文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-头颈癌（HNSCC）(GSE181919)

... -p HNSCC_GSE181919 --resolution 0.5 -d 30 -o 02.cluster --sctransform --integrate.method harmony --batch sample.id \ --vars.to.regress nUMI percent_mito --high.variable.genes 2000 --cpu 10 结果展示： 单细胞转录组分析课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/4i88K6

文章 maftools|突变数据可视化-瀑布图绘制及脚本使用

...t -p project, --project project input project ID of TCGA, for example TCGA-STAD,more project ID:https://www.omicsclass.com/article/1061 [required] -P pipelines, --pipelines pipelines Four separate var...

问题 R包ridge 安装报错

** building package indices ** testing if installed package can be loaded from temporary location Error: package or namespace load failed for ‘ridge’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):  unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/lib64/R/library/00LOCK-ridge/00new/ri...

问题 TCGAbiolinks GDCprepare使用问题 提示找不到文件？

...报错： Error in GDCprepare(query) : I couldn't find all the files from the query. Please check if the directory parameter is right or ‘GDCdownload’downloaded the samples. 我尝试了改路径，下载到我指定的文件夹（因为GDCprepare是默认的GDCdata文件夹）但每次都...

问题 基因家族表达量热图的时候没有找到合适的FPKM文件

...blast本地建库来匹配A种草莓与B种草莓的基因吗？也就是X基因在A草莓有一个ID，B草莓有一个ID，利用序列的相似性对应起来ID，再把鉴定到的A草莓的HSP70家族的ID与B种草莓ID对应起来，再做表达量热图这样可以吗？？我不知道这种...

文章 WGCNA剔除异常样本

..."red","black") # 删除异常样本 remove.samples= Z.k<thresholdZ.k | is.na(Z.k) datExpr=datExpr[!remove.samples,] datTraits=datTraits[!remove.samples,] 如果您对WGCNA数据挖掘感兴趣，请学习我们的WGCNA相关课程： 《WGCNA加权基因共表达网络分析》

文章 解决umount: /home: device is busy

umount -l /home 强行解除挂载

文章 批量邮件推送python代码模板，可支持html邮件格式

...代码完成： #!/usr/bin/python# -*- coding: UTF-8 -*- import smtplibfrom email.mime.text import MIMETextfrom email.header import Headerfrom email.mime.multipart import MIMEMultipartfrom email.mime.image import MIMEImage# 第三方 SMTP 服务mail_host="smtp.exmail.qq.com"  #设置服务器mail...

问题 win10家庭版安装docker desktop,运行时报错

我在win10家庭版安装了docker desktop，在cmd或powershell中输入命令，出现以下报错，想请教解决办法 error during connect: Get http://%2F%2F.%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.40/version: open //./pipe/docker_engine: The system cannot find the file specified. In the default daemon ...

文章 SAW 空间转录组参考基因组制作

....114.chr.gtf.gz#保留染色体部分序列seqkit grep -r -p "^[0-9]+" -p "X" -p "Y" -p "MT" Mus_musculus.GRCm39.dna.toplevel.fa.gz >Mus_musculus.GRCm39.dna.toplevel.fasaw makeRef \    --mode=STAR \    --fasta=Mus_musculus.GRCm39.dna.toplevel.fa \    --gtf=Mus_musculus.GRCm39.114.chr.gtf \...

文章 空间转录组细胞共定位分析结果解读 MISTy分析

...：聚焦于单个spot内部的分子表达，即spot自身的特征。 Juxtaview ：关注邻近spot对目标spot的影响，即局部微环境中的spot间相互作用。 Paraview ：考虑更广泛的空间组织结构，例如整个组织中距离较远但仍然可能影响目标细胞的区...

问题 视频中的百度网盘安装的Eclipse，没有视频中的Open Projects from Files

用户 Virtue is no more than a luxury.

文章 轻松下载k8s.gcr.io，gcr.io，quay.io镜像

一.系统环境CentOS Linux release 7.4.1708 (Core)Docker version 20.10.12x86_64二.前言在云计算和云原生的环境下，不可避免的会使用很多镜像创建容器，其中有些镜像只有谷歌镜像仓库才有，但是国内不可以直接下载谷歌仓库的镜像，下面推...

问题 单倍型分析中最后一步失败，麻烦老师

...group.txt -c Chr6 -s 281569 -e 533955 WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https://study.omicsclass.com/index Error in library(geneHapR) ...