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文章 如何正确选择差异统计检验

...检验方法给大家总结一下; 微生物多样性测序中的差异分析所针对的“目标”有很多,无论从OTU、alpha多样性指数(如香浓指数)、样本间距离差异(如unifrac)、各水平物种分类(如门纲目科属种)都可以做组间差异分析,从...

文章 R语言基础入门—函数

...: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结...

文章 exprs.MA函数提取MAList芯片红绿强度(表达量)

limma包进行双通道芯片分析过程,基于原始数据可以通过校正标准化获得对象MAList,其中存放了M值和A值,可以利用exprs.MA将MAList转换成红绿荧光强度值(已经对数转化log2),每个芯片都将有两列数据,一列对应R(红)一列对应G(...

文章 2019年国自然结果即将公布,近5年各项数据解读

...医学热门研究领域中肿瘤领域的立项数遥遥领先。 通过分析这些数据,想必大家对于今年国自然基金立项的形势有了一定的了解。 竞争激烈是可避免的, 可能就在明天了!! 希望大家今晚能睡个好觉。。。 最后,预祝...

文章 微生物多样性扩增子(16S/18S/ITS)课程更新v2.0

....test,ANNOVA等方法,总有一款适合你的数据扩增子分析镜像版本升级,使用一个镜像完成所有分析:omicsclass/ampliseq:v2.0qiime2 更新到最新版本(2023.7)其他软件更新到最新版本(faprotax,Lefse,PICRUSt2等)绘图脚本美化更新升级等 镜像...

文章 植物转录因子基因家族分类及对应的pfam号

...  或者:http://planttfdb.gao-lab.org/ 更多可观看《基因家族分析实操课程》学习1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读2. 转录组数据...

文章 Illumina microarray未标准化数据分布

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问题 基因组数据的下

在Ensembl和phytozome(JGI)上都找到要下的物种的基因组数据怎么办,在NCBI上下数据(gff、gene、protein、CDS)的话是是就适用于课程的分析脚本和方法了呀

文章 堆叠柱状图-ggplot2

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...

文章 教你画多物种基因家族局部共线性分析

...g ortholog Sc1 xiaomai1D  --cscore=0.7 --no_strip_names 2. 提取匹配的最佳区域,生成.block文件 我们提取其他物种与黑麦区块匹配的最佳区域,主要用于分析基因组复制产生的区域。生成的文件以Sc1.Damai1.blocks为例,第一列为黑麦,...

文章 批量修改ID——进化树+基因结构+motif

...即可完成批量修改过程。 推荐课程: 基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实...

文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-4.8分SCI思路解析

...型验证。免疫侵润分析方法:ESTIMATE (R包)和 CIBERSORT (在线工具),ssGSEA(GSVA)。 预后signature查找: 免疫评分聚类区分免疫亚型 根据ssGSEA 评估的样本同免疫细胞的得分利用层次聚类法进行聚类可以将样本分为免疫侵润高...

文章 人工智能(AI)在微生物组中的应用-随机森林分类与回归预测

...I 应用于另一个热门领域——微生物组研究。那么利用 AI 分析微生物组数据都做出了什么新结果呢? 1.微生物组或可预测人的实际年龄(南昌大学徐振江) mSystems——[IF:6.519]   Human Skin, Oral, and Gut Microbiomes Predict Chronological Age...

文章 HKT 基因家族分析-家族成员只有个位数10个以内该如何发文

...通常一个物种中HTK家族成员为个位数,非常的少,如果只分析一个物种中HKT家族基因的话,很多图标由于基因数量太少无法绘制,或者绘制之后很难看,这时候,我们可以在多个物种中同时分析鉴定HKT基因家族成员,从而使我的...

文章 Vennerable包venn返回结果绘图

...程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学...