文章 提取合并基因家族的domain序列

...析中，使用hmmsearch搜索到结构域后，如果基因有多个domain，并且需要将所有domain提取连接在一起，可以使用下面的脚本完成。 使用方法： 命令如下： perl   domain_hebing.fa.pl   hmmsearch.out.txt   Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.pep.all.fa   d...

文章 2维韦恩图各部分基因上下调数量统计

...使用下面的代码了。 用法如下： perl venn_up_or_down.pl  -in All_DEG_venn.xls  -id1 left_DEG.final.xls  -id2 right_DEG.final.xls  -k trans_full_table.xls -od out 该脚本的输入文件都为转录组分析结果文件，All_DEG_venn.xls是画韦恩图时生成的，*_DEG.final...

文章 flowCore R包安装报错

...from RcppExports.cpp:4: /share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/BH/include/boost/get_pointer.hpp:48:40: warning: ‘template<class> class std::auto_ptr’ is deprecated [-Wdeprecated-declarations]  template<class T> T * get_pointer(std::auto_ptr<T> const& p)      ...

文章 SRA Toolkit 工具首次使用提示“This sra toolkit installation has not been configured”

SRA Toolkit 是一套由 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 开发的软件工具，用于从 SRA (Sequence Read Archive) 数据库下载和处理生物序列数据。 在首次使用该工具包中的fasterq-dump将srr转换成fastq格式的文件时，出现了如下提示信息...

文章 文本去重并统计重复次数

... 用于演示的测试文件test.txt 内容如下：Hello World. Apple and Nokia. Hello World. I wanna buy an Apple device. The Iphone of Apple company. Hello World. The Iphone of Apple company. My name is Friendfish. Hello World. Apple and Nokia. 命令如下：$ sort test.txt | uniq -...

问题 在做GWAS关联分析，利用gapit软件报错

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection Calls: source -> file In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open file '/biosoft/GAPIT3.0/gapit_functions.txt': No such file or directory Execution halted

问题 hmm文件搜索问题

...麦基因家族分析时筛选得到的Terpene_synth_C_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt这个文件的基因是141个，运行下面的命令，得到的Terpene_synth_C_domain_new_out_removed_redundant.txt这个文件怎么是147个？谢谢老师 ！ manager@bl8vbox[gene_family_my]  pe...

问题 变异结果统计与绘图时，最后一步出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 17 did not have 34 elements的问题，查看文件发现并没有缺失的部分，怎么解决

...00000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density"这条代码后出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 17 did not have 34 elements的问题， 查看了第17行，34个元素都在，并没有缺失

问题 R gsl 报错

...~~ make: *** [/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/etc/Makeconf:169: ellint.o] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘gsl’ * removing ‘/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/gsl’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpSMiwnl/downloaded_packages’ Updatin...

文章 ssGSEA.r 单样本基因集富集分析

...optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i expset, --expset expset                        input gene expression set matrix from RNA-seq data csv                        format [required]  -g geneset, --geneset geneset          ...

问题 GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')下载TCGA数据时出现In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素 错误，数据下载不下来

文章 外源插入位置查找好方法

...o probe cell wall regulation in Cryptococcus neoformans. Fungal genetics and biology : FG & B. 2015;82:9-21. doi:10.1016/j.fgb.2015.06.003.

问题 采用RSeQC 对bam 文件进行质控分析时，用inner_distance.py报错。

...实验质量评估，采用RSeQC 对bam 文件进行质控分析时，用inner_distance.py报错。 报错信息： manager@bl8vbox[QC] inner_distance.py -i /home/manager/rnaseq/work/3.alignments/hisat2/UHR.bam    -r stringtie_merged.bed  -o UHR_inner_size Traceback (most recent call last): ...

文章 使用R语言安装包编译时gcc标准报错——“error: for loop initial declarations are only allowed in C99 mode”

使用BiocManager安装Biostrings包的时候报错了： BiocManager::install("Biostrings",force=TRUE) 报错信息提示是gcc标准的问题，应该使用C99标准，可以使用withr包指定使用标准： with_makevars(c(PKG_CFLAGS = "-std=c99"), + BiocManager::install("Biostrings",force=T...

文章 MYSQL数据库常用语句命令

...    # 返回集合中最小的值1SELECT mod(5,3);    # 余数2SELECT rand();    # 返回０到１内的随机值，每次不一样SELECT rand(5);   # 提供一个参数(种子)使RAND()随机数生成器生成一个指定的值。SELECT round(1415.1415);   # 四舍五入1415SELECT round(1...