问题 您好，我在用您的R语言Cibersort文件获取+代码这个代码运行时，出现以下情况，您知道怎么解决吗，非常感谢 Error in predict.svm(ret, xhold, decision.values = TRUE) : Model is empty!

万分希望您能回答以下

文章 提取进化树中基因的顺序

...里我写了一个脚本，如下： 用法： perl nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。 脚本代码； use Getopt::Long;use strict;my %opts;GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");open(IN,"$opts{i}") || die "open $opts{i} faile...

问题 MENA网站上传数据提示错误

...help, please send mail to this site's webmaster, giving this error message and the time and date of the error. 我用网站提供的示例数据也试了，也换了360浏览器，结果还是一直提示这个错误。请问老师这是为什么呀

问题 Linux服务器上，运行提取结构域的脚本的时候，出现未安装Bio/SeqIO.pm in @INC的错误，请问如何安装，或者能够在服务器上运行的脚本

perl script/domain_xulie.pl data/NB-ARC_AT_hmm_outa.txt data/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa data/NB-ARC_AT_domain.fa 1.2e-28 并且尝试了perl-bioperl 的安装，但是安装成功后并没有Bio：：SeqID 模块，求解决

问题 基因 定位到染色体时，获取染色体的位置信息报错[fai_build_core] different line length in sequence 'Chr2'. zsh: segmentation fault samtools faidx all.fa

文章 SRA Toolkit 工具首次使用提示“This sra toolkit installation has not been configured”

SRA Toolkit 是一套由 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 开发的软件工具，用于从 SRA (Sequence Read Archive) 数据库下载和处理生物序列数据。 在首次使用该工具包中的fasterq-dump将srr转换成fastq格式的文件时，出现了如下提示信息...

文章 BSA分析中MutMap 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

...x<-runif(1) if (x<=0.5){count<-1}else{count<-0} }else{for(i in 1:2){x<-runif(1) if (x<=0.5){number<-0.5}else{number<-0} if(number == 0.5){count<- count+0.5}}}return(count)}#######################################################################caluclate of genotype rati...

文章 MEGA构建进化树遇到报错信息

...候会遇见，报错信息：  Oops!MEGA has encountered an error and cannot continue with this analysis:Some pairwise distances could not be estimated.For example,between sequences 23 and 11.  这是因为你的序列差异太大，无法构建进化树，应当将序列...

文章 提取合并基因家族的domain序列

...析中，使用hmmsearch搜索到结构域后，如果基因有多个domain，并且需要将所有domain提取连接在一起，可以使用下面的脚本完成。 使用方法： 命令如下： perl   domain_hebing.fa.pl   hmmsearch.out.txt   Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.pep.all.fa   d...

文章 2维韦恩图各部分基因上下调数量统计

...使用下面的代码了。 用法如下： perl venn_up_or_down.pl  -in All_DEG_venn.xls  -id1 left_DEG.final.xls  -id2 right_DEG.final.xls  -k trans_full_table.xls -od out 该脚本的输入文件都为转录组分析结果文件，All_DEG_venn.xls是画韦恩图时生成的，*_DEG.final...

文章 flowCore R包安装报错

...from RcppExports.cpp:4: /share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/BH/include/boost/get_pointer.hpp:48:40: warning: ‘template<class> class std::auto_ptr’ is deprecated [-Wdeprecated-declarations]  template<class T> T * get_pointer(std::auto_ptr<T> const& p)      ...

文章 IF=4.8|对4种天南星科植物基因组进行WRKY基因家族分析，并分析其在魔芋中的表达

...Genome-wide characterization of WRKY family genes in four araceae species and their expression analysis in Amorphophallus konjac”的WRKY基因家族分析文章” 文章利用生物信息学方法，对魔芋（Amorphophallus konjac）、白魔芋（Amorphophallus albus）、马蹄莲（Zanted...

文章 文本去重并统计重复次数

... 用于演示的测试文件test.txt 内容如下：Hello World. Apple and Nokia. Hello World. I wanna buy an Apple device. The Iphone of Apple company. Hello World. The Iphone of Apple company. My name is Friendfish. Hello World. Apple and Nokia. 命令如下：$ sort test.txt | uniq -...

问题 在做GWAS关联分析，利用gapit软件报错

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection Calls: source -> file In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open file '/biosoft/GAPIT3.0/gapit_functions.txt': No such file or directory Execution halted

问题 变异结果统计与绘图时，最后一步出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 17 did not have 34 elements的问题，查看文件发现并没有缺失的部分，怎么解决

...00000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density"这条代码后出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 17 did not have 34 elements的问题， 查看了第17行，34个元素都在，并没有缺失