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问题 有参转录组分析第五步5.deg Error in newCountDataSet报错

...  [ reached getOption("max.print") -- omitted 4 rows ] [1] "create DEG_list object is over" [1] "the number of origin gene is 27781" [1] "the number of gene (after filtering) is 17256" Error in newCountDataSet(countData = de$filterCounts, conditions = condition) :   could not find function "...

问题 提取基因在染色体位置时发现gff3文件中的染色体编号不好理解。疑惑。

...染色体编号不一样，1-9就是阿拉伯数字，10-33的反而是bd_数字1×数字2。我不懂数字1和数字2各自代表什么意思？猜测数字1代表染色体编号。是这样的吗？但是数字2又不知何意了。 另外，提取基因结构以及在染色体位置时，...

文章 Java安装与配置

...版本进行下载。 然后双击下载完的 exe 文件，如 "jdk-9.0.1_windows-x64_bin.exe"， 进入安装向导。如无特殊情况，一路点击“下一步”即可，默认会装在C盘，如果不想安装在C盘，也可以安装到其它地址，但务必记住安装路径，例如 C...

问题 在R中进行差异表达分析，运行GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')代码时，数据下载失败，并显示如下错误

... :    无法打开URL'https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.5.0_Windows_x64_0.zip' 此外: Warning message: In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素，还请各位大神帮帮忙，我要愁死了

问题 GATK做去重的时候卡住

...样本分配 -Xmx16g Java堆内存) 临时目录为tmp/，输出目录04_VariantCalling/markup/ 观察到的现象: 1.作业运行约11分钟后停止更新日志。 2.查看样本F的日志(Logs/markdup_F.log)，最后一条记录为Read20,000,000 records,时间16:20:11,之后无任何输出。...

问题 在基因家族分析的时候对GFF文件中mRNA与gene ID对应关系的脚本进行运行时出现如下无效的问题，请问怎么解决

运行命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl data/Brapa_genome_v3.0_genes.gff3 BrapamRNA2geneID.txt perl script/geneid2mRNAid.pl data/Brapa_genome_v3.0_genes.gff3 Brapageneid2mRNAid.txt； 该两条脚本在对其它基因组进行运行时没有问题 但是在运行该GFF文件时出现了如下...

问题 下载甲基化数据时找不到样本类型，

> # 设置工作目录（输出目录）> setwd(work_dir)> DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",tcga_project))> FileNameData <- paste0(DataDirectory, "_","methylation",".rda")> ############################################################> # 1. 下载TCGA甲...

问题 在docker中用cleandata与宿主序列比对得到sam文件这一步出现错误，

...tail -n+2 $datafile/metadata.txt|cut -f1`;do bowtie2 --threads 6 \ -x $host_index/Canis_lupus/wolf \ -1 $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \ -2 $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \ -S $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}.bowtie.sam \ --very-sensitive-local \ 2>$...

文章 下载TCGA临床信息

...################################################ # 设置程序参数 work_dir <- "/Users/zhangqiuxue/Documents/Train/TCGA/lab/Download_Data/Clinical" # 设置需要下载癌症对应的project 和数据类型 project <- "TCGA-STAD" data_category <- "Clinical" data_type <- "Clinical S...

问题 有关WGCNA去除离群样本

老师们 请问这个图里cont_1这个样本是否要去掉 但是我用cutreeStatic  cutHeight设为50 无法去掉这个样本

文章 perl或者python代码：批量修改进化树中基因ID或者物种ID名字 nwk文件

...tree="(chicken,((mouse,rat),(chimp,human)));" names=re.findall(r"[a-zA-Z0-9_]+",tree) f=open("newtree.nwk","w") for i in names: if not re.match(r'\d+$',i): tree=tree.replace(i,i+"#1") f.write(tree+"\n") f.close() perl实现替换： $tree="(chicken,((mouse,rat),(chimp,huma...

文章 pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3

...能够基于barcode序列区分不同的样品， lima ccs.bam barcoded_primers.fasta  demux.ccs.bam --isoseq --no-pbi 3 聚类(cluster)聚类采用IsoSeq3 软件来完成，这一步会首先将ployA尾巴去除掉，并将连环结构去除掉，再对相似的序列进行聚类，最好形...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 进行转录本的合并

...转录本合并成一套unigene, 这个可以采用Cupcake 中的“chain_samples.py” 这个脚本来分析。该脚本的运行命令如下： usage: chain_samples.py [-h] [--fuzzy_junction FUZZY_JUNCTION] [--allow_5merge] config_file ...

文章 clusterProfiler做非模式物种的功能注释

..., ： require(AnnotationHub) hub <- AnnotationHub() query(hub, "Oryza_sativa") AnnotationHub with 2 records # snapshotDate(): 2017-10-27 # $dataprovider: Inparanoid8, ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/ # $species: Oryza sativa, Oryza sativa_Japonica_Group # $rdataclass: Inparanoid8Db, OrgDb...

文章 多基因组基因水平共线性分析

...grape Chr1 0.3, 0.4, 0, center, bottom, , .5, peach scaffold_1 0.7, 0.4, 0, center, bottom, , .5, cacao scaffold_2 # edges e, 0, 1 e, 0, 2 运行画图： $ cat grape.bed peach.bed cacao.bed > grape_peach_cacao.bed $ python -m jcvi.graphics.synteny blocks2 grape_...