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问题 TCGA数据生存时间怎么确定?

...     "patient_id"                                   [5] "bcr_patient_uuid"                            "informed_consent_verified"                    [7] "icd_o_3_site"                                "icd_o_3_histology"            ...

文章 近期常用命令记录——比对并提取fq,ncbi下并转化为fq,序列提取等

...取 EMBOSS下的小工具extractseqextractseq -sequence C.fa -region 5-6117 -outseq in.fa三、NCBI下SRR并转换为fastq文件  获取下链接之后进行下,以ERR6054995为例     fasterq-dump工具wget -c https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/ERR6054995/ERR6054995...

问题 基因组去冗余的选择

...的比后者的基因组小了4Mb,我应该用哪个结果用于后续的分析呢?

文章 NCBI 蛋白数据库分库

...LN     |       Plants and Fungi        |               |5       |       PRI     |       Primates        |               |6       |       ROD     |       Rodents |               |7       |       SYN     |       Synthe...

问题 circos图配置文件整理疑问

...修改,视中展示的是拟南芥的MADS box基因家族的共线性分析,下方的这个rule 就只有几个染色体之间的对比,想问下有没有人知道这个地方具体怎么修改。是根据基因组中所有有共线性的区段所在的染色体进行对比,还是只写...

问题 请求帮助!

...获得的WRKY_domain_new_out.txt文件,如下图: 图1 图2 老师分析完,此WRKY_domain_new_out.tx文件中有图2 的描述部分。 在棉花的gff文件中,我也利用老师的脚本只获得图1的内容(如图3),但图2描述部分是空的(如图4),知是什么...

问题 转录组富集到的通路,在代谢组没有富集到

我是想重点关注糖代谢的,转录组数据显示starch and source显著富集,但在做转录代谢联合分析时,发现与糖代谢有关的kegg通路代谢物有变化的只有一个,请问这该怎么办

问题 New state of 'nil' is invalid

在基因家族分析的视学习中,设置好所有步骤并成功安装Docker Desktop后,根据老师的教程输入命令进入虚拟机时一直报这个“New state of 'nil' is invalid”。尝试卸Docker Desktop后重启电脑重新安装还是这样。这种情况应该怎么办呢...

文章 CRO服务 和 CDMO服务包含哪些?有什么区别?

...围基本涵盖了研发的同阶段和领域,主要包括化学结构分析、化合物活性筛选、药理学、药代动力学(吸收、分布、代谢、排泄)、毒理学、药物配方、药物基因组学、药物安全性评价、至期临床试验的设计、研究人员和实验...

问题 差异基因分组做维恩图如何得到共有基因特有基因列表等等

通常我们在做差异基因分析的时候,有同的分组,然后做韦恩图比较一下分组总特有和共有的基因ID,但是如何取得韦恩图各部分数字背后的基因ID呢?:

问题 老师好,我的基因组gff文件基因的id名字后面还有外显子内含子等等 get_gene_exon_from_gff.pl

提取基因结构绘制structure的时候老是提取成功。我的基因ID是对应的: 输入文件gff如下: ID文件如下: 脚本文件如下

问题 鲁棒性检验代码

...l.frame.default(formula = Surv(time, status) ~ x[, i]) :   变数的长度一样('x[, i]')> fit$model错误: 找到对象'fit'

文章 R studio 内存监控使用

...的系统内存非常充裕,当前仅使用了 17% 的总内存,完全存在内存压力。 以下是详细的数据解读: 1. 总体概况(左侧饼图) 17% memory in use:当前总共使用了约 17% 的内存。这意味着你的机器(或者服务器)拥有非常巨大的内...

文章 学姐总结:细胞转染全过程详解,一看就会!

...带负电荷的磷脂双分子层构成,这对大分子物质来说是个可透过的屏障,比如DNA和RNA的磷酸骨架,为了使核酸穿过细胞膜,开发了多种技术,大致可分为物理介导、化学介导和生物介导。 几种常见的转染方法: 1、脂质体转...

问题 如何通过GEO数据库中的数据得到某个基因表达量?

已知GEO数据库中某个数据的GSE号,如何通过数据分析得到某个基因的表达量数据呢?