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问题 WGCNA分析中，导入txt的性状数据时（数据为12行样本，10列性状数据），报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 didot have 12 elements。但是数据如果是12行样本，8列性状，不会报错

...xt",row.names=1,header=T,comment.char = "",check.names=F)但是报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :    line 1 did not have 12 elements。但是数据如果是12行样本，8列性状，就不会报错。谢谢

问题 在运行这段代码时出现Invalid value for '--m-metadata-file': Metadata column is of type 'numeric', but expected Categorical.

...自metadata文件  #--p-mode <up to you, there's sum, median-ceiling, and mean-ceiling>   qiime feature-table group \      --i-table feature-table-final.qza \      --p-axis sample \      --m-metadata-file $metadata \      --m-metadata-column $g \      --p-mode sum  \ ...

文章 IF=4.8 | 联合转录组与代谢组分析揭示了硒对百合生长和品质的影响

...tiers in plant science杂志发表了一篇题为“Combined transcriptome and metabolome analyses reveal the effects of selenium on the growth and quality of Lilium lancifolium”的转录组代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 卷丹百合（学名：Lilium lancifolium Thunb...

文章 正选择分析之 Site Models

...作用的检测，而是用于位点间ω值是否一致的检测。 M1 and M2 以及M7 and M8是用于正选择作用的检测，作者推荐使用这两组比较进行LRT检验来验证正选择。不过Prof.Yang认为，The M1-M2 comparison 与 the M7- M8 comparison相比，更加的稳定。M7...

问题 请问QQ图绘制时报错，文件明明在，却找不到文件怎么回事啊？

> library(qqman) > results_log = read.table("logistic_results.assoc.logistic", head=TRUE) Error in file(file, "rt") : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(file, "rt") :   cannot open file 'logistic_results.assoc.logistic': No such file or directory

问题 检查数据是否正确

...=1,header=T,comment.char = "",check.names=F) > allowWGCNAThreads() Allowing multi-threading with up to 8 threads. > ALLOW_WGCNA_THREADS=4 > memory.limit(size = 20000) [1] 32457 Warning message: In memory.limit(size = 20000) : cannot decrease memory limit: ignored > # 查看部分样本...

问题 vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-IN.............els |gzip - > clean.vcf.gz这一步输出的vcf.gz文件，用 bcftools query -l clean.vcf.gz | wc -l查看样本名出现报错

Failed to read from clean.vcf.gz: unknown file type 0 这是为什么呢

文章 最新基因家族分析文献详解-冬枣扩展蛋白基因家族分析-11月8日接收

...：2区）上的题为： Genome‑wide identifcation, characterization, and expression analysis of the expansin gene family in Chinese jujube (Ziziphus jujuba Mill.) 的冬枣中扩展蛋白家族（expansin gene family）分析文章，一起来看一看，基因家族需要做哪些分析就能...

问题 perl求助，基因ID的对应替换perl脚本怎么写

...的Bna基因ID对应替换上去，perl脚本该怎么写。。 #!/usr/bin/perl ;#usage：perl repalce.pl list.file fa.file out.fileopen LIST,$ARGV[0];open FAFILE,$ARGV[1];open OUT,">$ARGV[2]";undef $/;#$in=<FAFILE>;#study $in;$/="\n";#while(<LIST>){    chomp;    my($new,$old)=...

问题 perl求助，基因ID的对应替换perl脚本怎么写

...的Bna基因ID对应替换上去，perl脚本该怎么写。。 #!/usr/bin/perl ;#usage：perl repalce.pl list.file fa.file out.fileopen LIST,$ARGV[0];open FAFILE,$ARGV[1];open OUT,">$ARGV[2]";undef $/;#$in=<FAFILE>;#study $in;$/="\n";#while(<LIST>){    chomp;    my($new,$old)=...

文章 转录组测序分析数据库介绍

...16个主要的数据库，并用不同的颜色进行区分。 Genetic Information Processing （遗传信息处理）Metabolism （新陈代谢） Environmental Information Processing （环境信息处理） Cellular Processes （细胞过程） Organismal Systems （生物系统） ...

文章 BWA比对及Samtools提取mapped reads

...： 1：Only READ1 is set. 2：Only READ2 is set. O：Either both READ1 and READ2 are set；or neither is set. 对于PE测序reads，同时指定-1 R1.fq-2 R2.fq-s singleton.fq 时，samtools会将flag1和flag2配对的序列分别输出到-1-2指定的文件，对于无法匹配的flag 1/2，...

文章 biolinux安装matplotlib时报错

biolinux的Ubuntu系统上安装matplotlib时报错： sudo pip install matplotlib 遇到报错： Downloading tornado-5.0.2.tar.gz (506kB): 506kB downloaded   Running setup.py (path:/tmp/pip_build_root/tornado/setup.py) egg_info for package tornado     Traceback (most recent call last): ...

文章 计算Kaks时批量提取多对基因的序列

...gt;" unless ( @ARGV == 3 );use Math::BigFloat;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO->new(        -file   => "$ARGV[1]",        -format => 'Fasta');my %gene;while ( my $seq = $in->next_seq() ) {        my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->se...

文章 ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

...绘制共线性绘图时报错如下： 运行命令如下： /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype  --format=pdf  --figsize=15x5 mcscan_seqid mcscan_layout 报错信息如下： markers', 'networkx.algorithms.community.__future__', 'networkx.generators.atlas', 'n...