问题 有参转录组分析

...column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message. Error in file(file, "rt") : cannot open the connection Calls: read.table -> file In addition: Warning message: In file(file, "rt") :   cannot open file 'NA/pathway2name.tsv': No such file or directory Execution halted 报...

问题 我运行遗传群体进化的fst_pi_select_sweep.r这个脚本一直报错Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device)，将dev.off()语句改为while (!is.null(dev.list()))  dev.off()依旧报错，怎么解决？

问题 老师这条代码里面INV[0-9]、DUP[0-9]， 0-9是什么意思，输出文件中INV后面跟着的数字代表什么

for query in An1 C24 Cvi Eri Kyo Ler Sha;do    # 提取INS插入和DEL 的SV 大于 50bp   awk '$1 ~ /#/ || ($3 ~ /^INS/ || $3 ~ /^DEL/) && (length($5)-length($4)>50 || length($4)-length($5)>50)' $query.syri.vcf | sed  "/^#CHROM/s/sample/${query}/" > $query.INS_DEL.vcf   # ...

文章 BIOM 微生物数据格式及文件转换

...le.biom -o otu_table1.biom#Split otu_table.biom into per-study OTU tables, and store the results in ./per_study_otu_tables/ split_otu_table.py -i otu_table.biom -m Fasting_Map.txt -f Treatment -o per_study_otu_tables#Split otu_table.biom into multiple biom tables based on the Treatment and Color of...

问题 作共线性分析的时候，用水稻的bed文件，无法获得水稻的cds，是不是因为水稻的cds.fa文件内是os08t0254300-00，而不像拟南芥的at012358.1这样后缀不一样，所有无法过去它的cds

...e Math::BigFloat; use Bio::SeqIO; use Bio::Seq; #读入蛋白序列 $in = Bio::SeqIO->new( -file   => "$ARGV[1]", -format => 'Fasta' ); #输出蛋白序列： $out = Bio::SeqIO->new( -file   => ">$ARGV[2]", -format => 'Fasta' ); #读取需要提取基因ID ...

文章 Perl语言里面$.代表什么意思

...的文件句柄的当前行号，在读文件时可以用到。 open (IN,"$in") or die $!;while (<IN>) {chomp;next if ($.==1);        .....} 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新...

问题 老师你好，我在使用qiime进行聚类分析中的pick_open_reference_otus.py进行聚类时，总是提示usearch61的版本不对，后来使用psortmerna_sumaclust 分析到一半的时候也开始报错了

...错的信息如下 Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/pick_open_reference_otus.py", line 453, in <module>     main()   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/pick_open_reference_otus.py", line 432, in main     minimum_failure_threshold=mi...

文章 低成本转录组跨种遗传进化分析

...hum）包含三个种：A. danaeifolium Langsd. & Fisch., A. aureum L. and A. speciosum Willd2 。这三种蕨类又具有不同环境的适应性，且金蕨属是唯一生长在潮汐带上的蕨类，在蕨类植物中占用特殊的地位。作者通过重建该属的系统发育和估计分...

文章 immune_box_plot.r 免疫侵润box分布图

...97optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i filepath, --input filepath                        input immune result file[required]  -m filepath, --metadata filepath                        input metadata file path[required]  -g grou...

文章 Infercnv|单细胞转录组拷贝数分析

...at Commun上的一篇文章《Single-cell profiling of tumor heterogeneity and the microenvironment in advanced non-small cell lung cancer》（IF=14.92）中使用scRNA-seq数据来推断癌细胞群中的拷贝数改变 (CNA)。通过CNV图谱推断患者间和患者内的异质性。 拷贝数...

问题 用R包TCGAbiolinks下载TCGA的miRNA数据报错

...从GDC官网下载gdc-client工具压缩包，接着就报错了： Error in unzip(basename(bin)) : zip名字参数不对 然后我把method换成api，也报错了： Error in GDCdownload.aux(server, manifest.aux, name.aux, path) :    There was an error in the download process (we might had...

文章 基于perl 提取基因家族内的串联重复基因对

...less(-d $od){    mkdir $od;}####get target gene id my $gene;my @info;my %hashG;open (IN,"$opts{id}") || die "open $opts{id} failed\n";while(<IN>){    chomp;    @info=split(/\s+/,$_);    $gene=$info[0];    $hashG{$gene}=$gene;}close(IN);#######select tandem my...

问题 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

...erl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/Utilities.pm line 297. => Machine information: print() on closed filehandle $log at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/Utilities.pm line 297.         This script is being run by perl v5.22.1 print() on closed filehandle $log...

文章 pfam数据库介绍及使用

...ed, yet are either shown or predicted to contain bias sequence composition and/or are intrinsically disordered (non-globular). 2. clan 对多个family进行相似性分析，将具有相似的三维结构或者相同motif的family归为一个clan, 可以看做是superfamily的概念，每个clan...

文章 vcftools去除或保留vcf文件中的样品

vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品，用到的选项为 --indv 和 --remove-indv  ，指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。 具体用法如下： 下图为原始vcf文件。 只保留1和10号两个样品，执...