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问题 对转录组测序结果进行验证，如何选定基因？

转录组测序得到大量差异表达的基因，现在要对差异表达的基因做实时定量PCR验证，那么多差异表达的基因应该怎么选呢？

问题 IBD计算1

IBD 计算时有一步错误为cat: chr*.ibd: No such file or directory,  我的染色体是1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29。  这一步怎么该为数字为前缀的文件的ibd 合并到一块，原始命令是cat chr*.ibd > sativa.ibd

问题 MCScanX共线性分析，结果为0

老师您好，我想请教一下，做MCScanX共线性分析的时候，出的结果为啥是0啊，我的gff文件和blast文件格式都应该是没有问题的呀

问题 如何对比判断一个物种两个基因组质量的好坏？

一个物种可能有多个基因组，怎么判断他们质量的好坏？

文章 R语言包安装方法，设置国内镜像加快安装速度

...的R包安装方法不同，见下面：CRAN上的R包安装方法： R 在线安装包，设置全局镜像（选择中国的镜像），加快安装进度；  推荐以下方法 #设置镜像，这部分代码复制粘贴运行就可以  local({r <- getOption("repos")   r["CRAN"] <- "h...

问题 基因倍增后两个子基因的命运

有的物种经历过全基因组倍增(WGD)，我想看是否存在一个protein-coding的基因经历倍增后形成两个基因，一个保留protein-coding的能力，另一个成为lncRNA，该怎么研究呢？能否详细一点。

问题 如何手动将aln转成axt？

kaks计算用了很多种方法转换axt，最后计算都说不equal，查看序列都相同，也符合三的倍数，都含有ATG，但是就是不equal，查到老师说可以用notepad++手动转成axt，请问怎么转呢？

问题 叶绿体组装使用软件Gepard报错问题

按照课程使用Getorganelle进行组装，结果成环，但是用软件Gepard选取结果时报错，报错如图，请问怎么解决？

问题 PSMC分析没有查到mutation rate

老师您好，在做PSMC分析时，发现我做的物种没有mutation rate （μ）值的报道，该怎么办呢？参考亲缘关系相近的物种吗？

问题 共线性分析获取基因对应的蛋白序列信息出问题

这一步红色怎么回事，我在01的蛋白文件也是有的

问题 TCGA生存分析课程risk socore问题

请问按照课程中的代码来，要怎么导出示范论文里的这个公式？或者是说找出随便一个基因来根据表达量计算它的风险值？

问题 使用clusterProfiler进行富集时，无法生成图片

使用clusterProfiler对非模式生物进行GO/KEGG富集时，无法生成图片，最后只有一个白框。而且最终结果dim后发现也不正常，有没有大神知道这是怎么回事？ 代码及详情见图片

问题 indel引物设计

... 1.fa文件需要这个物种的全基因组么？ 2。indel的vcf文件怎么获得的？我有一个excel的文件，里面有indel位置、序列啥的。可以直接用这个转换成vcff文件用么？我咋转换不了

问题 泛基因家族SV分析-VCF文件

老师您好，我的VCF文件中，REF都是碱基序列，和课程的不一样，这是正常的吗，会影响后续分析吗？ 我的： 课程：

文章 circos当中的颜色介绍

1 circos支持RGB和HSV设置颜色： red = 255,0,0 # RGB definition red = hsv(0,1,1) # HSV definition 2 circos当中还支持事先定义的颜色， 可以直接用一些字符来表示颜色，常见的：red, orange, yellow, green, blue, and purple等，可在这些颜色前面...