1，觉得显然不对呀~~o(>_<)o ~~ 还有就是如果用一步法构建是，参数为unsigned和signed是不是选择的power值是不一样的呀，据说要乘以2？ 谢谢老师~

文章 单细胞转录组-inferCNV拷贝数变异分析介绍

...类。 这里介绍几个比较重要的参数会影响结果： group_by_cluster参数，以下是官方说明 If group_by_cluster=FALSE, the dendrogram on the left is a hierarchical clustering of all non-reference cells. The first color column indicates the subdivisions of the dendrogram by c...

问题 NGS数据分析时，使用ANNOVAR的table_annovar.pl报错。

使用自建数据库。用ANNOVAR的annotate_variation.pl进行注释时，没有报错。 [*****@head ****]$ perl ../tessDSS/annovar/annotate_variation.pl -geneanno -buildver HP ./bin/M5-31.avinput HPdb/NOTICE: Output files are written to ./bin/M5-31.avinput.variant_function, ./bin/M5-31.avinput....

文章 转录组+sRNA+降解组=7分文章

...个miRNA预测得到32个靶向转录本。值得注意的是ptc-miR171i-p3_1ss21TG 靶基因最多，可以剪切47个，而有11个miRNA仅靶向剪切了同一个转录本，而这个转录本可能是涉及水解酶活性的蛋白。 针对754个靶基因进行了功能注释和富集分析...

文章 Python学习-利用Python对植物基因组注释文件（gff3格式）进行处理

...信息 #!usr/bin/python import re,io from operator import itemgetter input_file = io.open('Zmays_284_Ensembl-18_2010-01-MaizeSequence.gene.gff3','r',encoding='UTF-8') # 基因的注释信息,GFF3格式的文件 out_file = open('Zm.newid.gff', 'w', encoding='UTF-8') # 输出文件的名字 list_two ...

文章 bioperl处理fasta和fastq序列截取反向互补翻译等等

...Dumper;$in  = Bio::SeqIO->new(-file => "D:/share/scripts/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.all.fa" ,                               -alphabet=>"dna",                               -format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO->new(-file => ">D:/share/script...

文章 KEGG GO 富集显著性图 名字太长，柱状图上文字解决

...rcats)# 创建数据框data <- data.frame(  Description = c(    "KEGG_STARCH_AND_SUCROSE_METABOLISM",    "KEGG_PENTOSE_AND_GLUCURONATE_INTERCONVERSIONS",     "KEGG_METABOLISM_OF_XENOBIOTICS_BY_CYTOCHROME_P450",    "KEGG_PORPHYRIN_AND_CHLOROPHYLL_METABOLISM",    "KEGG_NEUROACTIVE_LIGAN...