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问题 两组数据每组2个样品，对比差异基因，应该用什么方法？

老师您好，请问，两组数据每组2个样品，对比差异基因，应该用什么方法？我看说的limma包至少每组要3个样品，不知道2个应该怎么对比

问题 请问如何计算总体的pi值？

...vated脚本输出的pi值好像是按照染色体上窗口位点的PI值，怎么才能得到一个群体的PI值呢？

问题 pi_smooth_line_plot.r作图问题

您好，课程中讲解的是将示例数据中的wild和cultivated两个文件分开作图的，请问可以将两个文件作到一张图么？

文章 外源插入流程报错运行不了

使用aimhii跑外源插入时报以下错误： #python aimhii -r bwa.fa --maxgap  5000 --outfile results.csv --fqtype illumina --threads 10  -t aimhii_output --plot readplot  Zea_mays.dna.toplevel.fa   adapter.fa  506DNA_1.clean.fq.gz  506DNA_2.clean.fq.gz/share/work/biosoft/pyth...

问题 关于基因上游顺势作用原件的分析及绘图操作步骤

...都有 且基因位置信息没有错误 所以我想请教一下到底是怎么回事呢？

问题 安装Linux系统过程中出现了不明白的错误 不能打开一个新任务

不太明白这个指令的意思，请问怎么处理？谢谢

文章 docker 镜像 中plink 出现报错 segmentation fault

解决办法：1.加大docker的内存：https://www.omicsclass.com/article/1413  2.可能由于编译plink软件的系统和运行软件的系统不同，也就是内核不同可能导致segmentation fault，  这种原因是系统原因的问题只能换个电脑试试；

文章 TCGA临床数据各列含义

TCGA 临床数据各列解释：  Property name Description kind The resource type. aliquots[] List of barcodes of aliquots taken from this participant. clinical_data The clinical data about the participant. ParticipantBarcode Participant barcode. Project Project name, .eg. “TCG...

问题 利用非负矩阵对癌症分子进行分子分型

老师您好，我利用TCGA下载了某一癌症的read counts和clinical信息，首先分析出差异基因，然后想利用差异基因进行分子分型，非负矩阵的方法，遇到了困难，主要是对欸夫矩阵不理解，老师您能给讲解一下非负矩阵的用法吗

文章 gnomAD人类变异数据库

gnomAD 是一个学术联盟组织，这个组织收集和整理了各种大规模的外显子和全基因组测序数据，并面向全世界免费开放。在它的第一个版本中，只包含了外显子测序的数据，称为Exome Aggregation Consortium(ExAc)。 官方网址如下： http:/...

问题 GSDS网站本地部署使用一次后，再提交就显示空白页

我已经通过贵公司提供的方法用Docker部署了本地的GSDS网站，能正常打开，但是使用一次后，再Submit就显示空白页，之后就没反应了。这样该怎么处理

问题 hisat2建立index时的问题

使用hisat2的两个脚本hisat2_extract_splice_sites.py和hisat2_extract_exons.py 提取gtf文件中的可变剪切与外显子时显示为空，我的gtf文件是gff文件转换的，请问是什么原因？是不是gtf文件的问题

问题 circos作图时用到的links.txt要如何得到？

已经使用MCScanX做了共线性分析得到了collinearity和tandem文件，但我用命令的水平太菜调不出links.txt格式，请问有没有可以用的脚本或者工具之类的？

问题 WGCNA分析中，导入txt的性状数据时（数据为12行样本，10列性状数据），报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 1 didot have 12 elements。但是数据如果是12行样本，8列性状，不会报错

各位老师，WGCNA分析中，导入txt的性状数据时（数据为12行样本，10列性状数据），代码为traitData = read.table("liunatrait1.txt",row.names=1,header=T,comment.char = "",check.names=F)但是报错Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec...

问题 有关TBTOOLS做出三连图后显示不统一的问题

老师： 您好！我用TBtools做了一个三连图，但是转录本方面有点显示EXON，有的显示CDS，不统一。尝试把GTF文件中的所有"EXON"替换为"CDS"或"CDS"替换为"EXON"后，却又不显示UTR部分，不知道为什么。。。 请问怎么解决？！谢谢！