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问题 R脚本画相关性散点图时报错

...gplot2","RColorBrewer","ggpubr") #判断R包加载是否成功如果加载不成功自动安装 for(p in package_list){   if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p,character.only = TRUE,quietly = TRUE,warn.conflicts = FALSE)))){     install.packages(p,warn.conflicts = FALSE)     supp...

文章 SNP2CAPS使用

...NP两端各150bp的序列；link_gcg限制性内切酶数据库；之后为分析用到的限制性内切酶列表 ；chr5D:9950377.txt为输出文件 chr5D:9950377.fa_1示例： >chr5D:9950377_Ref ACAACTTTATCTCGTATTTCATAGCAGTAGCCAACCAATCTTATGATATTTTGATGTTGGGCCCTCATAAGATTCAGAAGCTCATTCTTAAAACCA...

文章 Scrum与OKR融合实践经验分享

...一款软件到推出之日为止，需要完成的所有开发工作，而不足之处就是如果在软件开发过程中出现了变动，包括时间线或各阶段连接时出现问题，甚至在很多时候连预算都需要完全重做，实际上这就破坏了计划。 Scrum关注的是...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：

...ly/97/silva_132_97_16S.fna" --uc "/work/tmp/UclustConsensusTaxonAssigner_jC5NV4.uc" > "/work/tmp/tmpsnWnyn7pct7xAzj5h5pm.txt" 2> "/work/tmp/tmpHGfUbEEXt29bAiXMuOoV.txt" Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/assign_taxonomy.py", line 417, in <module...

文章 产品经理，项目经理和技术经理是如何一起协作管理的？

...是区分他们的专业边界很重要。角色定义让我们开始深入分析这些职业的概念。想请大家注意一个小细节，尽管我们把这三个管理者角色合并在一篇文章里，但它们几个角色的性质是完全不同的。产品经理这位专家角色对产品生...

文章 鸡胚胎性腺发育过程细胞组成及marker基因

...复杂过程。虽然鸡作为鸟类，其性别决定机制与哺乳动物不同，但其性腺分化的核心下游基因和细胞组成在脊椎动物中是高度保守的。鸡的性腺性别（睾丸或卵巢）主要由体细胞（somatic cells） 的命运决定，而非生殖细胞（germ ce...

文章 人胚胎性腺发育单细胞转录组，胚胎期

...子发生特征基因的方差尺度对数转化表达。d、用 scRNA-seq 分析的人类生殖细胞状态（颜色）的相对比例，按性别和发育阶段分类。e， t-SNE（t-分布随机邻近嵌入）对人类生殖细胞 scRNA-seq 数据的投影，这些数据通过 Palantir 伪时间...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：Segmentation fault

...ly/97/silva_132_97_16S.fna" --uc "/work/tmp/UclustConsensusTaxonAssigner_jC5NV4.uc" > "/work/tmp/tmpsnWnyn7pct7xAzj5h5pm.txt" 2> "/work/tmp/tmpHGfUbEEXt29bAiXMuOoV.txt" Traceback (most recent call last):   File "/biosoft/miniconda/envs/qiime1/bin/assign_taxonomy.py", line 417, in <module...

文章 qiime2 18S 分类器构建

....qza \ --o-classifier 18S_full_SILVA132_classifier.qza 微生物多样性分析，扩增子视频课程：https://study.omicsclass.com/index 

文章 MCscan报错——kpsewhich命令缺失

最近在linux系统下安装jcvi用来做共线性分析，安装时都很顺利，但是运行时总会报错。 MCscan报错信息：    File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 357, in dotplot_main    title=opts.title, std...

文章 【前沿研究】肺癌转移机制的新靶点-- lncRNA AC026904.1

...胞A549细胞（由源井生物提供）3天。基于lncRNA进行RNA测序分析，发现lncRNA AC026904.1在TGF-β处理过的细胞中增加。然后，研究者研究了AC026904.1是否受TGF-β/Smad信号的调控。结果表明，TGF-β受体激酶的特异性抑制剂的预处理对TGFβ诱...

文章 去除fasta或fastq文件中ID重复的序列

fastq和fasta 文件中序列ID都是唯一的，如果出现不唯一的情况，就需要给他去重复。这有一脚本可 实现此功能。 脚本帮助： UsageForced parameter:-fa        fasta file           <infile>-fq fastq file   <infile>-fq1 fas...

文章 已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？

...中，禾本科多物种间SSP基因座——Sec1和Sec4的局部共线性分析绘图进行一下实操。 绘图准备 使用jcvi进行局部区域(感兴趣基因)共线性绘图需要准备三个文件： 1.各物种的基因组序列文件(即cds序列，fasta格式) 2.记录各物种基...

问题 抱歉打扰，我在做circos时遇到了下面问题，看到了您也遇到相似问题，想知道您是如何解决的，期待您的回复。

...a debuggroup summary 0.43s welcome to circos v0.69-6 31 July 2017 on Perl 5.018002 debuggroup summary 0.43s current working directory /home/manager/share/laccasegenefamily/laccasecircos debuggroup summary 0.43s command /biosoft/circos/circos-0.69-6/bin/circos -conf /home/manager/share/laccasefami...

文章 blast XML结果解析，获得更多blast比对信息 perl

blast format：  5 = BLAST XML,  格式 相比于  6 格式 包含更多的信息内容，包括比对的序列信息，长度信息等等；接下来我们可以用bioperl包来解析，获取自己想要的信息； #!/usr/bin/perluse strict;use Bio::SearchIO;use Data::Dumper;my $fi  ...