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问题 Bio-Linux输入命令没反应

 老师您好，我在bio-linux系统里输入调取fa的命令没有任何反应，故意输错文件路径也不会报错。但是输入ll命令反应正常，这是怎么回事啊？

问题 比较基因组共线性分析

老师，我做拟南芥和苜蓿之间我的基因的协同性分析，拟南芥中有3个，苜蓿中有七个，协同性分析结果只有一条基因配上了， 水稻里面也是三个，一个都没配上，请问正常吗？

问题 做转录组kegg富集分析时老是报错

文件路径和上一步输出文件都没问题，无法正常输出结果。

问题 基因组间的共线性分析为什么要对共线性区域进行过滤？

...anchors.new直接作图不可以吗？因为基因家族的成员有的落在小于30的区域中，所以过滤后就不会在图中显示。 /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.synteny screen --minsize=0 --minspan=30 --simple ATH.rapa.anchors ATH.rapa.anchors.new 谢谢解...

问题 使用FUSION进行TWAS分析权重训练问题

再使用自己的数据进行权重训练的时候，当使用加入blup模型运行GEUV.compute_weights.sh脚本时报错，去除该模型可以正常运行时怎么回事？需要如何解决？

问题 list文件转化为data.frame文件

老师您好，想咨询您一下，我从别人那拷过来的mRNA 资料是list,，list中每一项是一个患者，怎么才能给提取出来整合成为一个dataframe啊？麻烦老师了

问题 具体用那些数据分析 是两两比较还是总的比较

你好 老师 我做了5个时期的种子的转录组，其中有两两比较，具体怎么分析，请老师知道一下

问题 linux系统重启后突然黑屏了！

本来运行都正常的，点了一下系统内的重启按键，突然就黑屏了，怎么调试都调不好（该开的选项都开了，包括虚拟机开关等，该关的也都关了，3D加速也未开），可能是什么原因？/无语

问题 物种间的共线性分析

老师我做完图之后下面的物种为啥有两条染色体特别短，基本上不显示，但是他们的长度和其他的没有很大差别，是因为他们两条和另一个物种的没有相似的基因，所以长度都默认变小了吗

问题 关于候选基因gene id的转换

老师您好! 做了选择清除分析后，得到了候选基因。 候选基因的gene id是这种格式：MA_10437256g0010。 这属于什么格式呢，我要怎么把这种格式转换成gene name、symbol（比如：ACOX1式）呢？

问题 R包安装

...dmin.html#Installing-packages    请问老师，出现这种情况应该怎么处理？

问题 RepeatModeler注释时显示FastaDB:报错

repeatmodeler显示FastaDB::compact - Error could not locate file/home/Repeat/RM_2358092.ThuMar281748232024/round-4/sampleDB-4.fa!请问老师这是什么原因导致的啊，要怎么解决这个问题。文件路径没问题，第四轮生成的sampleDB-4.fa是空的。

问题 两个基因组间的共线性

老师您好，请问两个植物基因组间没有共线性正常吗，我做的小立碗藓和卷柏之间的，生成二者collinearity文件时候没出来东西，只有表头。谢谢老师！

问题 基于转录组的基因家族分析

没有参考基因组的话，做基于转录组的基因家族分析的时候，步骤和有参考基因组的有什么区别呢，学习正常的基因家族分析可以吗，或者是否有单独的课程教学呢

问题 泛基因家族分析数据准备

老师您好，我运行了这个    cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data1/${ind}.fa ./ ln -s ../data1/${ind}.gff ./ done 结果如图所示，请问软连接成功了吗？我看和课程不一致，课程有文字是高亮的。