文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读（直肠癌）

...GEO数据库当中找到三个直肠癌相关的数据GSE32323, GSE74602, and GSE113513，分别做差异分析。然后，又下载TCGA当中的直肠癌相关的转录组数据做差异分析，差异分析结果绘制火山图（下图 A）。对于4组数据当中的差异基因按照上调基...

文章 IF=5.7 | 转录组数据揭示类风湿关节炎的临床诊断模型

...题为Integrated analysis of single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, Mendelian randomization, and eQTL reveals T cell-related nomogram model and subtype classification in rheumatoid arthritis 的转录组分析文章 ” 文章借助单细胞转录组数据、芯片转录组数据以及eQTL遗传变异...

文章 人类miRNA-mRNA 与 miRNA-lncRNA 靶向数据库总结

...ded from starBase v3.0 (18), DIANA-Tarbase v8 (19), miRTarbase (v7.0) (20) and miRSponge (21) databases, while the experimentally validated miRNA-lncRNA pairs were extracted from starBase v3.0 (18), LncACTdb2.0 (22), DIANA-LncBase Experimental v.2 (23) and miRSponge (21) databases.  https://www....

问题 perl双层哈希赋值

...提取时： use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Data::Dumper;#输入序列$in = Bio::SeqIO->new( -file   => "C:/Users/Administrator/cds.fa", -format => 'Fasta'); #读取IDmy $count=-1;my %ID;open IN, "C:/Users/Administrator/KAKS.txt" or die "$!";        #这个文件是blast输出并...

文章 perl 中批量创建不同的文件，用于文件批量分隔成小文件

...一段小代码 use FileHandle;use PerlIO::gzip;if ($ARGV[4]=~/gz$/){open IN, "<:gzip", "$ARGV[0]" or die "$!  actions";}else{open IN, "$ARGV[0]" or die "$!";} #批量创建文件，把创建的文件句柄放到，hash中存储； my%fout=();for my$i (1..10){my $f=FileHandle->new("> ${i}...

文章 picrust2用法

...ID中注释信息，避免错误：no ASV ids overlap between input FASTA and sequence abundance table get_fa_by_id.pl $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/otu_table_clean.txt $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/rep_set/qiime_rep_set.fasta rep_set.farm -rf picrust2_outpicrust2_pipeli...

问题 用Conet对Otu构建网络时，参数的设置问题

请问老师，在用Conet对Otu构建网络时，在percessing and filter过滤部分input filter---method--row minicc中输入的数字的含义是什么，这个数字的大小根据什么确定呢？ 在Method menu进行相关性、相似性以及距离计算方法的选择。比如我只想保...

文章 Perl语言里面$.代表什么意思

...的文件句柄的当前行号，在读文件时可以用到。 open (IN,"$in") or die $!;while (<IN>) {chomp;next if ($.==1);        .....} 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新...

文章 BIOM 微生物数据格式及文件转换

...le.biom -o otu_table1.biom#Split otu_table.biom into per-study OTU tables, and store the results in ./per_study_otu_tables/ split_otu_table.py -i otu_table.biom -m Fasting_Map.txt -f Treatment -o per_study_otu_tables#Split otu_table.biom into multiple biom tables based on the Treatment and Color of...

问题 有参转录组分析

...column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message. Error in file(file, "rt") : cannot open the connection Calls: read.table -> file In addition: Warning message: In file(file, "rt") :   cannot open file 'NA/pathway2name.tsv': No such file or directory Execution halted 报...

问题 我运行遗传群体进化的fst_pi_select_sweep.r这个脚本一直报错Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device)，将dev.off()语句改为while (!is.null(dev.list()))  dev.off()依旧报错，怎么解决？

问题 老师这条代码里面INV[0-9]、DUP[0-9]， 0-9是什么意思，输出文件中INV后面跟着的数字代表什么

for query in An1 C24 Cvi Eri Kyo Ler Sha;do    # 提取INS插入和DEL 的SV 大于 50bp   awk '$1 ~ /#/ || ($3 ~ /^INS/ || $3 ~ /^DEL/) && (length($5)-length($4)>50 || length($4)-length($5)>50)' $query.syri.vcf | sed  "/^#CHROM/s/sample/${query}/" > $query.INS_DEL.vcf   # ...

问题 作共线性分析的时候，用水稻的bed文件，无法获得水稻的cds，是不是因为水稻的cds.fa文件内是os08t0254300-00，而不像拟南芥的at012358.1这样后缀不一样，所有无法过去它的cds

...e Math::BigFloat; use Bio::SeqIO; use Bio::Seq; #读入蛋白序列 $in = Bio::SeqIO->new( -file   => "$ARGV[1]", -format => 'Fasta' ); #输出蛋白序列： $out = Bio::SeqIO->new( -file   => ">$ARGV[2]", -format => 'Fasta' ); #读取需要提取基因ID ...

文章 Infercnv|单细胞转录组拷贝数分析

...at Commun上的一篇文章《Single-cell profiling of tumor heterogeneity and the microenvironment in advanced non-small cell lung cancer》（IF=14.92）中使用scRNA-seq数据来推断癌细胞群中的拷贝数改变 (CNA)。通过CNV图谱推断患者间和患者内的异质性。 拷贝数...

文章 immune_box_plot.r 免疫侵润box分布图

...97optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i filepath, --input filepath                        input immune result file[required]  -m filepath, --metadata filepath                        input metadata file path[required]  -g grou...