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文章 MCscan报错——kpsewhich命令缺失

...on2.7/site-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 79, in plot_breaks_and_labels    th = TextHandler(fig)  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/base.py", line 51, in __init__    self.build_height_array(fig)  File "/biosoft/python/Pyt...

问题 基因组重测序使用qualimap 出现Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:18.0' as the value of the DISPLAY variable.

...am -outfile report.pdf -outformat PDF  -outdir ${bwa_qcdir}/${name}.depth_and_coverage_report done if [ $? -eq 0 ]; then        touch  ${bwa_qcdir}/ok.cucumber_bwa.qc.status     else        touch  ${bwa_qcdir}/failed.cucumber_bwa.qc.status fi 最后运行的时候  #1.比对...

问题 fastsimcoal

您好老师,想问一下 为什么运行后得不到MaxEstLhood 和 MaxObsLhood文件呀cd run$i     # 运行 fastsimcoal2     astsimcoal2/fsc28_linux64/fsc28 \       -c 12 -t new.tpl -n 100000 -m -e new.est -M -q -s0     cd .. done

问题 相关系数矩阵

计算OTU间两两相关系数矩阵 ,数据量大时,可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数(the Benjamini and Hochberg false discovery rate (FDR))矫正。具体如何实现呢,望大神赐教!!

文章 桑基图绘制

...的分支的宽度对应数据流量的大小,因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名,此后便以其名字命名为“桑基图”。 载入数据 rm(list=ls())data("iris")iris$Class <- ifelse(iris$Petal.Width>1.2,"A","B")iris$...

文章 Pheatmap绘制多分组热图

首先是准备材料: 1.R包 2.绘图数据 install.packages('pheatmap')#安装R包 library(pheatmap)#加载R包  画图 画个基础图形 Rscript  heatmap.r -i fpkm.txt -s -n heatmap绘制图形,并保存文件。 画的图拍你可以根据自己的喜好进行调整,包括横, ...

问题 GWAS分析绘制QQ图时,Observed值与Expected值相差较大

...型,结果都如图所示,运算脚本 tassel GLM模型:ohup run_pipeline.pl -Xmx60G -fork1 -h hapmap_2025.ordered.hmp.txt \ -fork2 -importGuess $tassel_trait_2025   \ -combine3 -input1 -input2  -intersect -FixedEffectLMPlugin \ -endPlugin -export CitralP_GLM_2025& 输入文件的...

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

... Juan,Wang Shoudong,He Cunman et al. Identification of regulatory networks and hub genes controlling soybean seed set and size using RNA sequencing analysis.[J] .J. Exp. Bot., 2017, 68(8): 1955-1972.

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

... Juan,Wang Shoudong,He Cunman et al. Identification of regulatory networks and hub genes controlling soybean seed set and size using RNA sequencing analysis.[J] .J. Exp. Bot., 2017, 68(8): 1955-1972.

问题 没有 easySFS.py

[root@53aa1cb44822  07:53:50 /work/3.map/dadi]# easySFS.py -i snp.vcf -p group -a --proj=74,56,60 -o./ bash: easySFS.py: command not found

文章 多组学联合分析—桑基图

...果,文件格式如下: Pathway ID Pvalue RichFactor Sesquiterpenoid and triterpenoid biosynthesis TRINITY_DN31349_c0_g2 0.0000238520842.1058445728966 Sesquiterpenoid and triterpenoid biosynthesis TRINITY_DN4141_c1_g1 0.0000238520842.1058445728966 Sesquiterpenoid and triterpenoid biosynthesis T...

文章 VirtualBox 中练习安装linux系统centos7

...Universityhttp://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/centos/University of Science and Tech of Chinahttp://mirrors.ustc.edu.cn/centos/Zhejiang Universityhttp://mirrors.zju.edu.cn/centos/ 清华的镜像地址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/centos/7.9.2009/isos/x86_64/  版本说明 CentOS-7-x8...

文章 GATK报错:Could not find walker with name: VariantFiltration

...OR ##### ERROR This means that one or more arguments or inputs in your command are incorrect. ##### ERROR The error message below tells you what is the problem. ##### ERROR ##### ERROR If the problem is an invalid argument, please check the online documentation guide ##### ERROR (or rerun your comma...

文章 linux 硬盘分区 格式化 挂载

...ange a partition's nameddelete a partition   #删除分区ishow detailed information on a partitionllist known partition typesnadd a new partition   # 添加一个分区ocreate a new empty GUID partition table (GPT)pprint the partition table  # 打印分区表qquit without saving changes   #...

问题 使用xpclr_smooth_line_plot.r绘制时,没有报错,但没有图片生成

xpclr_smooth_line_plot.r -i all.chr.xpclr -F $FAI -f 19226500  -n all.chr.xpclr.smoothline --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Loading required packag...