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文章 绘制Upset 图

... ENSRNA049471090 1 0 0 0 0 ENSRNA049471102 1 1 0 0 0 ENSRNA049471535 1 0 1 1 0 ENSRNA049473455 1 0 0 0 0 ENSRNA049475677 1 1 0 0 0 ENSRNA049476201 1 0 1 1 1 第一列为基因ID，后面每一列是不同的集合，集合中有此基因为1，没有便为0。 下...

问题 请问 报错Error in parse(text = x, keep.source = FALSE) : 该如何修正

在进行单因素COX分析时输入第一个变量就报错了，请问是什么原因呢？谢谢

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 数据合并

...ex  构建的index 文件（pbi后缀）非常的重要，因为后面的分析中，有些步骤虽然采用的是subreads.bam 文件，但是如果没有index 的pbi 文件，命令执行就会失败，而且没有提示(大坑）。

文章 生命大数据

... 金鑫   大数据总监   华大基因   5 Ge Zhang   Associate Professor   Cincinnati Children's Hospital Medical Center   6 Yuankun Zhu   Bioinformatics Engineer Supervisor   The Children's Ho...

问题 wgcna 生成文件的CytoscapeInput-nodes-是做什么的呢？

...apeInput-nodes-文件和CytoscapeInput-edges-文件，但后续的cytoscape分析似乎只用到了edge文件，那请问nodes文件时用来做什么的呢？谢谢~

问题 报错pi_manhattan_plot.r command not found…

每当到了绘图步骤的时候，就会报错，报错原因是：pi_manhattan_plot.rcommand not found…我做了不同的分析，发现只要调用.r结尾的软件，绘图之类的就会报错，尝试设置了scriptdir 和export PATH，仍旧报错

文章 用seqtk随机提取指定数目的序列

...果数据测多了，我们可以对fastq文件进行随机抽样来减小分析的数据量。 首先我们可以使用一条指令去计算总base数，看一下大概需要缩减的比例： zcat input.fastq.gz|paste - - - - | cut -f 4 | fold -w 1 | wc -l 由于reads的长度一般是固定的...

问题 R语言，KNN补值函数impute.knn函数

...数，与该函数中KNN的补值计算流程紧密相关，但是我却找不到这个内部函数的源代码，请问老师，这个内部函数knnimp函数的源代码是否可以找到？还是这个函数的代码是不公开的呢，所以才找不到呢？我对这部分的学习非常渴望...

问题 关于16S去噪的问题

老师们好！ 我在用Qiime2做16S V3-V4的分析，是直接拿到公司的测序数据，已拆分但未去接头。我去接头序列后用dada2做了去噪，原本10万 reads/sample在去嵌合体后一下子降到1万左右，前序步骤merged reads还有一半以上（如下图）。且...

文章 Proteus R软件包安装

Proteus是一个用于MaxQuant输出下游分析的R包。记录下安装方法如下： 1.安装BioConductor 和limma install.packages("BiocManager") BiocManager::install() BiocManager::install("limma") 2.安装devtools，安装带有示例数据的附加包 install.packages("devtools") devtool...

文章 linux常用技巧

1，备份家目录 #!/bin/bashBACKUP_DIR=/share/nas5/wanghj/dataTIMESTAMP=$(date +%Y%m%d%H%M%S)tar -zcvf $BACKUP_DIR/backup_$TIMESTAMP.tar.gz /home/wanghj 2，监控系统内存，i/o及存储等 #!/bin/bash# Set the threshold valuesDISK_THRESHOLD=90LOAD_THRESHOLD=20MEMORY_THRESHOLD=50IO_THRESHO...

问题 16S扩增子测序抽平问题。

...波动范围从2w到6w。在过滤后的OTU table基础上进行后续的分析（多样性，差异特征，和代谢物关联等分析），这时候可需要对OTU table进行抽平处理或者计算相对丰度（因为前期华大对tag已经进行了抽平）？如果对滤后的OTU table进...

文章 docker容器下mysql数据库还原与备份

...器中备份的shell脚本： 复制代码#!/bin/bash# zhengwei 2020-11-15#docker启动的mysql备份mysql_user="root"#数据库密码，注意自行修改mysql_password="JZTeya0!"mysql_host="192.168.1.43"mysql_port="3306"mysql_charset="utf8mb4"#备份文件存放的目录，自己创建位置mkdir...

文章 NCBI 10X 单细胞原始数据下载 解压注意：--include-technical

GSE189381 GSM5700357E13.5GSM5700358E14.5GSM5700359E16.5 GSM5700360P3.5GSM5700361P7.5 wget -nc https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-zq-38/SRR017/17015/SRR17015697/SRR17015697.lite.1wget -nc https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-zq-38/SRR017/17015/SR...

文章 linux下查看磁盘及文件大小命令du，df

...使用空间     如果当前目录下文件和文件夹很多，使用不带参数du的命令，可以循环列出所有文件和文件夹所使用的空间。这对查看究竟是那个地方过大是不利的，所以得指定深入目录的层数，参数：--max-depth=，这是个极为有...